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- PDB-7v8t: Crystal structure of class II pyruvate aldolase from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v8t
タイトルCrystal structure of class II pyruvate aldolase from Pseudomonas aeruginosa.
要素2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase
キーワードLYASE / Class II pyruvate aldolase / Hexamer / TIM barrel fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / phenylacetate catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Hydroxypyruvate/pyruvate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Seo, P.W. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018M3D3A1A01055735 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical and Molecular Characterization of Pyruvate Aldolase for the Synthesis of 2-Keto-4-hydroxybutyrate.
著者: Jeong, Y.J. / Le, T.K. / Seo, P.W. / Ju, S.B. / Kim, J.S. / Yeom, S.J.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase
B: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase
C: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase
D: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase
E: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase
F: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,21518
ポリマ－169,3816
非ポリマー1,83412
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28640 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area46890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.952, 131.077, 84.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 2 through 300)
21(chain B and resid 2 through 300)
31(chain C and resid 2 through 300)
41(chain D and (resid 2 through 254 or resid 300))
51(chain E and resid 2 through 300)
61(chain F and resid 2 through 300)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 2 through 300)A2 - 300
211(chain B and resid 2 through 300)B2 - 300
311(chain C and resid 2 through 300)C2 - 300
411(chain D and (resid 2 through 254 or resid 300))D0
511(chain E and resid 2 through 300)E2 - 300
611(chain F and resid 2 through 300)F2 - 300

-
要素

#1: タンパク質
2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase / 2-keto-4-hydroxybutyrate aldolase / 2-keto-3-deoxy-L-rhamnonate aldolase / 4-hydroxy-2-oxo-heptane- ...2-keto-4-hydroxybutyrate aldolase / 2-keto-3-deoxy-L-rhamnonate aldolase / 4-hydroxy-2-oxo-heptane-1 / 7-dioate aldolase / 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase / Pyruvate aldolase


分子量: 28230.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A081HJP9, 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200mM sodium iodide, 24% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 51389 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 39.26 Å2 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.241 / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 2440 / CC1/2: 0.468 / Rpim(I) all: 0.566 / Rsym value: 0.856

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VWT

2vwt


解像度: 2.48→46.54 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 2050 4 %
Rwork0.186 49224 -
obs0.1876 51274 95.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.11 Å2 / Biso mean: 42.2375 Å2 / Biso min: 20.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→46.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11346 0 100 317 11763
Biso mean--61.42 40.14 -
残基数----1518
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5985X-RAY DIFFRACTION9.91TORSIONAL
12B5985X-RAY DIFFRACTION9.91TORSIONAL
13C5985X-RAY DIFFRACTION9.91TORSIONAL
14D5985X-RAY DIFFRACTION9.91TORSIONAL
15E5985X-RAY DIFFRACTION9.91TORSIONAL
16F5985X-RAY DIFFRACTION9.91TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.48-2.540.28591080.2512590269877
2.54-2.60.30251370.26063274341195
2.6-2.670.31711350.25793248338395
2.67-2.750.31041350.25413269340496
2.75-2.840.27341320.24433206333893
2.84-2.940.25121430.22383403354698
2.94-3.060.2741410.21763380352198
3.06-3.190.24171400.21693376351699
3.19-3.360.25891400.20083359349998
3.36-3.570.22971360.17743254339095
3.57-3.850.2071420.16043430357299
3.85-4.240.22341410.15873380352198
4.24-4.850.17931390.1463332347196
4.85-6.110.21441430.16333406354998
6.11-46.540.15381380.1593317345594
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.1135 Å / Origin y: -19.6095 Å / Origin z: 4.9468 Å
111213212223313233
T0.2355 Å20.0169 Å20.0161 Å2-0.234 Å20.0259 Å2--0.2819 Å2
L0.2079 °20.0235 °20.0134 °2-0.3564 °20.231 °2--0.9784 °2
S-0.0432 Å °0.0158 Å °-0.0109 Å °0.0307 Å °0.0436 Å °0.0619 Å °0.0469 Å °-0.0783 Å °-0.0013 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 300
2X-RAY DIFFRACTION1allA301
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 300
4X-RAY DIFFRACTION1allB301
5X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 300
6X-RAY DIFFRACTION1allC301
7X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 254
8X-RAY DIFFRACTION1allD300 - 301
9X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 300
10X-RAY DIFFRACTION1allE301
11X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 301
12X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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