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- PDB-7v7c: CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v7c
タイトルCryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex
要素
  • DDB1- and CUL4-associated factor 1
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein Vpr
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードTRANSFERASE/DNA BINDING PROTEIN/VIRAL PROTEIN / E3 ligase / HIV accessory protein / restriction factors / LIGASE / TRANSFERASE-DNA BINDING PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / single strand break repair / V(D)J recombination / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell ...cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / single strand break repair / V(D)J recombination / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / isotype switching / uracil DNA N-glycosylase activity / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / viral release from host cell / ribosomal small subunit binding / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / nucleotide-excision repair / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / base-excision repair / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein homooligomerization / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / virion component / Formation of Incision Complex in GG-NER / Wnt signaling pathway / viral penetration into host nucleus / fibrillar center / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / host cell / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / monoatomic ion transmembrane transport / protein-macromolecule adaptor activity / host extracellular space / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / protein serine kinase activity / DNA repair / apoptotic process / DNA-templated transcription / DNA damage response / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / host cell nucleus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral VpR/VpX protein / VPR/VPX protein / VPRBP/DCAF1 family / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Lissencephaly type-1-like homology motif / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like ...Retroviral VpR/VpX protein / VPR/VPX protein / VPRBP/DCAF1 family / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Lissencephaly type-1-like homology motif / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Vpr / Uracil-DNA glycosylase / DNA damage-binding protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang, D. / Xu, J. / Liu, Q. / Xiang, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925023 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21827810 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31861143027 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470721 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the HIV-1 Vpr mediated ubiquitination through the Cullin-RING E3 ubiquitin ligase
著者: Wang, D. / Xu, J. / Liu, Q. / Xiang, Y.
履歴
登録2021年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DDB1- and CUL4-associated factor 1
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein Vpr
D: Uracil-DNA glycosylase
E: DDB1- and CUL4-associated factor 1
F: DNA damage-binding protein 1
G: Protein Vpr
H: Uracil-DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)665,6528
ポリマ－665,6528
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein


分子量: 169194.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531
#3: タンパク質 Protein Vpr / R ORF protein / Viral protein R


分子量: 11396.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: vpr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2CPZ1
#4: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 25136.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNG, DGU, UNG1, UNG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13051, uracil-DNA glycosylase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.66 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145568 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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