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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v7b | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of DDB1-VprBP complex in ARM-up conformation | ||||||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA BINDING PROTEIN / Ubiquitin pathway / ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Wang, D. / Xu, J. / Liu, Q. / Xiang, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the HIV-1 Vpr mediated ubiquitination through the Cullin-RING E3 ubiquitin ligase 著者: Wang, D. / Xu, J. / Liu, Q. / Xiang, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 781.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 635.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31765MC ![]() 7v7cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 169194.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y4B6, ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 127097.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM structure of DDB1-VprBP complex in "ARM-up" conformation タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84405 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |