PDB-7v76: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351), uncleav...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v76

タイトル

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351), uncleavable form, one RBD-up conformation

要素

Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike protein

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Yang, T.J. / Yu, P.Y. / Chang, Y.C. / Hsu, S.T.D.

資金援助

台湾, 4件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	109-3114-Y-001-001	台湾
Academia Sinica (Taiwan)	AS-CDA-109-L08	台湾
Academia Sinica (Taiwan)	AS-CFII-108-110	台湾
Academia Sinica (Taiwan)	AS-CFII108-111	台湾

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Beta variant (B.1.351), uncleavable form, one RBD-up conformation
著者: Yang, T.J. / Yu, P.Y. / Chang, Y.C. / Hsu, S.T.D.

履歴

登録	2021年8月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2021年10月6日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2021年10月6日	Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2021年10月6日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2021年10月6日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2021年10月6日	Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2021年10月6日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2021年10月6日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年6月18日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年6月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-31760 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v76.cif.gz	586.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v76.ent.gz	466.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7v76_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v76_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7v76_validation.xml.gz	82.7 KB	表示
CIF形式データ	7v76_validation.cif.gz	125.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/7v76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/7v76	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	31760MC 31761C 31762C 31763C 31764C 31767C 31768C 31769C 31770C 31771C 31772C 31773C 31775C 31776C 31777C 31778C 31779C 31780C 31781C 31782C 31783C 31784C 31785C 31786C 31787C 31788C 31789C 31790C 31791C 31792C 31793C 31794C 31795C 31796C 31797C 31798C 31799C 31800C 7v77C 7v78C 7v79C 7v7aC 7v7dC 7v7eC 7v7fC 7v7gC 7v7hC 7v7iC 7v7jC 7v7nC 7v7oC 7v7pC 7v7qC 7v7rC 7v7sC 7v7tC 7v7uC 7v7vC 7v7zC 7v80C 7v81C 7v82C 7v83C 7v84C 7v85C 7v86C 7v87C 7v88C 7v89C 7v8aC 7v8bC 7v8cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dwz-d 7edg-d 31779 7v7e-d 31775 7edf-d 7dx3-d 6xm4-d 7v7q-d 22910 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike glycoprotein

B: Spike glycoprotein

C: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

442 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 141830.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Beta variant (B.1.351)
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: 多糖

...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Beta variant (B.1.351), one RBD-up conformation / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.54 MDa / 実験値: YES

由来(天然)

生物種:

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

緩衝液

pH: 7.6

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM		Tris	1
2	150 mM		NaCl	1
3	0.02 %	sodium azide		1

試料

濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 1 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
phenix.real_space_refine	1.19.1_4122	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
2	EPU	画像取得
4	cryoSPARC	CTF補正
8	PHENIX	モデル精密化
10	cryoSPARC	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 306270 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.66 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0023	25780
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4884	35088
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0451	4208
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0033	4435
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.519	3777

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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