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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v6t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of bacterial peptidase | ||||||
![]() | Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / NlpC/P60 | ||||||
機能・相同性 | ![]() muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / capsule polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan turnover / peptidoglycan metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / cell outer membrane / cell wall organization / endopeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Lee, W.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of bacterial DD-endopeptidase 著者: Lee, W.C. / Lee, J. / Kim, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2k1gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15035.954 Da / 分子数: 2 / 変異: C68S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mepS, spr, yeiV, b2175, JW2163 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0AFV4, muramoyltetrapeptide carboxypeptidase #2: 化合物 | ChemComp-CIT / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.1 / 詳細: 0.2M ammonium citrate dibasic, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.49→33.387 Å / Num. obs: 79540 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.206 % / Biso Wilson estimate: 15.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 16.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2K1G 解像度: 1.495→33.387 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 49.59 Å2 / Biso mean: 18.8427 Å2 / Biso min: 9.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.495→33.387 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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