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- PDB-7v6t: Crystal structure of bacterial peptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6t
タイトルCrystal structure of bacterial peptidase
要素Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / NlpC/P60
機能・相同性
機能・相同性情報


muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / capsule polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan turnover / peptidoglycan metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / cell outer membrane / cell wall organization / endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.495 Å
データ登録者Kim, Y. / Lee, W.C.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of bacterial DD-endopeptidase
著者: Lee, W.C. / Lee, J. / Kim, Y.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
B: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9027
ポリマ－30,0722
非ポリマー8315
水2,090116
1
A: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4824
ポリマ－15,0361
非ポリマー4463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7180 Å2
手法PISA
2
B: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4203
ポリマ－15,0361
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.224, 63.720, 104.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase / Lipoprotein Spr / Murein hydrolase MepS


分子量: 15035.954 Da / 分子数: 2 / 変異: C68S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: mepS, spr, yeiV, b2175, JW2163 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0AFV4, muramoyltetrapeptide carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.1 / 詳細: 0.2M ammonium citrate dibasic, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→33.387 Å / Num. obs: 79540 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.206 % / Biso Wilson estimate: 15.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 16.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.49-1.597.1180.722.9544970686763180.8780.77692
1.59-1.697.3850.5224.6546719646763260.930.56197.8
1.69-1.837.3810.3117.4843578602859040.9710.33597.9
1.83-27.350.1712.4540280556854800.990.18398.4
2-2.247.30.09918.9436566506150090.9960.10799
2.24-2.597.2290.06825.3232407452044830.9980.07399.2
2.59-3.167.1340.05230.7727279384338240.9980.05699.5
3.16-4.466.930.0439.6220860303830100.9980.04399.1
4.46-33.3876.1540.04240.1510825180817590.9980.04697.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2K1G

2k1g


解像度: 1.495→33.387 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 3771 4.74 %
Rwork0.1922 75769 -
obs0.1932 79540 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 49.59 Å2 / Biso mean: 18.8427 Å2 / Biso min: 9.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.495→33.387 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2011 0 56 116 2183
Biso mean--29.33 24.89 -
残基数----250
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.495-1.51360.28191060.3198210373
1.5136-1.53350.32811350.2735277997
1.5335-1.55450.24611410.2619281097
1.5545-1.57670.26631430.2419278397
1.5767-1.60020.27241400.2289280097
1.6002-1.62520.27941420.2255284297
1.6252-1.65190.29451360.216279498
1.6519-1.68030.24641390.214277597
1.6803-1.71090.24521450.2084288598
1.7109-1.74380.23731420.2132279498
1.7438-1.77940.25731410.202284598
1.7794-1.81810.22151310.2039277298
1.8181-1.86040.24551490.196289699
1.8604-1.90690.24681380.1977278999
1.9069-1.95840.21331400.1886285198
1.9584-2.01610.23831410.1789284099
2.0161-2.08110.17911380.1734284099
2.0811-2.15550.17831380.1797284699
2.1555-2.24180.25561400.1843284099
2.2418-2.34380.22041420.1937289399
2.3438-2.46730.19171430.182286399
2.4673-2.62190.24951420.19682857100
2.6219-2.82420.22341410.19722851100
2.8242-3.10820.19291420.19742866100
3.1082-3.55750.19361480.18042901100
3.5575-4.48040.16311390.1637283499
4.4804-33.3870.19061490.1868282098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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