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- PDB-7v6m: Crystal structure of lacto-N-biosidase TnX from Tynzenella nexili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6m
タイトルCrystal structure of lacto-N-biosidase TnX from Tynzenella nexilis, lacto-N-biose complex
要素Fibronectin type III domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / lacto-N-biosidase / lacto-N-biose complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Pectin lyase fold / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Pectin lyase fold/virulence factor / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III ...Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Pectin lyase fold / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Pectin lyase fold/virulence factor / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin type III domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tyzzerella nexilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Yamada, C. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16J09251 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K14388 日本
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of glycoside hydrolase family 136 lacto-N-biosidases from monkey gut- and human adult gut bacteria.
著者: Yamada, C. / Katayama, T. / Fushinobu, S.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin type III domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2492
ポリマ－64,8651
非ポリマー3831
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.205, 71.782, 161.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Fibronectin type III domain-containing protein / Lacto-N-biosidase


分子量: 64865.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tyzzerella nexilis (バクテリア) / 遺伝子: DXA47_02055 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A413JBB4
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium formate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月12日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→45.61 Å / Num. obs: 50268 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.92→1.96 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3314 / CC1/2: 0.814 / Rpim(I) all: 0.325 / Rrim(I) all: 0.726 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GQF

5gqf


解像度: 1.92→45.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.094 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20949 2595 5.2 %RANDOM
Rwork0.16956 ---
obs0.17165 47615 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.92→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4430 0 26 400 4856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.6536198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3871.5989334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.575569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.40525.709247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.28415713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.093159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7612.1532279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7592.1532278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4113.2232847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4113.2232848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5482.3462276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5482.3462276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.883.4213351
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.97525.4115117
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.97525.4115118
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.966 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 201 -
Rwork0.258 3462 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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