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万見
- PDB-7v6k: Crystal structure of Sortase A from Streptococcus pyogenes in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6k
タイトルCrystal structure of Sortase A from Streptococcus pyogenes in complex with ML346
要素Sortase
キーワードHYDROLASE / Sortase A / transpetidase
機能・相同性Sortase A / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / Chem-5TI / Sortase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Yang, C.G. / Gan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21725801 中国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: Covalent sortase A inhibitor ML346 prevents Staphylococcus aureus infection of Galleria mellonella.
著者: Guan, X.N. / Zhang, T. / Yang, T. / Dong, Z. / Yang, S. / Lan, L. / Gan, J. / Yang, C.G.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase
B: Sortase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1167
ポリマ－41,4992
非ポリマー6175
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.330, 34.330, 396.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 92 and (name N or name...
21(chain B and (resid 92 through 127 or (resid 128...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and ((resid 92 and (name N or name...AA9232
12LEULEUTHRTHR(chain A and ((resid 92 and (name N or name...AA92 - 24932 - 189
13LEULEUTHRTHR(chain A and ((resid 92 and (name N or name...AA92 - 24932 - 189
14LEULEUTHRTHR(chain A and ((resid 92 and (name N or name...AA92 - 24932 - 189
15LEULEUTHRTHR(chain A and ((resid 92 and (name N or name...AA92 - 24932 - 189
21LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 92 through 127 or (resid 128...BB92 - 12732 - 67
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 92 through 127 or (resid 128...BB12868
23LEULEUSERSER(chain B and (resid 92 through 127 or (resid 128...BB92 - 24832 - 188
24LEULEUSERSER(chain B and (resid 92 through 127 or (resid 128...BB92 - 24832 - 188
25LEULEUSERSER(chain B and (resid 92 through 127 or (resid 128...BB92 - 24832 - 188
26LEULEUSERSER(chain B and (resid 92 through 127 or (resid 128...BB92 - 24832 - 188

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要素

#1: タンパク質 Sortase / Sortase A / Sortase protein SrtA


分子量: 20749.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: srtA, srtA_1, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY31_04460, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK53_04530, GTK54_ ...遺伝子: srtA, srtA_1, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY31_04460, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK53_04530, GTK54_03910, GUA39_04435, IB935_04675, IB936_04605, IB937_04535, IB938_05195, KUN2590_09100, KUN4944_08330, MGAS2221_0893, SAMEA1407055_00305, SAMEA1711644_00960, SAMEA3918953_00457, SPNIH34_10200, SPNIH35_09070
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U7I1I9
#2: 化合物 ChemComp-5TI / 5-[3-(4-methoxyphenyl)prop-2-enylidene]-1,3-diazinane-2,4,6-trione


分子量: 272.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→29.73 Å / Num. obs: 40185 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / Num. unique obs: 40001 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv1.0精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FN5

3fn5


解像度: 1.57→29.005 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2051 5.13 %
Rwork0.19 --
obs0.1918 40001 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.47 Å2 / Biso mean: 29.904 Å2 / Biso min: 14.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→29.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 0 43 120 2569
Biso mean--49.34 36.79 -
残基数----315
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1418X-RAY DIFFRACTION9.202TORSIONAL
12B1418X-RAY DIFFRACTION9.202TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.6065 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3207 136
Rwork0.2623 -
obs-2387
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.0361 Å / Origin y: 1.2371 Å / Origin z: 33.5393 Å
111213212223313233
T0.2068 Å20.028 Å2-0.0142 Å2-0.1216 Å20.0048 Å2--0.1924 Å2
L0.3945 °20.0745 °2-0.2938 °2-0.3664 °2-0.3056 °2--2.4215 °2
S-0.0245 Å °0.0448 Å °0.0109 Å °-0.0568 Å °0.043 Å °0.0305 Å °0.035 Å °-0.058 Å °-0.0195 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA92 - 249
2X-RAY DIFFRACTION1allB92 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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