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- PDB-7v6e: DREP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6e
タイトルDREP3
要素DNAation factor-related protein 3, isoform A
キーワードAPOPTOSIS / DREP3
機能・相同性CIDE-N domain / CIDE-N domain / CIDE-N domain profile. / Domains present in proteins implicated in post-mortem DNA fragmentation / regulation of apoptotic process / apoptotic process / DNAation factor-related protein 3, isoform A
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, S.Y. / Park, H.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Helical filament structure of the DREP3 CIDE domain reveals a unified mechanism of CIDE-domain assembly.
著者: Lee, S.Y. / Kwon, S. / Ha, H.J. / Lee, S.H. / Park, H.H.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNAation factor-related protein 3, isoform A
B: DNAation factor-related protein 3, isoform A
C: DNAation factor-related protein 3, isoform A
D: DNAation factor-related protein 3, isoform A
E: DNAation factor-related protein 3, isoform A
F: DNAation factor-related protein 3, isoform A
G: DNAation factor-related protein 3, isoform A
H: DNAation factor-related protein 3, isoform A
I: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5249
ポリマ－87,5249
非ポリマー00
水00
1
A: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: DNAation factor-related protein 3, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7251
ポリマ－9,7251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.460, 125.355, 168.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 117 through 154 or (resid 155...
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1(chain "D" and (resid 117 through 154 or (resid 155...
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_7ens_1(chain "G" and (resid 117 through 154 or (resid 155...
d_8ens_1chain "H"
d_9ens_1(chain "I" and (resid 117 through 154 or (resid 155...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNPROA1 - 77
d_21ens_1ASNPROB1 - 77
d_31ens_1ASNPROC1 - 77
d_41ens_1ASNPROD1 - 77
d_51ens_1ASNPROE1 - 77
d_61ens_1ASNPROF1 - 77
d_71ens_1ASNPROG1 - 77
d_81ens_1ASNPROH1 - 77
d_91ens_1ASNPROI1 - 77

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.996647086386, 0.0817168976716, 0.00411507383215), (-0.0792456960769, -0.951545037202, -0.297123142534), (-0.0203643033516, -0.296453016195, 0.95483030133)24.4264306347, -57.8641336328, 50.1288309314
2given(-0.990142917767, 0.134458230032, -0.0392171744483), (-0.139469980462, -0.920838471168, 0.364149192731), (0.0128501729599, 0.366029362748, 0.93051457735)32.193061356, -69.4771353927, 49.3205022671
3given(0.998200297732, -0.0596056921764, -0.00658232991615), (-0.0429146397933, -0.786689469871, 0.61585551202), (-0.0418867437069, -0.614464677141, -0.787831619858)21.354332553, -74.485896941, -2.29696447618
4given(-0.999536819645, 0.0263815163071, -0.0151710833863), (0.00200357762453, 0.554477826497, 0.832196086028), (0.0303666239559, 0.831780232706, -0.554273860677)45.9508425553, -13.9484102723, 110.132961612
5given(0.997947579243, -0.0532531655045, 0.0355630348368), (-0.0442530740707, -0.17210701193, 0.984083757553), (-0.0462849275503, -0.983637777237, -0.174110392204)15.3061838826, -80.6414291255, -13.2164436611
6given(0.996550404966, 0.0147218215727, 0.0816734860956), (-0.0627334814809, 0.777914734088, 0.625230498929), (-0.054330476371, -0.628197369032, 0.776154794405)5.20189555621, -11.1906199842, 4.87169427923
7given(0.990635049075, -0.0269391418839, 0.133852464225), (-0.126489851123, 0.188021016093, 0.973985839256), (-0.0514054190466, -0.981795487941, 0.182852680458)10.630582088, -17.7517610219, 15.6574622863
8given(-0.98830434406, 0.094211219824, -0.119911507255), (-0.150170768509, -0.464527084268, 0.872733251496), (0.026519121369, 0.880533266856, 0.473241906599)39.3541402185, -78.2142903338, 56.9710835639

-
要素

#1: タンパク質
DNAation factor-related protein 3, isoform A / DNAation factor-related protein 3 / isoform B / RH09855p


分子量: 9724.886 Da / 分子数: 9 / 断片: CIDE-N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Drep3, BcDNA:AT08574, CG13187, Dmel\CG8364, DREP-3, Drep-3, drep-3, DREP3, drep3, Rep3, CG8364, Dmel_CG8364
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0E9B7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M citric acid pH 4.0, 0.8M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→42.11 Å / Num. obs: 45952 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 39.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.74
反射 シェル最高解像度: 3 Å / Rmerge(I) obs: 0.053 / Num. unique obs: 2406

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D2K

4d2k


解像度: 3→42.11 Å / SU ML: 0.3854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5132
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2521 3764 8.19 %
Rwork0.2054 42188 -
obs0.2092 45952 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5622 0 0 0 5622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01075721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22987723
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0718864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00951012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.51751
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08385665104
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.910089850883
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05605466181
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.798254854969
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.918945470868
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.95493779048
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.04733254992
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.906186309587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.040.32041340.28871530X-RAY DIFFRACTION98.29
3.04-3.080.35781360.28131580X-RAY DIFFRACTION99.88
3.08-3.120.34591480.27231602X-RAY DIFFRACTION99.77
3.12-3.170.30161340.25051523X-RAY DIFFRACTION97.87
3.17-3.210.33361390.261564X-RAY DIFFRACTION99.94
3.21-3.260.31611380.25941562X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.320.27791400.26941602X-RAY DIFFRACTION98.92
3.32-3.370.33791360.24451520X-RAY DIFFRACTION99.46
3.37-3.430.32761390.23121589X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.50.29121440.21691596X-RAY DIFFRACTION99.89
3.5-3.570.32221360.20921532X-RAY DIFFRACTION98.93
3.57-3.650.29451350.22021534X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.730.25451420.20521612X-RAY DIFFRACTION99.83
3.73-3.830.31481390.22421560X-RAY DIFFRACTION99.3
3.83-3.930.26821390.21671548X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.050.24271470.19891615X-RAY DIFFRACTION99.55
4.05-4.180.19731330.16411523X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.330.19621460.17011611X-RAY DIFFRACTION99.94
4.33-4.50.17871390.16061513X-RAY DIFFRACTION99.64
4.5-4.70.1671420.14741591X-RAY DIFFRACTION99.88
4.7-4.950.17421420.15091563X-RAY DIFFRACTION99.94
4.95-5.260.20631390.16311571X-RAY DIFFRACTION99.88
5.26-5.670.21831420.17891572X-RAY DIFFRACTION99.94
5.67-6.240.22171460.21371565X-RAY DIFFRACTION99.94
6.24-7.130.24791410.20681559X-RAY DIFFRACTION99.77
7.13-8.970.25341350.19431563X-RAY DIFFRACTION99.88
8.98-42.110.2191330.21181488X-RAY DIFFRACTION94.3

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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