PDB-7v5i: Structural insights into the substrate selectivity of acyl-CoA tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v5i

タイトル

Structural insights into the substrate selectivity of acyl-CoA transferase

要素

2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

キーワード

TRANSFERASE / acyltransferase / pyridoxal phosphate / sphingolipids

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine C-acetyltransferase / glycine C-acetyltransferase activity / L-threonine catabolic process to glycine / biosynthetic process / ligase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio proteolyticus NBRC 13287 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Chang, H.Y. / Ko, T.P.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Colloids Surf B Biointerfaces / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the substrate selectivity of alpha-oxoamine synthases from marine Vibrio sp. QWI-06.
著者: Chang, H.Y. / Lo, L.H. / Lan, Y.H. / Hong, M.X. / Chan, Y.T. / Ko, T.P. / Huang, Y.R. / Cheng, T.H. / Liaw, C.C.

履歴

登録	2021年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v5i.cif.gz	745.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v5i.ent.gz	525.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v5i_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v5i_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7v5i_validation.xml.gz	55.4 KB	表示
CIF形式データ	7v5i_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v58C 1fc4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7v58-d 2cjd-1 2jjf-1 6oia-1 3tqx-d 1iv8-d 6eew-2 2jjh-1 2cin-1 4jex-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

B: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

C: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

D: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

B: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

D: 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.121, 136.238, 219.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	LYS	LYS	chain 'A'	A	A	1 - 400	1 - 400
1	2	PLP	PLP	PLP	PLP	chain 'A'	A	E	500
2	3	ASN	ASN	LYS	LYS	chain 'B'	B	B	1 - 400	1 - 400
2	4	PLP	PLP	PLP	PLP	chain 'B'	B	F	500
3	5	ASN	ASN	LYS	LYS	chain 'C'	C	C	1 - 400	1 - 400
3	6	PLP	PLP	PLP	PLP	chain 'C'	C	G	500
4	7	ASN	ASN	LYS	LYS	chain 'D'	D	D	1 - 400	1 - 400
4	8	PLP	PLP	PLP	PLP	chain 'D'	D	H	500

#1: タンパク質	2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / AKB ligase / Glycine acetyltransferase 分子量: 43729.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio proteolyticus NBRC 13287 (バクテリア) 遺伝子: kbl, VPR01S_15_00210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U3BPN5, glycine C-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0, with 23% polyethylene glycol (PEG) 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.07→30 Å / Num. obs: 36206 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 59.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 3.07→3.18 Å / R_merge(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 3586

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1fc4

1fc4

解像度: 3.08→27.41 Å / SU ML: 0.2869 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.759
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	1594	5 %
R_work	0.2043	30267	-
obs	0.2065	31861	88.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 126.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.08→27.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12256	0	60	53	12369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	12504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4812	16860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	1888
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	2200
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.5653	4580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.08-3.17	0.297	73	0.2617	1381	X-RAY DIFFRACTION	44.89
3.17-3.29	0.2816	101	0.2232	1932	X-RAY DIFFRACTION	63.51
3.29-3.42	0.2721	123	0.2279	2348	X-RAY DIFFRACTION	76.48
3.42-3.57	0.2669	145	0.2253	2724	X-RAY DIFFRACTION	88.88
3.57-3.76	0.2774	159	0.2196	3023	X-RAY DIFFRACTION	98.18
3.76-4	0.2124	161	0.1991	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4-4.3	0.26	162	0.1868	3082	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.31-4.74	0.2187	164	0.173	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.74-5.42	0.2315	165	0.1841	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.81	0.2833	166	0.2288	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.88
6.81-27.41	0.2359	175	0.2055	3301	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9808	0.1366	-0.1495	2.2765	0.0136	0.8927	-0.1152	0.2581	-0.2322	-0.4155	0.2179	-0.1167	0.031	0.0021	-0.0546	0.1805	-0.0039	-0.1199	0.2344	0.0021	0.2715	25.964	54.964	40.973
2	1.237	-0.368	-0.2433	1.6794	0.0068	0.874	-0.3316	-0.3977	-0.3901	0.4504	0.2308	0.4021	0.1802	-0.0823	0.0351	0.0897	0.112	0.0386	0.3547	0.2403	0.3437	15.993	55.306	57.591
3	0.8015	1.0099	-0.1257	1.4819	0.1052	0.3565	0.1825	0.4244	-0.2786	-0.5488	0.1853	0.6848	0.2484	-0.1292	0.4602	0.3859	-0.1358	-0.3931	0.2458	-0.1708	0.6648	18.23	34.407	41.627
4	2.2394	-0.5136	0.0533	3.1723	-0.0199	1.8566	-0.0321	0.3062	0.1609	-0.5161	-0.0214	0.1644	-0.2524	-0.139	0.0363	0.2082	-0.034	-0.0611	0.188	0.0503	0.1893	27.592	65.631	40.253
5	1.8558	0.5098	0.5883	1.6154	-0.2184	0.347	-0.2941	0.0481	0.546	0.0267	0.0993	-0.9934	-0.2693	0.068	0.0596	0.0599	-0.043	-0.1023	0.2254	-0.0309	0.8399	45.876	65.618	46.514
6	0.8378	0.6644	0.0937	2.0596	-0.4872	0.2656	-0.0932	0.4845	0.2711	-0.7389	0.0782	-0.3422	-0.0667	-0.1155	0.2027	0.5081	-0.0408	-0.0899	0.2244	0.4055	0.482	33.547	86.163	35.586
7	0.7524	0.3576	-0.0327	0.6826	-0.2503	0.1075	-0.2851	-1.1553	0.0459	1.4132	0.1182	0.0949	-0.2589	0.2199	0.1221	2.724	0.1971	-0.1878	2.8796	0.2808	0.9811	19.164	59.667	100.024
8	1.0746	0.4175	0.5131	1.0377	-0.0684	2.505	0.0682	-0.8424	-0.0865	1.5034	-0.3969	-0.993	-0.157	0.4047	0.2886	1.8058	0.3695	-0.4471	2.2558	0.4233	1.0348	33.982	56.279	87.963
9	0.3446	-0.2441	0.1198	0.4579	-0.6393	1.2729	0.1471	-0.8274	-0.3819	0.972	-0.0663	-0.1043	0.4317	-0.0502	0.1836	2.9954	0.0635	0.1014	2.5059	1.0119	1.2864	18.221	37.728	99.292
10	0.243	-0.1728	0.0636	0.6158	-0.1351	0.0333	-0.0517	-0.9552	0.3023	1.6096	0.0197	0.0024	0.0961	-0.4171	-0.0515	2.7879	0.3874	0.2853	2.9665	-0.0842	1.124	22.038	69.748	101.899
11	1.0142	0.4043	0.1525	0.164	0.0648	0.0245	0.4084	-0.8852	0.8189	0.9212	-0.1403	0.5865	-0.6961	-0.0627	-0.3105	2.7289	0.7119	0.6333	2.4478	-0.1956	1.2964	8.387	77.456	90.169
12	0.0051	0.0013	-0.0102	0	-0.004	0.0128	0.0341	-0.231	0.0389	0.7994	-0.0409	-0.0229	-0.1519	0.5711	0.0431	3.8753	-0.5669	0.2041	2.6788	-0.2617	1.4472	23.75	90.932	107.882

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 129 )	A	1 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 130 through 280 )	A	130 - 280
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 281 through 400 )	A	281 - 400
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 129 )	B	1 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 130 through 280 )	B	130 - 280
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 281 through 400 )	B	281 - 400
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 129 )	C	1 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 130 through 280 )	C	130 - 280
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 281 through 400 )	C	281 - 400
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 129 )	D	1 - 129
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 130 through 280 )	D	130 - 280
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 281 through 400 )	D	281 - 400

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関連情報:EMDBヘッダ

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