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- PDB-7v5i: Structural insights into the substrate selectivity of acyl-CoA tr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7v5i | ||||||
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Title | Structural insights into the substrate selectivity of acyl-CoA transferase | ||||||
![]() | 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / acyltransferase / pyridoxal phosphate / sphingolipids | ||||||
Function / homology | ![]() glycine C-acetyltransferase / glycine C-acetyltransferase activity / L-threonine catabolic process to glycine / biosynthetic process / ligase activity / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, H.Y. / Ko, T.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into the substrate selectivity of alpha-oxoamine synthases from marine Vibrio sp. QWI-06. Authors: Chang, H.Y. / Lo, L.H. / Lan, Y.H. / Hong, M.X. / Chan, Y.T. / Ko, T.P. / Huang, Y.R. / Cheng, T.H. / Liaw, C.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 745.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 525.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7v58C ![]() 1fc4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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Components
#1: Protein | Mass: 43729.648 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: kbl, VPR01S_15_00210 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PLP / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0, with 23% polyethylene glycol (PEG) 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.07→30 Å / Num. obs: 36206 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 59.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.07→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 3586 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1fc4 Resolution: 3.08→27.41 Å / SU ML: 0.2869 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.759 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 126.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.08→27.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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