PDB-7v3e: The complex structure of soBcmB and its intermediate product 1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v3e

タイトル

The complex structure of soBcmB and its intermediate product 1a

要素

dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / complex / bicyclomycin / dioxygenase

機能・相同性

Chem-5WI / 2-OXOGLUTARIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces ossamyceticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Wu, L. / Zhou, J.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Enzymatic catalysis favours eight-membered over five-membered ring closure in bicyclomycin biosynthesis
著者: He, J.B. / Wu, L. / Wei, W. / Meng, S. / Liu, Z.T. / Wu, X. / Pan, H.X. / Yang, S. / Liang, Y. / Zhou, J. / Tang, G.L.

履歴

登録	2021年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v3e.cif.gz	354 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v3e.ent.gz	291 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v2tC 7v2uC 7v2xC 7v34C 7v36C 7v3nC 7v3oSC 8hivC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: dioxygenase

B: dioxygenase

C: dioxygenase

ヘテロ分子

113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.878, 180.533, 133.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-588- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	A	A	33 - 206	33 - 206
1	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	A	A	208	208
1	3	THR	THR	MET	MET	(chain 'A' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	A	A	210 - 312	210 - 312
2	4	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	B	B	33 - 206	33 - 206
2	5	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	B	B	208	208
2	6	THR	THR	MET	MET	(chain 'B' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	B	B	210 - 312	210 - 312
3	7	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain 'C' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	C	C	33 - 206	33 - 206
3	8	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain 'C' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	C	C	208	208
3	9	THR	THR	MET	MET	(chain 'C' and (resid 33 through 206 or resid 208 or resid 210 through 312))	C	C	210 - 312	210 - 312

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	dioxygenase 分子量: 37291.176 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces ossamyceticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 252分子

#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-5WI / (3S,6Z)-3-[(2S)-butan-2-yl]-6-[(2R)-2-methyl-2,3-bis(oxidanyl)propylidene]piperazine-2,5-dione 分子量: 256.298 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0M (NH4)2HPO4, 0.1M imidazole pH 8.0, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.115→74.74 Å / Num. obs: 67597 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 39 Å² / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.12→2.23 Å / R_merge(I) obs: 1.157

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7V3O

7v3o

解像度: 2.12→17.46 Å / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.344 / 位相誤差: 23.872
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	3374	5.005 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.218	67412	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→17.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6669	0	94	241	7004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6951
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803	9417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.283	4032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	984
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1254

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1151-2.1453	0.3318	162	0.2726	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1453-2.1772	0.2882	138	0.2709	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1772-2.2112	0.3002	146	0.2594	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2112-2.2474	0.2676	168	0.2534	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2474-2.286	0.2623	137	0.2546	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.286-2.3275	0.2784	137	0.2484	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3275-2.3722	0.2691	141	0.2357	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3722-2.4205	0.2492	132	0.2324	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4205-2.473	0.3095	131	0.2453	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.473-2.5303	0.2765	123	0.2358	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5303-2.5934	0.2982	137	0.2473	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5934-2.6633	0.2964	129	0.2365	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6633-2.7414	0.2681	152	0.2272	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7414-2.8295	0.2366	157	0.2333	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8295-2.9302	0.2683	151	0.2329	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9302-3.0469	0.233	139	0.2302	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0469-3.1848	0.2477	141	0.2251	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1848-3.3516	0.2449	121	0.2283	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3516-3.5599	0.2041	139	0.2019	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5599-3.8321	0.2152	146	0.1984	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8321-4.2128	0.188	129	0.196	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2128-4.8112	0.1824	113	0.1885	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8112-6.02	0.1919	131	0.2036	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
6.02-17.4575	0.2083	174	0.2144	2790	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 23.3636 Å / Origin y: 26.8463 Å / Origin z: 190.1889 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.245 Å²	0.0443 Å²	-0.0281 Å²	-	0.2245 Å²	-0.0421 Å²	-	-	0.2617 Å²
L	0.67 °²	0.2989 °²	-0.2346 °²	-	0.4958 °²	-0.1639 °²	-	-	0.5969 °²
S	0.0006 Å °	0.0277 Å °	-0.0288 Å °	0.1 Å °	0.0088 Å °	-0.0434 Å °	0.0537 Å °	0.0856 Å °	-0.003 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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