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- PDB-7v2x: The complex structure of soBcmB and its substrate 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v2x
タイトルThe complex structure of soBcmB and its substrate 1
要素dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenases / complex / bicyclomycin / side way
機能・相同性Chem-7QX / 2-OXOGLUTARIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種Streptomyces ossamyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0838742992 Å
データ登録者Wu, L. / Zhou, J.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of SoBcmB and its side way substrate
著者: Wu, L. / Zhou, J.H.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8445
ポリマ－37,2911
非ポリマー5524
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)101.097, 101.097, 130.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 dioxygenase


分子量: 37291.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ossamyceticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 101分子

#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-7QX / (3S,6S)-3-[(2S)-butan-2-yl]-6-[(2R)-2-methyl-2,3-bis(oxidanyl)propyl]piperazine-2,5-dion


分子量: 258.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H22N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→47.1302 Å / Num. obs: 23036 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 31.1 % / Biso Wilson estimate: 38.4256802628 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.08→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.633 / Num. unique obs: 1769 / CC1/2: 0.863

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V2T

7v2t


解像度: 2.0838742992→47.1301780368 Å / SU ML: 0.223371226136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33794794639 / 位相誤差: 23.9224531452
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22854407007 1138 4.95299442897 %
Rwork0.192322401687 21838 -
obs0.194042906047 22976 95.1820705083 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.8541370872 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0838742992→47.1301780368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2223 0 36 98 2357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005756897351972314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8793733198923134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494521500515329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00529660093711418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.92177744771342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0839-2.17870.3086760364461420.2554097280022774X-RAY DIFFRACTION99.5561625128
2.1787-2.29360.3175940868311140.2360496748412328X-RAY DIFFRACTION81.9463087248
2.2936-2.43730.2595598699211440.211152583922795X-RAY DIFFRACTION99.9659863946
2.4373-2.62540.2435664225571530.2168711451882812X-RAY DIFFRACTION99.8652745032
2.6254-2.88960.2573338491921490.2072428716512592X-RAY DIFFRACTION91.2450066578
2.8896-3.30770.2464075643931450.1978581782282868X-RAY DIFFRACTION100
3.3077-4.16690.2181544621131210.1734179574382591X-RAY DIFFRACTION88.9471958019
4.1669-47.130.1921354802011700.1776503314333078X-RAY DIFFRACTION99.87699877
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.7756278357 Å / Origin y: 48.414842226 Å / Origin z: 72.8572824569 Å
111213212223313233
T0.251498937978 Å20.0140168037982 Å20.0232819353544 Å2-0.223927670557 Å2-0.0119184480483 Å2--0.248789565158 Å2
L4.12622110741 °2-2.56514276893 °20.829050387398 °2-3.35601362559 °2-0.853161911627 °2--2.93283165692 °2
S0.209711373806 Å °0.226221919328 Å °-0.0145953721405 Å °-0.402413721578 Å °-0.089219444625 Å °0.123689358206 Å °-0.00154513986618 Å °-0.10511370896 Å °-0.115411869253 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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