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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v1q | ||||||
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タイトル | Leifsonia Alcohol Dehydrogenases LnADH | ||||||
要素 | Alcohol Dehydrogenases | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Alcohol / Dehydrogenases | ||||||
機能・相同性 | ISOPROPYL ALCOHOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leifsonia antarctica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Song, Y. / Qu, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021 タイトル: Engineering Leifsonia Alcohol Dehydrogenase for Thermostability and Catalytic Efficiency by Enhancing Subunit Interactions. 著者: Zhu, L. / Song, Y. / Chang, C. / Ma, H. / Yang, L. / Deng, Z. / Deng, W. / Qu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v1q.cif.gz | 704.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v1q.ent.gz | 605.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v1q_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v1q_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v1q_validation.xml.gz | 75.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v1q_validation.cif.gz | 107.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v1q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25260.756 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leifsonia antarctica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-IPA / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.75 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium acetate/Acetic acid, pH 7.0, 0.2M Zinc acetate, 20% PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 219460 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 11079 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.58→49.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.67 Å2 / Biso mean: 10.53 Å2 / Biso min: 1.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.58→49.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.581→1.622 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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