PDB-7v10: Factor XIa in Complex with Compound 2d

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v10

タイトル

Factor XIa in Complex with Compound 2d

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / Hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Shaffer, P.L. / Spurlino, J. / Milligan, C.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions.
著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v10.cif.gz	116.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v10.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v10_validation.pdf.gz	749.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v10_full_validation.pdf.gz	751.3 KB	表示
XML形式データ	7v10_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7v10_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v0zC 7v11C 7v12C 7v13C 7v14C 7v15C 7v16C 7v17C 7v18C 3sosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.411, 59.693, 67.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物	ChemComp-OQI / methyl ~{N}-[4-[1-[(1~{R})-1-[5-[3-chloranyl-2-fluoranyl-6-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]-1-oxidanyl-pyridin-2-yl]-2-cyclopropyl-ethyl]pyrazol-4-yl]phenyl]carbamate 分子量: 574.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₄ClFN₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 20090 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 17.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.161 / Χ²: 2.343 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.798-1.83	3.2	0.99	794	0.524	0.642	1.185	1.22	71.6
1.83-1.86	3.2	0.978	825	0.52	0.631	1.168	1.249	72.9
1.86-1.9	3.3	0.788	818	0.649	0.5	0.936	1.24	74.6
1.9-1.94	3.2	0.657	846	0.663	0.423	0.784	1.289	75.9
1.94-1.98	3.3	0.556	885	0.753	0.355	0.662	1.321	77.6
1.98-2.03	3.3	0.441	893	0.785	0.28	0.524	1.338	80.3
2.03-2.08	3.3	0.369	921	0.836	0.234	0.438	1.432	81.2
2.08-2.13	3.3	0.336	956	0.869	0.212	0.399	1.499	83.9
2.13-2.2	3.4	0.289	964	0.89	0.181	0.341	1.43	85.5
2.2-2.27	3.4	0.281	967	0.89	0.176	0.332	1.609	87
2.27-2.35	3.5	0.252	1036	0.915	0.156	0.298	1.793	91.1
2.35-2.44	3.7	0.244	1069	0.937	0.146	0.286	1.698	93.6
2.44-2.55	3.8	0.226	1073	0.945	0.133	0.263	1.922	94.6
2.55-2.69	4	0.202	1089	0.955	0.114	0.233	2.04	95.7
2.69-2.86	4.4	0.182	1116	0.964	0.097	0.207	2.182	97.6
2.86-3.08	4.8	0.148	1136	0.977	0.076	0.167	2.513	98.5
3.08-3.39	5.3	0.119	1127	0.984	0.057	0.132	3.178	98.1
3.39-3.88	5.8	0.097	1154	0.991	0.045	0.107	3.637	98.9
3.88-4.88	5.5	0.082	1175	0.992	0.04	0.091	3.775	98.6
4.88-50	4.7	0.082	1246	0.993	0.042	0.093	3.718	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SOS

3sos

解像度: 1.798→44.615 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	1998	9.96 %
R_work	0.1902	18059	-
obs	0.1942	20057	87.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.11 Å² / B_iso mean: 21.9915 Å² / B_iso min: 6.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.798→44.615 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	83	95	2053
B_iso mean	-	-	25.64	24.58	-
残基数	-	-	-	-	236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	2742
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.945	1175

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7982-1.8432	0.3407	107	0.293	1018	71
1.8432-1.8931	0.343	119	0.2785	1056	74
1.8931-1.9488	0.3013	129	0.2385	1107	76
1.9488-2.0117	0.3165	123	0.2149	1145	79
2.0117-2.0836	0.2625	132	0.2006	1175	81
2.0836-2.167	0.2348	138	0.1871	1219	84
2.167-2.2656	0.244	131	0.1946	1255	87
2.2656-2.385	0.2222	147	0.1979	1352	92
2.385-2.5345	0.2528	150	0.201	1370	94
2.5345-2.7301	0.2586	159	0.2018	1416	96
2.7301-3.0048	0.2648	158	0.2083	1445	98
3.0048-3.4395	0.2014	162	0.183	1456	99
3.4395-4.3328	0.1891	168	0.1521	1477	99
4.3328-44.615	0.1892	175	0.1717	1568	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1162	0.314	0.0959	2.1866	-0.1503	1.6347	-0.0229	-0.1366	-0.1652	0.1189	0.007	0.1283	0.159	0.0054	0.0119	0.1169	0.0101	0.0161	0.0885	0.0056	0.1089	-23.3208	-15.4896	13.3017
2	4.224	-0.2041	1.2567	2.5834	0.6577	1.3009	-0.0295	0.0057	0.5537	-0.021	0.1029	-0.0172	-0.2842	0.1797	-0.0884	0.2109	-0.0109	0.0344	0.1158	-0.0244	0.1655	-20.1625	1.7586	15.5772
3	2.2962	0.3145	-1.5728	0.3736	0.1245	3.5685	0.0684	-0.2906	-0.0602	0.1057	0.0132	-0.2356	0.0112	0.4113	-0.0703	0.1424	0.0102	-0.053	0.1596	-0.0286	0.1768	-5.4537	-8.9178	12.897
4	2.132	-0.0373	0.068	1.9753	-0.1442	1.9371	0.0208	-0.0915	0.0828	0.0689	0.0843	-0.2015	-0.0995	0.2128	-0.0505	0.0837	-0.0088	0.004	0.0944	-0.0322	0.1098	-11.7973	-4.6144	11.3255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 388 through 491 )	A	388 - 491
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 492 through 518 )	A	492 - 518
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 519 through 557 )	A	519 - 557
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 558 through 623 )	A	558 - 623

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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