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- PDB-7v0e: Crystal structure of the macro-oligomeric form of DNMT3B methyltr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v0e
タイトルCrystal structure of the macro-oligomeric form of DNMT3B methyltransferase domain.
要素DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
キーワードTRANSFERASE / DNMT3B / DNA methylation / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / methylation / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27016388184 Å
データ登録者Gao, L. / Lu, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of DNMT3B homo-oligomer reveals vulnerability to impairment by ICF mutations.
著者: Gao, L. / Guo, Y. / Biswal, M. / Lu, J. / Yin, J. / Fang, J. / Chen, X. / Shao, Z. / Huang, M. / Wang, Y. / Wang, G.G. / Song, J.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
E: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
F: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
G: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
H: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,32816
ポリマ－260,2538
非ポリマー3,0758
水52229
1
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
E: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
F: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6648
ポリマ－130,1274
非ポリマー1,5384
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
G: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
H: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6648
ポリマ－130,1274
非ポリマー1,5384
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.393, 164.393, 209.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / DNA MTase HsaIIIB / M.HsaIIIB


分子量: 32531.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.12 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH6.5, 1.4 M Ammonium sulfate, 0.2 mM AdoHcy and 8% v/v 1,4-Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→142.37 Å / Num. obs: 93113 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 77.616004121 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.27→3.33 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.983 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4439 / CC1/2: 0.36 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U8P

6u8p


解像度: 3.27016388184→84.2879255551 Å / SU ML: 0.442274794998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96362416394 / 位相誤差: 24.7193021628
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234582384558 2021 2.17101729509 %
Rwork0.205608383487 91069 -
obs0.206233223941 93090 95.2639227164 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.7766686248 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.27016388184→84.2879255551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17217 0 0 29 17246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071255778008417640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86834608048623876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05273399624532600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00525328658263040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1074117726458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2702-3.35190.3966561853311310.3407121226686132X-RAY DIFFRACTION89.30557536
3.3519-3.44260.3435880102261560.3089995920566557X-RAY DIFFRACTION97.1209490741
3.4426-3.54390.3556473354071470.2776469405196650X-RAY DIFFRACTION96.9614835949
3.5439-3.65830.2741617892281430.2401908510836647X-RAY DIFFRACTION97.0970970971
3.6583-3.7890.2767251009971500.2371683465286556X-RAY DIFFRACTION96.5864899899
3.789-3.94070.2475528352211380.2149154235896586X-RAY DIFFRACTION96.3185790001
3.9407-4.12010.2541189606291450.1968075899696324X-RAY DIFFRACTION92.2298260622
4.1201-4.33730.2175925132091470.173002163596564X-RAY DIFFRACTION96.658504969
4.3373-4.6090.1825392274141430.1564353256356692X-RAY DIFFRACTION98.1194372667
4.609-4.96480.2044238277431450.1619945124156683X-RAY DIFFRACTION97.4593205824
4.9648-5.46440.2106059510061500.1779280917376268X-RAY DIFFRACTION91.7774917775
5.4644-6.25490.2109216401581460.2109216401586649X-RAY DIFFRACTION97.7838537919
6.2549-7.87960.2085984134361460.2140204613046518X-RAY DIFFRACTION95.118469883
7.8796-84.28792555510.193354051071340.1888512542626243X-RAY DIFFRACTION91.4527463072

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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