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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v03 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from Cuscuta australis | ||||||
![]() | triosephosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / TIM / triosephosphate isomerase / glycolysis / gluconeogenesis / Calvin-Benson-Bassham Cycle | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jones, G. / Vickers, C. / Patrick, W. / Jameson, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from Cuscuta australis 著者: Jones, G. / Vickers, C. / Patrick, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4obtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29658.768 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % 解説: Large coffin shaped crystal, condition also contained an unidentified microbial contaminant. |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium chloride 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9464 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→45.94 Å / Num. obs: 89461 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.84 Å / Num. unique obs: 8804 / CC1/2: 0.979 / % possible all: 98.38 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OBT 解像度: 1.78→45.94 Å / SU ML: 0.226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.582 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→45.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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