PDB-7v03: Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v03

タイトル

Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from Cuscuta australis

要素

triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM / triosephosphate isomerase / glycolysis / gluconeogenesis / Calvin-Benson-Bassham Cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cuscuta australis (マメダオシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Jones, G. / Vickers, C. / Patrick, W. / Jameson, G.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from Cuscuta australis
著者: Jones, G. / Vickers, C. / Patrick, W.

履歴

登録	2022年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v03.cif.gz	265.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v03.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v03_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v03_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7v03_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	7v03_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4obtS 7skj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: triosephosphate isomerase

B: triosephosphate isomerase

C: triosephosphate isomerase

D: triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: triosephosphate isomerase

D: triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: triosephosphate isomerase

C: triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.102, 130.132, 74.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.011, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	triosephosphate isomerase 分子量: 29658.768 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cuscuta australis (マメダオシ) / 遺伝子: DM860_000111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A328CVN3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.1 % 解説: Large coffin shaped crystal, condition also contained an unidentified microbial contaminant.
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium chloride 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9464 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9464 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→45.94 Å / Num. obs: 89461 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 13.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.31
反射シェル	解像度: 1.78→1.84 Å / Num. unique obs: 8804 / CC_1/2: 0.979 / % possible all: 98.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OBT

4obt

解像度: 1.78→45.94 Å / SU ML: 0.226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.582
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	4533	5.07 %
R_work	0.2112	84846	-
obs	0.2133	89379	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→45.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7129	0	6	1111	8246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	7268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8764	9913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0583	1177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9999	1010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8	0.2581	146	0.2057	2711	X-RAY DIFFRACTION	96.36
1.8-1.82	0.2538	186	0.1983	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.82-1.84	0.2761	136	0.2124	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.84-1.87	0.2551	167	0.2102	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.87-1.89	0.3011	155	0.212	2800	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.89-1.92	0.2683	170	0.2081	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.92-1.95	0.288	158	0.206	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.95-1.97	0.2483	156	0.1998	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.97-2.01	0.2514	139	0.2042	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.01-2.04	0.2651	139	0.2058	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.04-2.07	0.2254	147	0.205	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.07-2.11	0.2629	132	0.2056	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.11-2.15	0.2877	139	0.2074	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.15-2.2	0.2433	113	0.1998	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.2-2.24	0.2518	137	0.1991	2898	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.24-2.3	0.2753	168	0.2086	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.3-2.35	0.2991	153	0.2164	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.35-2.42	0.2558	171	0.2159	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.42-2.49	0.2649	145	0.2139	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.49-2.57	0.2758	170	0.2119	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.57-2.66	0.2777	126	0.2172	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.66-2.77	0.2366	160	0.2224	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.77-2.89	0.263	136	0.2155	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.89-3.04	0.2495	157	0.2163	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.05-3.24	0.2644	150	0.2192	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.24-3.49	0.2554	165	0.2148	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.49-3.84	0.2313	136	0.2047	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.84-4.39	0.2067	158	0.2022	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.7
4.39-5.53	0.2288	154	0.2056	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.77
5.53-45.94	0.2343	164	0.2352	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.74

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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