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- PDB-7v03: Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from C... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7v03 | ||||||
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Title | Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from Cuscuta australis | ||||||
![]() | triosephosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / TIM / triosephosphate isomerase / glycolysis / gluconeogenesis / Calvin-Benson-Bassham Cycle | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jones, G. / Vickers, C. / Patrick, W. / Jameson, G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of cytoplasmic triosephosphate isomerase from Cuscuta australis Authors: Jones, G. / Vickers, C. / Patrick, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 265.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 168.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4obtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29658.768 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 39.1 % Description: Large coffin shaped crystal, condition also contained an unidentified microbial contaminant. |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium chloride 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9464 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→45.94 Å / Num. obs: 89461 / % possible obs: 99.57 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.31 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.84 Å / Num. unique obs: 8804 / CC1/2: 0.979 / % possible all: 98.38 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4OBT Resolution: 1.78→45.94 Å / SU ML: 0.226 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.582 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→45.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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