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- PDB-7uzt: Crystal structure of the human astrovirus MLB1 capsid protein spi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uzt
タイトルCrystal structure of the human astrovirus MLB1 capsid protein spike domain at 1.86-A resolution
要素Capsid polyprotein VP90
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid protein / spike domain / projection domain
機能・相同性Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Astrovirus MLB1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Delgado-Cunningham, K. / DuBois, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI144090 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of the divergent human astrovirus MLB capsid spike.
著者: Delgado-Cunningham, K. / Lopez, T. / Khatib, F. / Arias, C.F. / DuBois, R.M.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid polyprotein VP90
B: Capsid polyprotein VP90
C: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9253
ポリマ－88,9253
非ポリマー00
水4,161231
1
A: Capsid polyprotein VP90

A: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2832
ポリマ－59,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
2
B: Capsid polyprotein VP90

B: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2832
ポリマ－59,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3140 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
3
C: Capsid polyprotein VP90

C: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2832
ポリマ－59,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3240 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.100, 77.109, 75.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.710, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-748-

HOH

21B-767-

HOH

31C-722-

HOH

41C-747-

HOH

51C-762-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Capsid polyprotein VP90


分子量: 29641.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Astrovirus MLB1 (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B6UYJ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-tris-HCl pH 5.5, 22.5% w/v polyethylene glycol 3350, 0.35 M magnesium chloride

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
401N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211.00004
シンクロトロンALS 5.0.24
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2021年6月5日
DECTRIS PILATUS3 6M4PIXEL2021年6月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.000041
21
反射解像度: 1.86→47.66 Å / Num. obs: 63807 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.95 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 219235 / Scaling rejects: 156
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.93.30.4331262637880.8840.2740.5142.794.2
9.11-47.663.40.03920285890.9980.0240.04616.498.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
BOSデータ収集
XDSFebruary 5, 2021データ削減
Aimless0.7.7.データスケーリング
Coot0.9.5モデル構築
PHENIX1.19.1_4122位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→47.66 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 2015 3.16 %
Rwork0.2417 61779 -
obs0.2423 63794 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.16 Å2 / Biso mean: 22.5145 Å2 / Biso min: 6.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→47.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5024 0 0 231 5255
Biso mean---26.08 -
残基数----639
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.86-1.910.32661450.28674285443095
1.91-1.960.29811500.25994325447597
1.96-2.010.29871390.25524340447997
2.01-2.080.30631350.24334384451997
2.08-2.150.2661430.2334416455998
2.15-2.240.24911420.2414352449498
2.24-2.340.26951490.2384414456398
2.34-2.470.28171350.25974396453198
2.47-2.620.2831380.25394427456598
2.62-2.820.28621460.26234409455598
2.82-3.110.2711500.25674464461499
3.11-3.560.26731430.23754468461199
3.56-4.480.21161490.21684515466499
4.48-47.660.22941510.23134584473599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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