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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uzl | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of 9-residue Rosetta-designed cyclic peptide D9.16 in CDCl3 with cis/trans switching (B-TC conformation) | ||||||
要素 | Cyclic peptide D9.16 DPR-MAA-ALA-DVA-MLE-LEU-LEU-PRO-DLE | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / non natural amino acids / cis/trans / switch peptides / de novo design / membrane permeability | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / na | ||||||
データ登録者 | Ramelot, T.A. / Tejero, R. / Montelione, G.T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Accurate de novo design of membrane-traversing macrocycles. 著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / ...著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / Craven, T.W. / Tejero, R. / Lauko, A. / Choi, R. / Glynn, C. / Dong, L. / Griffin, R. / van Voorhis, W.C. / Rodriguez, J. / Stewart, L. / Montelione, G.T. / Craik, D. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uzl.cif.gz | 62.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uzl.ent.gz | 46.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uzl_validation.pdf.gz | 358.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uzl_full_validation.pdf.gz | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7uzl_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uzl_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uzl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ubcC 7ubdC 7ubeC 7ubfC 7ubgC 7ubhC 7ubiC 7ucpC 8ctoC 8cunC 8cwaC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 934.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 6 mg/mL peptide, 0.03 % TMS, chloroform / 詳細: D9.16-CDCl3 / Label: peptide / 溶媒系: chloroform | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: NA Not defined / Label: conditions_1 / pH: 0.0 Not defined / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 293 K / Temperature err: 1 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: CP-TCI-Pharaoh - RPI |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: na / ソフトェア番号: 1 詳細: This is conformation B (TC) of the same 9-residue cyclic peptide present in the same NMR sample in CDCl3. TT conformation has trans DPR-1 and trans DPR-8. TC conformation has trans DPR-1 and cis DPR-8 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |