PDB-7uz2: Structure of beta-glycosidase from Sulfolobus solfataricus in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uz2

タイトル

Structure of beta-glycosidase from Sulfolobus solfataricus in complex with C5a-fluoro-valienide.

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Covalent Inhibition / Glycoside Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Danby, P.M. / Jeong, A. / Sim, L. / Sweeney, R.P. / Wardman, J.F. / Geissner, A. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Vinyl Halide-Modified Unsaturated Cyclitols are Mechanism-Based Glycosidase Inhibitors.
著者: Danby, P.M. / Jeong, A. / Sim, L. / Sweeney, R.P. / Wardman, J.F. / Karimi, R. / Geissner, A. / Worrall, L.J. / Reid, J.P. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.

履歴

登録	2022年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uz2.cif.gz	390.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uz2.ent.gz	311.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uz2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uz2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uz2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7uz2_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	7uz2_validation.cif.gz	54.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uz2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uz1C 1uwrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.265, 168.265, 95.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Beta-galactosidase / Glycoside hydrolase family 1 protein 分子量: 56826.465 Da / 分子数: 2 / 変異: A235H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 遺伝子: HFC64_10340, SSOP1_3114, SULA_0798, SULB_0800, SULC_0798, SULZ_04135 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3K5E4
#2: 化合物	ChemComp-OML / (1R,2S,3R,4R)-5-fluoro-6-(hydroxymethyl)cyclohex-5-ene-1,2,3,4-tetrol / C5a-fluoro-valienide 分子量: 194.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁FO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10 - 13 % PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate, 0.2M Ammonium Acetate, 5% ethylene glycol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→47.8 Å / Num. obs: 136568 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.83→1.88 Å / R_merge(I) obs: 1.115 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 6735 / CC_1/2: 0.28 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1uwr

1uwr

解像度: 1.83→45.419 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.248 / WR_factor R_work: 0.211 / SU B: 4.186 / SU ML: 0.115 / Average fsc free: 0.8168 / Average fsc work: 0.8297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2423	6942	5.085 %
R_work	0.2074	129590	-
all	0.209	-	-
obs	-	136532	99.912 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.337 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.871 Å²	-0.436 Å²	0 Å²
2-	-	-0.871 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.826 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→45.419 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7926	0	24	340	8290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	8212
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.643	11182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.392	1.579	16605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.288	5	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.159	21.184	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.339	15	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.695	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.088	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.685	4.289	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.675	4.288	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.61	6.423	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.61	6.424	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.01	4.541	4302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.01	4.541	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.416	6.692	6298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.415	6.692	6299
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.453	48.082	9377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.437	47.973	9322

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.878	0.392	503	0.38	9527	X-RAY DIFFRACTION	99.801
1.878-1.929	0.376	531	0.358	9249	X-RAY DIFFRACTION	99.9898
1.929-1.985	0.387	444	0.331	9065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.985-2.046	0.346	469	0.306	8770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.046-2.113	0.329	452	0.281	8491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.113-2.187	0.309	450	0.261	8266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.187-2.27	0.268	465	0.243	7928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.362	0.305	412	0.252	7659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.362-2.467	0.289	397	0.225	7324	X-RAY DIFFRACTION	99.987
2.467-2.588	0.265	408	0.225	7015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.588-2.728	0.256	358	0.22	6670	X-RAY DIFFRACTION	99.1255
2.728-2.893	0.254	324	0.208	6345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.893-3.093	0.251	289	0.212	5987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.093-3.34	0.243	273	0.217	5580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.659	0.25	255	0.213	5157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.659-4.091	0.209	238	0.186	4670	X-RAY DIFFRACTION	99.9796
4.091-4.723	0.184	227	0.146	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
4.723-5.783	0.19	194	0.163	3480	X-RAY DIFFRACTION	99.351
5.783-8.172	0.182	161	0.16	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
8.172-45.419	0.214	92	0.167	1562	X-RAY DIFFRACTION	99.3393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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