PDB-7uz1: Structure of beta-glycosidase from Sulfolobus solfataricus in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uz1

タイトル

Structure of beta-glycosidase from Sulfolobus solfataricus in complex with C5a-bromo-valienide.

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Covalent Inhibition / Glycoside Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Danby, P.M. / Jeong, A. / Sim, L. / Sweeney, R.P. / Wardman, J.F. / Karimi, R. / Geissner, A. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Vinyl Halide-Modified Unsaturated Cyclitols are Mechanism-Based Glycosidase Inhibitors.
著者: Danby, P.M. / Jeong, A. / Sim, L. / Sweeney, R.P. / Wardman, J.F. / Karimi, R. / Geissner, A. / Worrall, L.J. / Reid, J.P. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.

履歴

登録	2022年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uz1.cif.gz	392.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uz1.ent.gz	312.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uz1_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uz1_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7uz1_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	7uz1_validation.cif.gz	56.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uz2C 1uwrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.088, 168.088, 95.548
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Beta-galactosidase / Glycoside hydrolase family 1 protein 分子量: 56826.465 Da / 分子数: 2 / 変異: A235H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 遺伝子: HFC64_10340, SSOP1_3114, SULA_0798, SULB_0800, SULC_0798, SULZ_04135 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3K5E4
#2: 化合物	ChemComp-OM0 / (1R,2S,3R,4R)-5-bromo-6-(hydroxymethyl)cyclohex-5-ene-1,2,3,4-tetrol / C5a-bromo-valienide 分子量: 255.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁BrO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10 - 13 % PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate, 0.2M Ammonium Acetate, 5% ethylene glycol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→46.4 Å / Num. obs: 211061 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.58→1.62 Å / R_merge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 10372 / CC_1/2: 0.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UWR

1uwr

解像度: 1.58→43.301 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.204 / SU B: 1.941 / SU ML: 0.064 / Average fsc free: 0.8704 / Average fsc work: 0.8769 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	10231	4.848 %
R_work	0.1894	200792	-
all	0.19	-	-
obs	-	211023	99.868 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.763 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.345 Å²	-0.173 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.345 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→43.301 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7941	0	28	392	8361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	8230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.906	1.643	11197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.502	1.58	16727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.956	5	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.173	21.247	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.512	15	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.775	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	9492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	6814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	3943
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.031	3.415	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.028	3.414	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.699	5.117	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.701	5.118	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.072	3.707	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.072	3.707	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.712	5.421	6313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.711	5.421	6314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.55	38.615	9377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.548	38.479	9323

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.621	0.341	777	0.344	14804	X-RAY DIFFRACTION	99.9936
1.621-1.665	0.304	715	0.311	14425	X-RAY DIFFRACTION	99.9934
1.665-1.714	0.299	701	0.291	14003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.714-1.766	0.286	712	0.27	13617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.766-1.824	0.281	642	0.252	13233	X-RAY DIFFRACTION	99.9928
1.824-1.888	0.267	654	0.242	12742	X-RAY DIFFRACTION	99.8137
1.888-1.96	0.276	651	0.227	12317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.04	0.261	609	0.221	11858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.13	0.258	596	0.22	11393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.234	0.223	543	0.204	10921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.234-2.355	0.241	543	0.203	10393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.355-2.498	0.223	519	0.188	9798	X-RAY DIFFRACTION	99.9419
2.498-2.67	0.225	501	0.185	9198	X-RAY DIFFRACTION	99.8045
2.67-2.884	0.203	406	0.176	8655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.884-3.159	0.221	388	0.185	7969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.159-3.532	0.214	346	0.191	7228	X-RAY DIFFRACTION	100
3.532-4.078	0.159	307	0.163	6374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.078-4.994	0.144	287	0.133	5395	X-RAY DIFFRACTION	99.2489
4.994-7.058	0.189	235	0.166	4192	X-RAY DIFFRACTION	99.7297
7.058-43.301	0.282	99	0.22	2277	X-RAY DIFFRACTION	93.2862

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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