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- PDB-7uyl: 850 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uyl
タイトル850 Fab
要素
  • 850 Fab Heavy Chain
  • 850 Fab Light Chain
  • VHH nanobody
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / antibody / malaria / Plasmodium falciparum / circumsporozoite protein
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kucharska, I. / Prieto, K. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 米国, 6件
組織認可番号国
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
Ontario Research Fund カナダ
Canada Research Chairs カナダ
Bill & Melinda Gates FoundationINV-008866 米国
CIFAR Azrieli Global Scholars カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: High-density binding to Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeats by inhibitory antibody elicited in mouse with human immunoglobulin repertoire.
著者: Iga Kucharska / Špela Binter / Rajagopal Murugan / Stephen W Scally / Julia Ludwig / Katherine Prieto / Elaine Thai / Giulia Costa / Kan Li / Gillian Q Horn / Yevel Flores-Garcia / Alexandre ...著者: Iga Kucharska / Špela Binter / Rajagopal Murugan / Stephen W Scally / Julia Ludwig / Katherine Prieto / Elaine Thai / Giulia Costa / Kan Li / Gillian Q Horn / Yevel Flores-Garcia / Alexandre Bosch / Taylor Sicard / John L Rubinstein / Fidel Zavala / S Moses Dennison / Georgia D Tomaras / Elena A Levashina / Paul Kellam / Hedda Wardemann / Jean-Philippe Julien /
要旨: Antibodies targeting the human malaria parasite Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) can prevent infection and disease. PfCSP contains multiple central repeating NANP motifs; some ...Antibodies targeting the human malaria parasite Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) can prevent infection and disease. PfCSP contains multiple central repeating NANP motifs; some of the most potent anti-infective antibodies against malaria bind to these repeats. Multiple antibodies can bind the repeating epitopes concurrently by engaging into homotypic Fab-Fab interactions, which results in the ordering of the otherwise largely disordered central repeat into a spiral. Here, we characterize IGHV3-33/IGKV1-5-encoded monoclonal antibody (mAb) 850 elicited by immunization of transgenic mice with human immunoglobulin loci. mAb 850 binds repeating NANP motifs with picomolar affinity, potently inhibits Plasmodium falciparum (Pf) in vitro and, when passively administered in a mouse challenge model, reduces liver burden to a similar extent as some of the most potent anti-PfCSP mAbs yet described. Like other IGHV3-33/IGKV1-5-encoded anti-NANP antibodies, mAb 850 primarily utilizes its HCDR3 and germline-encoded aromatic residues to recognize its core NANP motif. Biophysical and cryo-electron microscopy analyses reveal that up to 19 copies of Fab 850 can bind the PfCSP repeat simultaneously, and extensive homotypic interactions are observed between densely-packed PfCSP-bound Fabs to indirectly improve affinity to the antigen. Together, our study expands on the molecular understanding of repeat-induced homotypic interactions in the B cell response against PfCSP for potently protective mAbs against Pf infection.
履歴
登録2022年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02022年12月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 850 Fab Heavy Chain
L: 850 Fab Light Chain
K: VHH nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4057
ポリマ－59,0363
非ポリマー3684
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.180, 137.180, 63.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: 抗体 850 Fab Heavy Chain


分子量: 24234.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 850 Fab Light Chain


分子量: 23476.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 VHH nanobody


分子量: 11326.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 85 mM Tris pH 8.5, 170 mM sodium acetate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.16 Å / Num. obs: 40192 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.93 % / CC1/2: 0.995 / Net I/av σ(I): 1.95 / Net I/σ(I): 8.55
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 5428 / CC1/2: 0.706 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XPREPデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D01

6d01


解像度: 2→37.16 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 1991 4.96 %
Rwork0.1739 --
obs0.1758 40174 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4066 0 24 388 4478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7086017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8181580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.30441420.24042713X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.27051390.23392689X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.170.22921440.21272718X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.240.2631410.20412717X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.320.26561390.21122719X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.410.2631380.20732708X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.520.251450.21342712X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.650.25151420.18952703X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.820.2371410.19232722X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.040.21661450.17242743X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.340.21151430.17022730X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.820.18821410.14332732X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.820.15331440.1292766X-RAY DIFFRACTION100
4.82-37.160.18231470.16452811X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9368-2.3225-3.98143.90111.35965.2664-0.3601-0.3296-0.50530.55470.160.26410.4285-0.01360.23920.2139-0.0778-0.02750.20880.03310.1318-15.859-51.97748.148
23.9143-2.2212-5.50454.71653.83377.886-0.0751-0.6056-0.08450.23070.2342-0.4498-0.09840.25710.04850.18-0.0254-0.03820.24340.00690.1461-8.926-51.55946.967
36.0316-0.08361.77014.7065-4.8656.5071-0.3554-0.2626-1.4126-0.01120.1947-0.74830.51640.06250.28060.23030.0389-0.01710.36520.09970.46292.748-54.92737.558
43.5274.831-1.2246.6477-1.57130.7801-0.33870.3822-0.2884-0.31750.2071-0.02160.25970.04350.11830.1786-0.01790.02120.249-0.03610.14-18.451-53.75235.975
50.4661-0.0957-1.68716.709-0.06276.13140.24190.0220.13850.1299-0.1273-0.1023-0.19220.2327-0.05210.14120.0025-0.00540.13920.01780.0912-6.965-44.78934.046
62.738-1.74761.25433.887-0.47653.7944-0.15040.13040.26610.2399-0.089-0.2866-0.10090.34340.22250.1794-0.03890.00430.18640.04420.186-9.626-44.70141.988
71.31940.4283-2.39131.2339-0.05724.8387-0.124-0.0285-0.22280.0138-0.03190.01130.2063-0.00860.12870.12790.0068-0.04470.17610.03090.1571-12.814-50.43436.539
86.3774-1.4678-4.31834.16371.10022.9272-0.3692-0.1436-0.5306-0.30590.0446-0.10431.0940.13810.42070.30610.04130.01320.23820.05610.2745-9.191-59.96336.139
95.6429-2.37724.19582.30320.29248.4667-0.82750.0368-0.33920.99430.08470.79140.1074-0.67570.73010.2636-0.02740.08810.2113-0.03180.2636-24.748-50.91148.279
102.63262.53280.75288.82282.57353.1134-0.09070.31390.2373-0.40340.11270.1497-0.326-0.0041-0.00080.1765-0.020.01970.22410.05530.188811.4-21.554-2
114.40551.086-1.4684.1403-0.72074.33950.00130.1705-0.31960.1051-0.0219-0.3883-0.03440.2830.02620.1539-0.0206-0.02430.1849-0.04350.232519.622-24.7963.338
122.91631.2371-0.43065.54012.14814.91530.07840.058-0.0327-0.0325-0.0243-0.5118-0.1227-0.0257-0.11790.1010.00220.00350.17920.04010.258816.537-23.3475.191
131.45750.71460.30451.07460.44530.3662-0.08760.1096-0.09780.00930.1129-0.118-0.0256-0.0461-0.02150.188-0.00130.01950.2270.00620.1581-9.991-43.0222.068
148.41753.1607-6.32422.4349-2.89297.5184-0.12020.505-0.0022-0.14530.22480.08150.0274-0.4759-0.09940.2146-0.0059-0.01090.25510.00120.1466-19.154-44.626-4.918
152.51790.7851.05952.2975-0.58930.9211-0.047-0.1236-0.41750.0734-0.057-0.27290.06860.14970.08490.1691-0.0009-0.03050.18910.0050.20076.404-32.72826.094
164.32820.1751-1.38741.4075-0.26192.68770.0138-0.12870.13590.09420.0107-0.1431-0.11430.1028-0.0190.1621-0.0098-0.02490.1298-0.02280.19439.822-24.34522.753
171.25930.73660.52411.91590.84812.1403-0.0380.0833-0.1759-0.19910.0226-0.13260.1837-0.1002-0.02350.2075-0.010.02760.14390.01840.1688-10.701-50.212.996
182.19130.2475-0.27841.54991.47123.1515-0.087-0.0721-0.26-0.0610.2255-0.21220.28250.3063-0.13350.21570.03930.01570.23650.0410.2014-7.517-49.41613.63
191.6048-0.40050.04570.68050.54960.6528-0.11320.0689-0.4164-0.23460.0562-0.35620.77470.0216-0.01880.5254-0.00210.11590.1745-0.00110.2984-8.924-61.4096.912
201.91740.50390.75694.88994.55055.8614-0.1638-0.0584-0.1694-0.1191-0.01180.16110.4485-0.26480.19120.2767-0.05520.02320.11250.03130.2096-14.464-59.20117.814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN K AND RESID 2:17 )K2 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN K AND RESID 18:25 )K18 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN K AND RESID 26:33 )K26 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN K AND RESID 34:45 )K34 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN K AND RESID 46:60 )K46 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN K AND RESID 61:83 )K61 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN K AND RESID 84:107 )K84 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN K AND RESID 108:114 )K108 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN K AND RESID 115:121 )K115 - 121
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN H AND RESID 1:33 )H1 - 33
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN H AND RESID 34:75 )H34 - 75
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 76:100 )H76 - 100
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 101:188 )H101 - 188
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND RESID 189:214 )H189 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 1:18 )L1 - 18
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 19:101 )L19 - 101
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 102:149 )L102 - 149
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN L AND RESID 150:173 )L150 - 173
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 174:197 )L174 - 197
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN L AND RESID 198:212 )L198 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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