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- PDB-7uy4: Aminoglycoside-modifying enzyme ANT-3,9 in complex with spectinom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uy4
タイトルAminoglycoside-modifying enzyme ANT-3,9 in complex with spectinomycin and AMP-PNP
要素Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Antibiotic resistance / Drug modifying enzymes / aminoglycoside / spectinonmycin / streptomycin / AMEs / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


streptomycin 3''-adenylyltransferase / aminoglycoside 3''-adenylyltransferase activity / adenylyltransferase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyltransferase AadA/Aad9 / Adenylyltransferase AadA, C-terminal domain / Aminoglycoside adenylyltransferase, C-terminal domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / SPECTINOMYCIN / Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Reeve, S.M. / Lee, R.E. / Das, N. / Jayaraman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of the spectinomycin deactivating enzyme ANT-3,9
著者: Das, N. / Reeve, S.M. / Lee, R.E.
履歴
登録2022年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
B: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,24310
ポリマ－57,4332
非ポリマー1,8108
水6,341352
1
A: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6225
ポリマ－28,7161
非ポリマー9054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6225
ポリマ－28,7161
非ポリマー9054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.043, 106.958, 114.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 256 / Label seq-ID: 1 - 256

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase


分子量: 28716.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aadA1 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: W8FS12, streptomycin 3''-adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-SMI / SPECTINOMYCIN / (2R,4aR,5aR,6S,7S,8R,9S,9aR,10aS)-2-methyl-6,8-bis(methylamino)hexahydro-2H-pyrano[2,3-b][1,4]benzodioxine-4,4,4a,7,9(3H,10aH)-pentol


分子量: 350.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, pH 6.2 0.2M MgCl2 20% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 40924 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / Rmerge(I) obs: 1.067 / Num. unique obs: 2573

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6xxq

6xxq


解像度: 1.98→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.989 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22147 2158 5 %RANDOM
Rwork0.17845 ---
obs0.1806 40924 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.94 Å2-0 Å2
3---1.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.98→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3991 0 114 352 4457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.665848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3731.5989189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8855525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72622.925212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.50815661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4171526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4594.7452081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4564.7432080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5557.1032605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5557.1052606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1065.0392164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1055.0392165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7047.4263242
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.26159.2045257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.26159.1145245
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7967 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.029 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 156 -
Rwork0.185 2573 -
obs--86.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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