PDB-7uy3: Crystal structure of human Fgr tyrosine kinase in complex with TL02-59

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uy3

タイトル

Crystal structure of human Fgr tyrosine kinase in complex with TL02-59

要素

Tyrosine-protein kinase Fgr

キーワード

TRANSFERASE / Fgr / TL02-59 / SIGNALING PROTEIN / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of natural killer cell activation / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / regulation of protein kinase activity / positive regulation of mast cell degranulation / Fc-gamma receptor I complex binding / regulation of phagocytosis / myoblast proliferation / skeletal system morphogenesis / aggresome / immunoglobulin receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Du, S. / Alvarado, J.J. / Smithgall, T.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: ATP-site inhibitors induce unique conformations of the acute myeloid leukemia-associated Src-family kinase, Fgr.
著者: Du, S. / Alvarado, J.J. / Wales, T.E. / Moroco, J.A. / Engen, J.R. / Smithgall, T.E.

履歴

登録	2022年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uy3.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uy3.ent.gz	138.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/7uy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/7uy3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uy0C 2srcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (2)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein kinase Fgr

ヘテロ分子

53.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.285, 151.285, 130.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Tyrosine-protein kinase Fgr / Gardner-Rasheed feline sarcoma viral (v-fgr) oncogene homolog / Proto-oncogene c-Fgr / p55-Fgr / ...Gardner-Rasheed feline sarcoma viral (v-fgr) oncogene homolog / Proto-oncogene c-Fgr / p55-Fgr / p58-Fgr / p58c-Fgr 分子量: 52241.254 Da / 分子数: 1 / 変異: Q528E, P529E, G530I, D531P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGR, SRC2 / プラスミド: pFastBac1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P09769, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-OJL / 3-[(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxy]-N-{4-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-4-methylbenzamide 分子量: 609.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₄F₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: For co-crystallization with TL02-59, Fgr (3.2 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 8.3, 100 mM NaCl, and 2 mM TCEP) was mixed with 10 mM TL02-59 (in 100% DMSO) to a final concentration of 120 microM ...詳細: For co-crystallization with TL02-59, Fgr (3.2 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 8.3, 100 mM NaCl, and 2 mM TCEP) was mixed with 10 mM TL02-59 (in 100% DMSO) to a final concentration of 120 microM (0.6% DMSO final) and incubated for thirty minutes at 298 K. Diffraction quality crystals were grown by sitting- and hanging-drop vapor diffusion at 277 K by mixing Fgr/TL02-59 in a 1:1 ratio with the mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate and 1% 1,2-butanediol)

結晶

マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.7 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: For co-crystallization with TL02-59, Fgr (3.2 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 8.3, 100 mM NaCl, and 2 mM TCEP) was mixed with 10 mM TL02-59 (in 100% DMSO) to a final concentration of 120 microM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9757 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9757 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.99→46.233 Å / Num. obs: 33705 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.954 % / B_iso Wilson estimate: 84.007 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 0.905 / Net I/σ(I): 11.89

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.99-3.07	11.23	0.804	2.07	14722	1313	1311	0.909	0.84	99.8
3.07-3.15	10.952	0.609	2.78	14271	1305	1303	0.931	0.637	99.8
3.15-3.24	10.227	0.501	3.62	12712	1244	1243	0.956	0.526	99.9
3.24-3.34	10.914	0.377	4.75	13435	1231	1231	0.978	0.395	100
3.34-3.45	11.645	0.284	6.67	13916	1196	1195	0.987	0.296	99.9
3.45-3.57	11.753	0.223	8.1	13492	1148	1148	0.992	0.232	100
3.57-3.71	11.574	0.192	9.65	12917	1117	1116	0.993	0.2	99.9
3.71-3.86	11.422	0.164	11.47	12279	1076	1075	0.995	0.17	99.9
3.86-4.03	11.331	0.145	13.64	11637	1028	1027	0.994	0.15	99.9
4.03-4.23	11.078	0.129	15.03	11056	998	998	0.995	0.134	100
4.23-4.46	10.748	0.113	17.3	10178	947	947	0.996	0.117	100
4.46-4.73	10.088	0.107	17.5	9049	899	897	0.996	0.112	99.8
4.73-5.05	10.37	0.103	18.72	8825	851	851	0.996	0.108	100
5.05-5.46	11.472	0.104	19.69	9086	792	792	0.996	0.107	100
5.46-5.98	11.249	0.103	19.73	8347	742	742	0.996	0.107	100
5.98-6.69	11.024	0.1	20.36	7342	667	666	0.995	0.104	99.9
6.69-7.72	10.567	0.092	21.54	6467	612	612	0.995	0.097	100
7.72-9.46	9.143	0.084	22.08	4745	519	519	0.995	0.089	100
9.46-13.37	10.111	0.08	24.08	4196	415	415	0.998	0.084	100
13.37-46.233	8.804	0.079	21.97	2201	261	250	0.996	0.084	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2SRC

2src

解像度: 2.99→46.233 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	3368	9.99 %
R_work	0.2031	30337	-
obs	0.2074	33705	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 232.45 Å² / B_iso mean: 104.6638 Å² / B_iso min: 53.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.99→46.233 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3069	0	64	0	3133
B_iso mean	-	-	101.46	-	-
残基数	-	-	-	-	386

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.99-3.0322	0.3707	142	0.3196	1259	99
3.0322-3.0775	0.4257	142	0.3466	1266	99
3.0775-3.1256	0.3776	137	0.3259	1247	99
3.1256-3.1768	0.3129	147	0.3013	1266	100
3.1768-3.2316	0.2778	130	0.2693	1263	100
3.2316-3.2903	0.3035	144	0.2575	1274	100
3.2903-3.3536	0.2944	140	0.2565	1252	100
3.3536-3.422	0.2905	137	0.2505	1265	99
3.422-3.4964	0.288	138	0.2451	1267	100
3.4964-3.5777	0.2696	145	0.2407	1257	100
3.5777-3.6671	0.2773	134	0.2337	1263	100
3.6671-3.7662	0.2291	140	0.1959	1266	100
3.7662-3.877	0.2393	144	0.1834	1267	100
3.877-4.0021	0.2013	141	0.1646	1273	100
4.0021-4.145	0.2187	141	0.1798	1245	100
4.145-4.3109	0.211	142	0.1724	1275	100
4.3109-4.5069	0.2236	143	0.1648	1271	100
4.5069-4.7443	0.2166	133	0.1596	1269	100
4.7443-5.0412	0.2198	139	0.1669	1278	100
5.0412-5.4299	0.2303	143	0.1757	1258	100
5.4299-5.9753	0.2367	141	0.1998	1266	100
5.9753-6.8375	0.2365	141	0.2085	1269	100
6.8375-8.6055	0.228	147	0.193	1268	100
8.6055-46.23	0.2761	137	0.2172	1253	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5096	-0.9345	-1.3457	1.4469	-1.1736	3.0028	0.2222	-0.2922	0.1089	0.1675	-0.087	0.1066	-0.0009	0.018	-0.0003	0.8667	0.0944	0.027	0.7899	-0.0232	0.6982	-66.8818	-24.0435	18.3405
2	0.3407	-0.4875	0.186	0.5851	-0.2192	0.0658	0.4218	-0.1505	-0.122	-0.3962	-0.2938	-0.0685	-0.1098	-0.5503	-0.0186	1.227	0.1038	-0.0968	0.7217	0.0599	0.9387	-59.1205	-44.4519	21.1515
3	2.8692	-0.6873	-1.7508	2.2818	0.1348	1.1705	-0.4078	-0.6997	0.0769	0.3141	0.2981	0.0277	-0.0894	0.4002	0.0001	0.8193	0.1939	0.0467	0.6566	0.0036	0.6663	-39.3266	-43.3143	3.178
4	1.5577	1.2888	-0.5314	3.0543	-1.4103	1.7878	-0.0866	0.0481	-0.015	-0.2883	-0.1605	-0.3322	0.2305	0.5436	-0.3012	0.6372	0.2848	0.0274	0.7951	-0.0431	0.7125	-51.8959	-16.7212	5.6669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 380 through 499 )	A	380 - 499
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 500 through 531 )	A	500 - 531
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 251 )	A	139 - 251
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 252 through 379 )	A	252 - 379

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)