PDB-7uxz: Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uxz

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain complexed with Chicoric acid

要素

Nucleoprotein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/Viral Protein / SARS-CoV-2 / CTD / nucleocapsid / Chicoric acid / N protein / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-Viral Protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic capsid assembly / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.733 Å

データ登録者

Bezerra, E.H.S. / Tonoli, C.C.C. / Soprano, A.S. / Franchini, K.G. / Trivella, D.B.B. / Benedetti, C.E.

資金援助

ブラジル, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Discovery and structural characterization of chicoric acid as a SARS-CoV-2 nucleocapsid protein ligand and RNA binding disruptor.
著者: Mercaldi, G.F. / Bezerra, E.H.S. / Batista, F.A.H. / Tonoli, C.C.C. / Soprano, A.S. / Shimizu, J.F. / Nagai, A. / da Silva, J.C. / Filho, H.V.R. / do Nascimento Faria, J. / da Cunha, M.G. / ...

履歴

登録	2022年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uxz.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uxz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uxz_validation.pdf.gz	729 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uxz_full_validation.pdf.gz	737.6 KB	表示
XML形式データ	7uxz_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	7uxz_validation.cif.gz	52.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uxxC 7c22S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Nucleoprotein

BBB: Nucleoprotein

CCC: Nucleoprotein

DDD: Nucleoprotein

EEE: Nucleoprotein

FFF: Nucleoprotein

ヘテロ分子

77.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Nucleoprotein

BBB: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: Nucleoprotein

DDD: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.7 kDa, 2 ポリマー

3

EEE: Nucleoprotein

FFF: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.669, 120.655, 128.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 AAABBBCCCDDDEEEFFF

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 12813.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9

-
非ポリマー , 6種, 782分子

#2: 化合物	ChemComp-GKP / (2R,3R)-2,3-bis{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}butanedioic acid / L-キコル酸分子量: 474.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈O₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 100 mM Tris -HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→43.98 Å / Num. obs: 71415 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.46
反射シェル	解像度: 1.73→1.79 Å / Num. unique obs: 6959 / CC_1/2: 0.509

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C22

7c22

解像度: 1.733→43.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 3.019 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	3571	5 %
R_work	0.174	67843	-
all	0.176	-	-
obs	-	71414	99.87 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.833 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.805 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.733→43.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5250	0	68	774	6092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.678	7546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.484	1.589	11815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.027	5	677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.787	22.066	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.749	15	955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.566	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	4706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.094	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.781	1.808	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.781	1.808	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.811	2.693	3359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.811	2.693	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.733	2.228	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.732	2.229	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.305	3.191	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.304	3.192	4186
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.135	22.72	6591
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.962	21.952	6394

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.733-1.778	0.343	256	0.332	4859	0.333	5195	0.721	0.732	98.4601	0.327
1.778-1.827	0.292	254	0.289	4841	0.289	5096	0.815	0.819	99.9804	0.28
1.827-1.88	0.29	247	0.255	4687	0.257	4934	0.85	0.857	100	0.241
1.88-1.937	0.28	240	0.224	4549	0.227	4790	0.877	0.897	99.9791	0.206
1.937-2.001	0.272	234	0.209	4447	0.213	4681	0.884	0.904	100	0.185
2.001-2.071	0.239	227	0.196	4317	0.198	4545	0.914	0.925	99.978	0.172
2.071-2.149	0.227	216	0.183	4099	0.185	4315	0.926	0.936	100	0.159
2.149-2.236	0.207	210	0.17	3991	0.171	4201	0.938	0.949	100	0.146
2.236-2.336	0.205	202	0.159	3854	0.162	4056	0.944	0.955	100	0.138
2.336-2.449	0.207	194	0.157	3677	0.159	3872	0.943	0.959	99.9742	0.133
2.449-2.581	0.215	185	0.162	3507	0.164	3692	0.941	0.953	100	0.139
2.581-2.737	0.184	175	0.156	3334	0.157	3509	0.953	0.959	100	0.134
2.737-2.925	0.185	164	0.149	3124	0.151	3290	0.955	0.963	99.9392	0.131
2.925-3.159	0.223	154	0.153	2911	0.157	3065	0.943	0.958	100	0.137
3.159-3.458	0.19	142	0.157	2709	0.158	2851	0.953	0.961	100	0.142
3.458-3.863	0.184	130	0.143	2459	0.145	2590	0.963	0.971	99.9614	0.135
3.863-4.455	0.16	115	0.129	2200	0.13	2315	0.973	0.977	100	0.125
4.455-5.443	0.19	99	0.155	1882	0.157	1981	0.972	0.975	100	0.15
5.443-7.639	0.239	79	0.189	1485	0.191	1564	0.95	0.961	100	0.178
7.639-43.98	0.209	48	0.172	911	0.174	960	0.959	0.967	99.8958	0.175

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