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- PDB-7uxa: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uxa
タイトルHuman tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
要素
  • (tRNA-splicing endonuclease subunit ...) x 4
  • RNA (78-MER)
キーワードSPLICING/RNA / splicing endonuclease / pre-tRNA / TSEN / EndA / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron lyase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity ...tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron lyase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Stanley, R.E. / Hayne, C.K.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES103247 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES102488 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES103206 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES102487 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZI ES043010 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES103326 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1K99-GM143534 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM136435 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for pre-tRNA recognition and processing by the human tRNA splicing endonuclease complex.
著者: Cassandra K Hayne / Kevin John U Butay / Zachary D Stewart / Juno M Krahn / Lalith Perera / Jason G Williams / Robert M Petrovitch / Leesa J Deterding / A Gregory Matera / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
要旨: Throughout bacteria, archaea and eukarya, certain tRNA transcripts contain introns. Pre-tRNAs with introns require splicing to form the mature anticodon stem loop. In eukaryotes, tRNA splicing is ...Throughout bacteria, archaea and eukarya, certain tRNA transcripts contain introns. Pre-tRNAs with introns require splicing to form the mature anticodon stem loop. In eukaryotes, tRNA splicing is initiated by the heterotetrameric tRNA splicing endonuclease (TSEN) complex. All TSEN subunits are essential, and mutations within the complex are associated with a family of neurodevelopmental disorders known as pontocerebellar hypoplasia (PCH). Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human TSEN-pre-tRNA complex. These structures reveal the overall architecture of the complex and the extensive tRNA binding interfaces. The structures share homology with archaeal TSENs but contain additional features important for pre-tRNA recognition. The TSEN54 subunit functions as a pivotal scaffold for the pre-tRNA and the two endonuclease subunits. Finally, the TSEN structures enable visualization of the molecular environments of PCH-causing missense mutations, providing insight into the mechanism of pre-tRNA splicing and PCH.
履歴
登録2022年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
B: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
C: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
D: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
E: RNA (78-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,6447
ポリマ－203,5955
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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TRNA-splicing endonuclease subunit ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / Leukocyte receptor cluster member 5 / tRNA-intron endonuclease Sen34 / HsSen34


分子量: 37941.316 Da / 分子数: 1 / 変異: Y247A,H255A,K286A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN34, LENG5, SEN34 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSV6, tRNA-intron lyase
#2: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / SEN15 homolog / HsSEN15 / tRNA-intron endonuclease Sen15


分子量: 19996.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN15, C1orf19, SEN15 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WW01
#3: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-intron endonuclease Sen2 / HsSen2


分子量: 55352.961 Da / 分子数: 1 / 変異: Y369A, H377A, K416A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN2, SEN2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NCE0, tRNA-intron lyase
#4: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / SEN54 homolog / HsSEN54 / tRNA-intron endonuclease Sen54


分子量: 61863.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN54, SEN54 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6J9

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 E

#5: RNA鎖 RNA (78-MER)


分子量: 28440.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 473010
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: .203 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 Freestyle
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company /
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Specimen-ID: 1

ID加速電圧 (kV)モデル倍率（公称値） (X)
1200FEI TALOS ARCTICA45000
2300FEI TITAN KRIOS81000
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1154GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
2260GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging-ID
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
15cryoSPARC3.2.0３次元再構成
30SerialEM画像取得2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 570104
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152031 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 77.39 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00328469
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.511869
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03571384
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00391229
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.9453360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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