PDB-7ux8: Crystal structure of MfnG, an L- and D-tyrosine O-methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ux8

タイトル

Crystal structure of MfnG, an L- and D-tyrosine O-methyltransferase from the marformycin biosynthesis pathway of Streptomyces drozdowiczii, with SAH and L-Tyrosine bound at 1.4 A resolution (P212121 - form II)

要素

MfnG

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase / O-methyl-tyrosine / Marformycin synthesis / SAM-dependent methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces drozdowiczii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Miller, M.D. / Wu, K.-L. / Xu, W. / Xiao, H. / Philips Jr., G.N.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM115261	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01-CA217255	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35-GM133706	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R21-CA255894	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI165079	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RR170014	米国
Robert A. Welch Foundation	C-1970	米国
Department of Defense (DOD, United States)	W81XWH-21-1-0789	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	STC 1231306	米国

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Expanding the eukaryotic genetic code with a biosynthesized 21st amino acid.
著者: Wu, K.L. / Moore, J.A. / Miller, M.D. / Chen, Y. / Lee, C. / Xu, W. / Peng, Z. / Duan, Q. / Phillips Jr., G.N. / Uribe, R.A. / Xiao, H.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ux8.cif.gz	470.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ux8.ent.gz	394.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ux8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ux8_validation.pdf.gz	972.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ux8_full_validation.pdf.gz	979.1 KB	表示
XML形式データ	7ux8_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	7ux8_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7ux8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7ux8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ux6C 7ux7SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MfnG

B: MfnG

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Size Exclusion Chromatography (SEC) supports the assignment of a dimer as the assembly in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.837, 87.167, 134.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MfnG 分子量: 42042.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces drozdowiczii (バクテリア) プラスミド: pET22b-T5-MfnG-TEV-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D4WTP2
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	The construct was cloned into the EcoRI and HindIII sites of pET22b with an N-terminal Met (0) ...The construct was cloned into the EcoRI and HindIII sites of pET22b with an N-terminal Met (0) added and the native GUG-start codon being expressed as V. A C-terminal expression and 6-His tag ASENLYFQ/GGGHHHHHHG leaving a C-terminal ASENLYFQ after removal of the 6-His tag with TEV protease

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 30% Polyethylene glycol monomethyl ether (PEG MME) 2000, Additive: 0.002 M S-Adenosyl methionine (SAM/AdoMet), Soaking: added crystaline L-Tyrosine to the drop after MfnG crystals were formed

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K
Crystal treatment: crystaline L-Tyrosine was added to the drop after the MfnG crystals were formed. After 46 hours, the MfnG crystals were harvested and flash cooled by immersion in liquid nitrogen
Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→31.3 Å / Num. obs: 141301 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.109 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 0.828 / Net I/σ(I): 15.37

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.48	10.496	1.903	0.94	235008	22706	22390	0.456	2	98.6
1.48-1.59	13.942	1.062	2.43	297124	21316	21311	0.845	1.102	100
1.59-1.71	13.866	0.624	4.5	275552	19876	19872	0.943	0.647	100
1.71-1.88	13.509	0.351	8.04	247409	18323	18314	0.982	0.364	100
1.88-2.1	12.933	0.181	14.79	215813	16694	16687	0.994	0.189	100
2.1-2.42	14.189	0.112	25.41	209341	14756	14754	0.997	0.116	100
2.42-2.96	13.818	0.078	35.21	172768	12503	12503	0.998	0.081	100
2.96-4.19	12.386	0.055	47.47	121496	9817	9809	0.999	0.057	99.9
4.19-31.3	13.755	0.048	59.2	77867	5668	5661	0.999	0.049	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
XDS	Feb 5, 2021	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.19	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7UX7

7ux7

解像度: 1.4→31.3 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.1 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN INCLUDED AT THEIR RIDING POSITIONS USING THE ELECTRON CLOUD DISTANCES. 2. THE STRUCTURE WAS REFINED USING REFERENCE MODEL RESTRAINTS FROM THE HIGH RESOLUTION STRUCTURE ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.172	7030	4.98 %
R_work	0.153	-	-
obs	0.154	141291	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→31.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5690	0	96	798	6584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.004	8968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.826	2400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	965
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.4445	236	0.406	4357	X-RAY DIFFRACTION	98
1.42-1.43	0.3457	231	0.3549	4335	X-RAY DIFFRACTION	99
1.43-1.45	0.3394	241	0.3138	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2812	227	0.2666	4408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2652	240	0.2464	4448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2595	227	0.2302	4427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2571	247	0.2264	4427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2333	223	0.2289	4453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2135	239	0.2133	4433	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2291	245	0.1927	4413	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.1784	238	0.1742	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1884	235	0.1621	4448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1689	252	0.1562	4448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.1755	229	0.1486	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1832	212	0.1469	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.1636	240	0.1397	4467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1766	241	0.1427	4452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1787	240	0.1454	4460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.1833	241	0.1554	4450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1847	228	0.1472	4477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1634	207	0.1385	4503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1413	241	0.1331	4513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.1636	246	0.1287	4448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.1525	230	0.1307	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.1539	249	0.1291	4524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.1495	236	0.1377	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.02	0.1538	226	0.1386	4573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.45	0.1619	241	0.1426	4539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.35	0.1458	215	0.1327	4661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-31.3	0.166	227	0.1613	4802	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0899	0.6805	-2.4069	1.6083	-1.6828	4.9168	-0.0299	0.0925	-0.075	0.0705	0.067	0.0469	0.143	-0.2724	0.0087	0.1273	-0.0288	-0.0101	0.1409	-0.0123	0.1369	30.656	30.7753	47.1295
2	3.6375	0.5345	-1.4311	1.7971	-0.0345	3.2446	0.033	-0.0958	-0.0419	-0.0597	0.037	-0.2412	0.1028	0.2348	-0.1038	0.1118	0.016	0.0106	0.1586	-0.01	0.1731	51.3162	31.4602	32.7137
3	0.7678	0.7169	0.1057	1.3247	0.307	1.8292	0.0504	0.1227	-0.1284	-0.0081	0.0263	-0.162	0.0831	0.1776	-0.0024	0.146	0.0022	0.018	0.1748	0.0064	0.1938	42.646	30.9253	25.1211
4	1.6587	1.4245	-1.1396	2.5061	0.8338	3.3439	0.0522	0.1784	0.1893	-0.1457	-0.1139	0.2032	-0.4703	-0.2474	0.1146	0.2666	0.0446	0.004	0.1848	0.0212	0.2392	20.1707	49.3528	31.2524
5	1.9121	0.6132	0.7354	2.4807	-0.0438	1.9284	0.0637	0.1478	-0.1166	-0.1902	-0.0157	0.0149	0.0449	0.0534	-0.0681	0.1595	0.0323	0.0221	0.1619	-0.0175	0.1372	22.0496	26.9384	11.2371
6	4.3749	0.491	0.1501	3.7735	0.3028	2.5528	0.0362	0.2475	-0.0676	-0.202	-0.021	-0.1544	0.0304	0.2074	-0.0201	0.1866	0.0226	0.0357	0.1879	0.01	0.1069	26.954	30.3059	5.7908
7	1.8097	-0.3148	-0.0256	1.062	0.193	1.2864	0.0502	0.1481	0.1347	-0.1535	-0.0241	-0.0092	-0.0986	-0.0419	-0.0334	0.1765	0.015	0.0058	0.1439	0.0194	0.1375	14.7388	36.6552	8.4956
8	1.0095	-0.2017	0.4974	0.3234	0.0072	1.2813	0.018	-0.0425	-0.0734	-0.0354	0.0116	0.0594	0.0393	-0.1267	-0.0321	0.1409	-0.0037	0.0006	0.1541	0.0143	0.1499	11.1962	29.5791	23.1985
9	6.1428	-2.1075	0.2161	4.2747	-1.9027	2.0144	0.1933	0.0482	-0.4191	0.1107	-0.2942	-0.0401	0.0593	0.1313	0.0732	0.2595	0.0001	0.0344	0.2743	0.0505	0.227	-11.1714	36.8804	13.3251
10	1.6942	-0.4324	1.9117	0.5493	-0.6371	2.8827	-0.1277	-0.3228	-0.0304	0.3946	0.1314	-0.0459	-0.256	-0.1179	-0.0267	0.2263	0.0137	0.0033	0.1976	0.0185	0.1952	23.378	38.7866	19.0305
11	1.2319	-1.1128	-1.0738	4.3477	3.1464	3.1788	-0.0331	-0.0395	-0.0965	0.0112	0.1205	-0.1166	0.1589	0.1838	-0.0653	0.1325	0.0207	-0.0147	0.1449	0.0207	0.1415	29.1843	28.5636	31.5008
12	2.1978	-0.3449	0.8608	1.8445	-0.3093	1.9563	0.0478	-0.2327	0.0608	0.0409	-0.0356	0.1499	-0.0999	-0.294	-0.0031	0.1241	0.0085	0.0138	0.2206	-0.0137	0.1475	11.0618	40.1618	43.1373
13	1.3479	-0.417	0.9771	0.709	0.1915	1.1244	0.0093	-0.0683	-0.0908	0.0593	0.0159	0.0186	0.0169	-0.2743	-0.0195	0.1197	0.0006	0.0144	0.1744	-0.0103	0.1196	19.7985	39.5482	51.0673
14	0.5021	-0.4699	-0.165	1.5535	0.1809	3.6461	0.0172	-0.0861	0.0314	-0.1366	0.1062	-0.2994	-0.356	0.3441	-0.0282	0.2298	-0.0578	0.0543	0.1948	-0.0246	0.2807	46.3622	46.4398	41.0846
15	1.6351	0.1256	0.3159	1.2813	0.5499	2.0041	-0.0074	-0.1447	-0.0907	0.2329	0.0925	-0.051	0.2842	0.0747	-0.0354	0.1712	0.0321	-0.0117	0.128	-0.0096	0.1114	37.6992	33.0854	66.1423
16	3.3958	0.3694	-0.1425	3.0008	-0.4769	3.2436	-0.0371	-0.1356	0.1308	0.1839	0.0321	0.0358	-0.0388	-0.0742	-0.0137	0.1555	0.0196	-0.013	0.1245	-0.0382	0.0924	34.3177	40.2816	70.3232
17	1.2631	-0.3023	-0.7069	1.0266	0.0772	1.7897	-0.012	-0.1145	0.2263	0.1352	0.0892	-0.2172	-0.086	0.1634	-0.0842	0.1651	0.0063	-0.0441	0.1683	-0.0423	0.2132	48.641	41.5569	66.9427
18	0.9971	-0.1892	0.28	0.4795	-0.172	1.7979	-0.0534	-0.0289	-0.0494	0.0767	0.0576	-0.1601	0.1716	0.2052	-0.0161	0.1661	0.0343	-0.0123	0.1374	-0.0156	0.1672	48.5763	28.5234	55.6579
19	1.6204	0.1681	1.9248	0.4627	0.3728	4.0645	-0.0248	0.1973	0.0897	-0.2855	-0.0118	-0.0236	-0.015	0.1711	0.0247	0.2128	-0.0066	-0.0158	0.1917	-0.0054	0.2203	40.2419	41.9043	55.7268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 51 THROUGH 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 96 THROUGH 129 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 130 THROUGH 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 159 THROUGH 205 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 206 THROUGH 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 240 THROUGH 288 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 289 THROUGH 365 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 366 THROUGH 383 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 401 THROUGH 403 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 50 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 51 THROUGH 95 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 96 THROUGH 129 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 130 THROUGH 158 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 159 THROUGH 205 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 206 THROUGH 239 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 240 THROUGH 288 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'B' AND (RESID 289 THROUGH 366 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'B' AND (RESID 401 THROUGH 403 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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