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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ux4
タイトルCrystallographic snapshots of ternary complexes of thermophilic secondary alcohol dehydrogenase from Thermoanaerobacter pseudoethanolicus reveal the dynamics of ligand exchange and the proton relay network.
要素
  • NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
  • Secondary-alcohol dehydrogenase
キーワードLYASE / alcohol dehydrogenase / zinc / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / (1S,3S)-3-methylcyclohexan-1-ol / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Phillips, R.S. / Dinh, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Crystallographic snapshots of ternary complexes of thermophilic secondary alcohol dehydrogenase from Thermoanaerobacter pseudoethanolicus reveal the dynamics of ligand exchange and the proton relay network.
著者: Dinh, T. / Rahn, K.T. / Phillips, R.S.
履歴
登録2022年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年5月18日ID: 7JNS
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Secondary-alcohol dehydrogenase
B: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
C: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
D: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,65725
ポリマ－150,6954
非ポリマー3,96221
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.000, 122.960, 165.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 61 or resid 63...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 61 or resid 63...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 3 through 61 or resid 63...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 3 through 61 or resid 63...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-IDBeg label alt-IDEnd label alt-ID
d_11GLYALAA1 - 59
d_12GLYASPA61 - 77
d_13VALALAA79 - 244
d_14ILEGLYA246 - 324
d_15ASPMETA326 - 333
d_16METALAA335 - 350
d_17ZNZNB
d_18NAPNAPC
d_21GLYALAG3 - 61
d_22GLYASPG63 - 79
d_23VALALAG81 - 246
d_24ILEGLYG248 - 326
d_25ASPMETG328 - 335
d_26METALAG337 - 352
d_27ZNZNH
d_28NAPNAPI
d_31GLYALAM3 - 61
d_32GLYASPM63 - 79
d_33VALALAM81 - 246
d_34ILEGLYM248 - 326
d_35ASPMETM328 - 335
d_36METALAM337 - 352
d_37ZNZNNAA
d_38NAPNAPO
d_41GLYALAR3 - 61
d_42GLYASPR63 - 79
d_43VALALAR81 - 246
d_44ILEGLYR248 - 326
d_45ASPMETR328 - 335
d_46METALAR337 - 352
d_47ZNZNS
d_48NAPNAPT

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99990310363, 0.00168649927765, -0.0138180704392), (0.0105089791103, 0.742434399026, -0.66983634158), (0.00912933231603, -0.669916650684, -0.742380183213)37.1110305883, -9.22840165718, -24.120375181
2given(-0.549984727235, 0.325997476235, 0.768922912454), (0.282964108304, -0.793485631003, 0.538805963964), (0.785778666814, 0.5139126374, 0.34415939316)39.5625653769, -3.97912785703, -21.5406363895
3given(0.537869739933, -0.310863806683, -0.783619701487), (-0.308696263187, -0.937596553357, 0.160060364323), (-0.784476105409, 0.155808847077, -0.6002673098)-2.33537863505, 2.11202958363, -5.19923530363

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Secondary-alcohol dehydrogenase


分子量: 37652.793 Da / 分子数: 1 / 変異: I86A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+)
#2: タンパク質 NADP-dependent isopropanol dehydrogenase


分子量: 37680.801 Da / 分子数: 3 / 変異: I86A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 334分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-NWO / (1S,3S)-3-methylcyclohexan-1-ol / (1S)-3β-メチルシクロヘキサン-1α-オ-ル


分子量: 114.185 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H14O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.6 M KCl,12% PEG 3350, 50 mM HEPES-K buffer, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→68.63 Å / Num. obs: 61152 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 54.92 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.23→2.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5096 / CC1/2: 0.384

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YKF

1ykf


解像度: 2.23→68.63 Å / SU ML: 0.2506 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6577
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 1998 3.27 %
Rwork0.1734 59058 -
obs0.1744 61056 75.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→68.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10549 0 230 313 11092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.640115008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04751671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.00374001
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.748293326775
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.967410081569
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.728591203192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.280.602180.4584482X-RAY DIFFRACTION8.83
2.28-2.340.3164320.3272954X-RAY DIFFRACTION17.42
2.34-2.410.2951530.30351580X-RAY DIFFRACTION28.63
2.41-2.490.337940.30582758X-RAY DIFFRACTION49.97
2.49-2.580.29271320.29663901X-RAY DIFFRACTION70.42
2.58-2.680.28921560.27814635X-RAY DIFFRACTION84.33
2.68-2.80.29061810.26315372X-RAY DIFFRACTION96.93
2.8-2.950.281870.24715533X-RAY DIFFRACTION99.88
2.95-3.140.27021880.22485545X-RAY DIFFRACTION99.98
3.14-3.380.23251880.19585565X-RAY DIFFRACTION99.97
3.38-3.720.21951880.15615581X-RAY DIFFRACTION99.88
3.72-4.260.15891910.13535625X-RAY DIFFRACTION99.83
4.26-5.360.16151910.12475662X-RAY DIFFRACTION99.81
5.36-68.630.17011990.15435865X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.036264070291.448004980020.5534833520151.860926608390.7418216356830.5462301336980.363199452898-1.13035369975-0.8527679890920.744370541458-0.203756155005-0.6905322885990.006817389449071.0757336332-0.2419145935081.32330978153-0.12751559038-0.08849027209081.424028252650.1765786694940.63397996507518.8323313583-10.043593933425.370126227
23.080815097030.982550931073-0.4457359873122.00430692818-0.08728045381681.614701930220.23779814638-1.18581670950.1135877391370.750420538721-0.1830791623630.0286402713489-0.1860239487230.175061392192-0.06222813930320.688719159524-0.06954594554270.02980327702890.7180212383670.01136667243760.34066260960213.1265414846-2.8444784580210.2849271993
33.48224333658-0.00802966742786-0.9742248012593.352421325650.7595614609452.07553830098-0.0337249477772-0.453410665311-0.8126549354060.5394136106870.02546491924960.1938671091320.569744062113-0.0326445544683-0.05669274929960.506689850039-0.0695191102429-0.009915911497340.4409867666970.1625513393520.479059381137.94191813236-20.8952872827-4.3294795003
43.30217939615-0.0218072856396-0.294196169171.24555317849-0.8551947064585.512198996880.342056143942-1.04996018457-0.283076177161.111181948040.003730016911120.2812009027630.0837624855684-0.439648216634-0.316053979440.925966858534-0.1333420247790.09748534970091.006262709730.05878484770640.4637685748124.39909254251-4.6840055952517.6766955965
53.20957862713-0.7728767524580.4483780750316.22698028987-0.2235210372812.47073733928-0.04185801149630.349364351373-0.733104707178-0.09410750629370.1700402743160.1533817135260.136553994685-0.174303572407-0.08799939317490.463893248781-0.0817461475205-0.03111729083430.503509436681-0.17838849680.46501862490317.6598199468-29.1464115682-38.7459837002
62.90127796958-0.001173426506160.4979299597931.589850845250.4268063978971.81140557167-0.003141998109090.213726965588-0.407070279362-0.06533997984770.0539979409329-0.1441521481690.05733318398980.00698971896081-0.07376971811690.366593688678-0.00613061958533-0.0151379836390.255260856823-0.01668438077570.40061196634724.9419249075-18.391027768-27.2976779119
72.598260510780.171323975676-0.1962698858081.32803018622-0.5660059324114.33494460552-0.0175039891019-0.530374131679-0.6479032322540.271173610565-0.00697590337165-0.1755437546980.4304795079470.014291149446-0.009434138982430.460768665349-0.0239780173053-0.06797345229630.3219097062070.05344926853780.50710808974328.691523282-20.1200879515-10.8411568394
84.029637939421.1242225457-0.1079581065475.906421775492.336376923442.535569442940.09857690794750.373863122583-1.11003217899-0.2137076973330.177475264772-0.7141700622520.3344536378850.170369622935-0.2790863882940.4723639195550.036591136113-0.02394889205560.549754978771-0.2019056498860.73649921738234.1492886441-29.2242000592-34.6035184145
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 59 )AA3 - 591 - 57
22chain 'A' and (resid 60 through 210 )AA60 - 21058 - 208
33chain 'A' and (resid 211 through 298 )AA211 - 298209 - 296
44chain 'A' and (resid 299 through 352 )AA299 - 352297 - 350
55chain 'B' and (resid 1 through 79 )BG1 - 791 - 79
66chain 'B' and (resid 80 through 210 )BG80 - 21080 - 210
77chain 'B' and (resid 211 through 310 )BG211 - 310211 - 310
88chain 'B' and (resid 311 through 352 )BG311 - 352311 - 352
99chain 'C' and (resid 1 through 26 )CM1 - 261 - 26
1010chain 'C' and (resid 27 through 79 )CM27 - 7927 - 79
1111chain 'C' and (resid 80 through 150 )CM80 - 15080 - 150
1212chain 'C' and (resid 151 through 176 )CM151 - 176151 - 176
1313chain 'C' and (resid 177 through 292 )CM177 - 292177 - 292
1414chain 'C' and (resid 293 through 326 )CM293 - 326293 - 326
1515chain 'C' and (resid 327 through 352 )CM327 - 352327 - 352
1616chain 'D' and (resid 1 through 26 )DR1 - 261 - 26
1717chain 'D' and (resid 27 through 150 )DR27 - 15027 - 150
1818chain 'D' and (resid 151 through 292 )DR151 - 292151 - 292
1919chain 'D' and (resid 293 through 326 )DR293 - 326293 - 326
2020chain 'D' and (resid 327 through 352 )DR327 - 352327 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る