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Yorodumi- PDB-7utc: Crystal structure of secondary alcohol dehydrogenases from the Th... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7utc | |||||||||
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Title | Crystal structure of secondary alcohol dehydrogenases from the Thermoanaerobacter ethanolicus with NADP and transition-state analogue inhibitor DMSO | |||||||||
Components | Secondary-alcohol dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / secondary alcohol dehydrogenases / transition-state analogue inhibitor / DMSO / NADP | |||||||||
Function / homology | Function and homology information isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermoanaerobacter pseudethanolicus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Dinh, T. / Phillips, R. | |||||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2022 Title: Crystallographic snapshots of ternary complexes of thermophilic secondary alcohol dehydrogenase from Thermoanaerobacter pseudoethanolicus reveal the dynamics of ligand exchange and the proton relay network. Authors: Dinh, T. / Rahn, K.T. / Phillips, R.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7utc.cif.gz | 666.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7utc.ent.gz | 459.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7utc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/7utc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/7utc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7uutC 7ux4C 1ykfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37662.809 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C295A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoanaerobacter pseudethanolicus (bacteria) Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+) #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-NAP / #4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.6 M KCl, 12% PEG 3350, 50 mM HEPES-K buffer, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→68.9 Å / Num. obs: 67445 / % possible obs: 93.9 % / Redundancy: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 30.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→2.1 Å / Num. unique obs: 3372 / CC1/2: 0.427 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1YKF Resolution: 1.85→67.26 Å / SU ML: 0.2588 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.3219 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→67.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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