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- PDB-7uvs: Pfs230 domain 1 bound by LMIV230-02 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uvs
タイトルPfs230 domain 1 bound by LMIV230-02 Fab
要素
  • Gametocyte surface protein P230
  • LMIV230-02 Fab heavy chain
  • LMIV230-02 Fab light chain
キーワードCELL INVASION/IMMUNE SYSTEM / Antibody-fragment / malaria transmission / CELL INVASION / CELL INVASION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Ivanochko, D. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 米国, 4件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)428410 カナダ
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Potent transmission-blocking monoclonal antibodies from naturally exposed individuals target a conserved epitope on Plasmodium falciparum Pfs230.
著者: Ivanochko, D. / Fabra-Garcia, A. / Teelen, K. / van de Vegte-Bolmer, M. / van Gemert, G.J. / Newton, J. / Semesi, A. / de Bruijni, M. / Bolscher, J. / Ramjith, J. / Szabat, M. / Vogt, S. / ...著者: Ivanochko, D. / Fabra-Garcia, A. / Teelen, K. / van de Vegte-Bolmer, M. / van Gemert, G.J. / Newton, J. / Semesi, A. / de Bruijni, M. / Bolscher, J. / Ramjith, J. / Szabat, M. / Vogt, S. / Kraft, L. / Duncan, S. / Lee, S.M. / Kamya, M.R. / Feeney, M.E. / Jagannathan, P. / Greenhouse, B. / Sauerwein, R.W. / Richter King, C. / MacGill, R.S. / Bousema, T. / Jore, M.M. / Julien, J.P.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LMIV230-02 Fab heavy chain
B: LMIV230-02 Fab light chain
C: Gametocyte surface protein P230
D: LMIV230-02 Fab heavy chain
E: LMIV230-02 Fab light chain
F: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,2977
ポリマ－141,2746
非ポリマー231
水12,845713
1
A: LMIV230-02 Fab heavy chain
B: LMIV230-02 Fab light chain
C: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6604
ポリマ－70,6373
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
2
D: LMIV230-02 Fab heavy chain
E: LMIV230-02 Fab light chain
F: Gametocyte surface protein P230


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6373
ポリマ－70,6373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.360, 132.470, 125.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.348, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALVALVAL(chain 'A' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))AA22
121LEULEUPHEPHE(chain 'A' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))AA4 - 634 - 64
131GLYGLYTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))AA65 - 20566 - 215
141VALVALPROPRO(chain 'A' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))AA207 - 213217 - 223
211VALVALVALVAL(chain 'D' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))DD22
221LEULEUPHEPHE(chain 'D' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))DD4 - 634 - 64
231GLYGLYTHRTHR(chain 'D' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))DD65 - 20566 - 215
241VALVALPROPRO(chain 'D' and (resid 2 or resid 4 through 63 or resid 65 through 205 or resid 207 through 213))DD207 - 213217 - 223
112ILEILEPROPRO(chain 'B' and (resid 2 through 142 or resid 144...BB2 - 1422 - 148
122GLUGLUTHRTHR(chain 'B' and (resid 2 through 142 or resid 144...BB144 - 165150 - 171
132GLNGLNSERSER(chain 'B' and (resid 2 through 142 or resid 144...BB167 - 169173 - 175
142ASPASPGLUGLU(chain 'B' and (resid 2 through 142 or resid 144...BB171 - 188177 - 194
152HISHISGLUGLU(chain 'B' and (resid 2 through 142 or resid 144...BB190 - 214196 - 220
212ILEILEPROPRO(chain 'E' and (resid 2 through 142 or resid 144...EE2 - 1422 - 148
222GLUGLUTHRTHR(chain 'E' and (resid 2 through 142 or resid 144...EE144 - 165150 - 171
232GLNGLNSERSER(chain 'E' and (resid 2 through 142 or resid 144...EE167 - 169173 - 175
242ASPASPGLUGLU(chain 'E' and (resid 2 through 142 or resid 144...EE171 - 188177 - 194
252HISHISGLUGLU(chain 'E' and (resid 2 through 142 or resid 144...EE190 - 214196 - 220
113ILEILESERSER(chain 'C' and (resid 560 through 578 or resid 580...CC560 - 5789 - 27
123ASPASPTHRTHR(chain 'C' and (resid 560 through 578 or resid 580...CC580 - 60229 - 51
133SERSERVALVAL(chain 'C' and (resid 560 through 578 or resid 580...CC604 - 61353 - 62
143VALVALVALVAL(chain 'C' and (resid 560 through 578 or resid 580...CC615 - 69664 - 145
153ALAALATHRTHR(chain 'C' and (resid 560 through 578 or resid 580...CC699 - 711148 - 160
163ASPASPTYRTYR(chain 'C' and (resid 560 through 578 or resid 580...CC713 - 730162 - 179
213ILEILESERSER(chain 'F' and (resid 560 through 578 or resid 580...FF560 - 5789 - 27
223ASPASPTHRTHR(chain 'F' and (resid 560 through 578 or resid 580...FF580 - 60229 - 51
233SERSERVALVAL(chain 'F' and (resid 560 through 578 or resid 580...FF604 - 61353 - 62
243VALVALVALVAL(chain 'F' and (resid 560 through 578 or resid 580...FF615 - 69664 - 145
253ALAALATHRTHR(chain 'F' and (resid 560 through 578 or resid 580...FF699 - 711148 - 160
263ASPASPTYRTYR(chain 'F' and (resid 560 through 578 or resid 580...FF713 - 730162 - 179

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 LMIV230-02 Fab heavy chain


分子量: 23618.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LMIV230-02 Fab light chain


分子量: 24324.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 22694.705 Da / 分子数: 2 / Fragment: domain 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68874
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M di-ammonium hydrogen citrate, 15 %(w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→29.85 Å / Num. obs: 93278 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 34.17 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.03→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 1.224 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4062 / CC1/2: 0.562 / Rpim(I) all: 0.542 / Rrim(I) all: 1.343

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ohg

6ohg


解像度: 2.06→29.85 Å / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6936
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 2019 2.25 %
Rwork0.1743 87709 -
obs0.1752 89728 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9521 0 1 713 10235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00799731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.041513216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.24073545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.110.29931010.24716001X-RAY DIFFRACTION95.15
2.11-2.170.28122020.22766267X-RAY DIFFRACTION99.86
2.17-2.230.20731010.21356332X-RAY DIFFRACTION99.8
2.23-2.30.26522010.20466252X-RAY DIFFRACTION99.83
2.3-2.390.22031010.20086305X-RAY DIFFRACTION99.77
2.39-2.480.25882020.2016219X-RAY DIFFRACTION99.55
2.48-2.60.23111010.19736307X-RAY DIFFRACTION98.78
2.6-2.730.24271010.19016183X-RAY DIFFRACTION98.02
2.73-2.90.2352020.18526285X-RAY DIFFRACTION99.92
2.9-3.130.22281010.18146345X-RAY DIFFRACTION99.64
3.13-3.440.21262020.17326222X-RAY DIFFRACTION99.67
3.44-3.940.19091010.16226279X-RAY DIFFRACTION98.14
3.94-4.960.16722020.13746300X-RAY DIFFRACTION99.95
4.96-29.850.2381010.16156412X-RAY DIFFRACTION99.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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