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- PDB-7uut: Ternary complex crystal structure of secondary alcohol dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uut
タイトルTernary complex crystal structure of secondary alcohol dehydrogenases from the Thermoanaerobacter ethanolicus mutants C295A and I86A provides better understanding of catalytic mechanism
要素(Secondary-alcohol ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / secondary alcohol dehydrogenases / NADP / 2-pentanol
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-pentan-2-ol / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Dinh, T. / Phillips, R. / Rahn, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Crystallographic snapshots of ternary complexes of thermophilic secondary alcohol dehydrogenase from Thermoanaerobacter pseudoethanolicus reveal the dynamics of ligand exchange and the proton relay network.
著者: Dinh, T. / Rahn, K.T. / Phillips, R.S.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年5月11日ID: 7JNU
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secondary-alcohol dehydrogenase
B: Secondary-alcohol dehydrogenase
C: Secondary-alcohol dehydrogenase
D: Secondary-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,43920
ポリマ－150,6954
非ポリマー3,74416
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.870, 124.560, 166.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 55 or resid 57...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 55 or resid 57...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 55 or resid 57...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 2 through 55 or resid 57...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSMETA2 - 55
d_12ens_1LEUALAA57 - 61
d_13ens_1GLYASPA63 - 79
d_14ens_1VALPROA81 - 88
d_15ens_1TRPTRPA90
d_16ens_1THRSERA92 - 93
d_17ens_1VALILEA95 - 164
d_18ens_1LEULEUA166 - 188
d_19ens_1GLYILEA190 - 223
d_110ens_1SERARGA225 - 313
d_111ens_1ASPSERA315 - 317
d_112ens_1LEUARGA319 - 325
d_113ens_1ASPGLUA328 - 331
d_114ens_1ALALYSA333 - 338
d_115ens_1LYSILEA340 - 350
d_116ens_1ALAALAA352
d_117ens_1ZNZNB
d_118ens_1NAPNAPC
d_119ens_1R2PR2PD
d_21ens_1LYSMETE2 - 55
d_22ens_1LEUALAE57 - 61
d_23ens_1GLYASPE63 - 79
d_24ens_1VALPROE81 - 88
d_25ens_1TRPTRPE90
d_26ens_1THRSERE92 - 93
d_27ens_1VALILEE95 - 164
d_28ens_1LEULEUE166 - 188
d_29ens_1GLYILEE190 - 223
d_210ens_1SERARGE225 - 313
d_211ens_1ASPSERE315 - 317
d_212ens_1LEUARGE319 - 325
d_213ens_1ASPGLUE328 - 331
d_214ens_1ALALYSE333 - 338
d_215ens_1LYSILEE340 - 350
d_216ens_1ALAALAE352
d_217ens_1ZNZNF
d_218ens_1NAPNAPG
d_219ens_1R2PR2PH
d_31ens_1LYSMETI2 - 55
d_32ens_1LEUALAI57 - 61
d_33ens_1GLYASPI63 - 79
d_34ens_1VALPROI81 - 88
d_35ens_1TRPTRPI90
d_36ens_1THRSERI92 - 93
d_37ens_1VALILEI95 - 164
d_38ens_1LEULEUI166 - 188
d_39ens_1GLYILEI190 - 223
d_310ens_1SERARGI225 - 313
d_311ens_1ASPSERI315 - 317
d_312ens_1LEUARGI319 - 325
d_313ens_1ASPGLUI328 - 331
d_314ens_1ALALYSI333 - 338
d_315ens_1LYSILEI340 - 350
d_316ens_1ALAALAI352
d_317ens_1ZNZNJ
d_318ens_1NAPNAPK
d_319ens_1R2PR2PL
d_41ens_1LYSMETM2 - 55
d_42ens_1LEUALAM57 - 61
d_43ens_1GLYASPM63 - 79
d_44ens_1VALPROM81 - 88
d_45ens_1TRPTRPM90
d_46ens_1THRSERM92 - 93
d_47ens_1VALILEM95 - 164
d_48ens_1LEULEUM166 - 188
d_49ens_1GLYILEM190 - 223
d_410ens_1SERARGM225 - 313
d_411ens_1ASPSERM315 - 317
d_412ens_1LEUARGM319 - 325
d_413ens_1ASPGLUM328 - 331
d_414ens_1ALALYSM333 - 338
d_415ens_1LYSILEM340 - 350
d_416ens_1ALAALAM352
d_417ens_1ZNZNN
d_418ens_1NAPNAPO
d_419ens_1R2PR2PP

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999986107419, 0.00526897464284, -0.000151246680783), (0.00411500157507, 0.762401468556, -0.647091235844), (-0.00329419662173, -0.647082868457, -0.76241255867)37.1152935417, -9.21878621551, -24.3100317512
2given(-0.526545052152, 0.312872507371, 0.790481563469), (0.293635205141, -0.805664148533, 0.514474145192), (0.797827471547, 0.503007031661, 0.332348088221)39.4741689807, -3.70874249878, -22.0589721664
3given(0.515426938075, -0.302880510701, -0.801622397232), (-0.305277033728, -0.938981391043, 0.158492523335), (-0.800712810054, 0.163025591586, -0.576438767176)-2.21158929118, 2.70307135082, -5.21690695735

-
要素

-
Secondary-alcohol ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Secondary-alcohol dehydrogenase


分子量: 37652.793 Da / 分子数: 1 / 変異: I86A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+)
#2: タンパク質 Secondary-alcohol dehydrogenase


分子量: 37680.801 Da / 分子数: 3 / 変異: I86A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 374分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-2RP / (2R)-pentan-2-ol / (R)-2-ペンタノ-ル


分子量: 88.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.6 M KCl, 12% PEG 3350, 50 mM HEPES buffer pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→83.24 Å / Num. obs: 89509 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 21.3 % / Biso Wilson estimate: 36.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / Num. unique obs: 4475 / CC1/2: 0.365

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YKF

1ykf


解像度: 1.89→39.47 Å / SU ML: 0.3087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1995 2.24 %
Rwork0.1997 87184 -
obs0.2005 89179 67.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10566 0 224 358 11148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002911171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.599915177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04721688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.22934082
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.542424315594
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.730135329445
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.622971572143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.940.7232150.5748577X-RAY DIFFRACTION6.34
1.94-1.990.3413240.41741083X-RAY DIFFRACTION11.81
1.99-2.050.3945410.36121762X-RAY DIFFRACTION19.15
2.05-2.120.4599680.35362972X-RAY DIFFRACTION32.28
2.12-2.190.33771000.32144405X-RAY DIFFRACTION48
2.19-2.280.38631290.37935651X-RAY DIFFRACTION61.05
2.28-2.380.32251520.296622X-RAY DIFFRACTION72.03
2.38-2.510.30841810.28147871X-RAY DIFFRACTION85.04
2.51-2.660.34072080.26639141X-RAY DIFFRACTION98.77
2.66-2.870.26122120.24239270X-RAY DIFFRACTION99.92
2.87-3.160.27482130.22459313X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.620.22922130.18989357X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.550.17662160.15179413X-RAY DIFFRACTION100
4.56-39.470.17182230.1479747X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.003893206110.6486036927750.9023982984160.1059906893060.1834977889130.5800569534650.556473216142-1.50298242265-1.035969924580.42160043654-0.0737501037533-0.2034839569910.8240962920140.0829127490389-0.3876429389531.72507728768-0.677232147124-0.2003227307341.671246969860.2474855896310.52695936464919.8706610122-10.859736109724.6720126325
21.854215972130.4649911177880.3889373263250.6340906473310.3732741030860.9664694504490.676356498277-1.31638967094-0.02441431732961.01238790528-0.3547568227390.09106538426610.06856623558110.132905965966-0.1191425586690.937688660077-0.4043973808940.05907727498390.918794603373-0.06360481104680.20332963269213.4058918808-2.850138378849.96770192412
31.825251289440.0045776346687-0.03339816469450.820380522072-0.03280666913491.805160771730.497757144876-1.00831029011-0.5828279634670.830849758507-0.2805440741310.191773069910.561239625723-0.04656460762150.01966652058750.848687457079-0.3348829877360.07199173035410.755403769490.12658169490.2948816100446.68906485736-14.09950437934.61651407945
43.00182803477-0.4163247331230.514300597634.745695927920.9782416872821.62500187639-0.102430078820.474550568084-0.8713897521970.2083019804580.250574157884-0.06853022553210.217118664871-0.16615448454-0.1150089264380.429760600563-0.0336131262038-0.008064072369270.422689227242-0.2207671826270.4359664879917.1711065701-28.8869614647-38.9527446965
52.088320309120.9135423288550.9080461874341.191881403810.8302447389732.544918547050.1192943620720.170154278407-0.4319398778950.05597396507170.0516735136309-0.2417688591250.156401434501-0.0423041852987-0.14740596680.3344549942110.0204577905764-0.04783780044090.178356659055-0.07281204430820.31435260576824.6341395549-18.0896657775-27.5302919849
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 59 )AA1 - 591 - 59
22chain 'A' and (resid 60 through 210 )AA60 - 21060 - 210
33chain 'A' and (resid 211 through 352 )AA211 - 352211 - 352
44chain 'B' and (resid 1 through 79 )BE1 - 791 - 79
55chain 'B' and (resid 80 through 210 )BE80 - 21080 - 210
66chain 'B' and (resid 211 through 310 )BE211 - 310211 - 310
77chain 'B' and (resid 311 through 352 )BE311 - 352311 - 352
88chain 'C' and (resid 1 through 79 )CI1 - 791 - 79
99chain 'C' and (resid 80 through 210 )CI80 - 21080 - 210
1010chain 'C' and (resid 211 through 310 )CI211 - 310211 - 310
1111chain 'C' and (resid 311 through 352 )CI311 - 352311 - 352
1212chain 'D' and (resid 1 through 79 )DM1 - 791 - 79
1313chain 'D' and (resid 80 through 210 )DM80 - 21080 - 210
1414chain 'D' and (resid 211 through 310 )DM211 - 310211 - 310
1515chain 'D' and (resid 311 through 352 )DM311 - 352311 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る