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万見
- PDB-7usz: Human DDAH-1, holo (Zn-bound) form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7usz
タイトルHuman DDAH-1, holo (Zn-bound) form
要素N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / Cardiovascular enzyme / Proton pump inhibitors / Esomeprazole
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / catalytic activity / nitric oxide mediated signal transduction ...dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / catalytic activity / nitric oxide mediated signal transduction / L-arginine catabolic process / eNOS activation / nitric oxide metabolic process / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dimethylarginine dimethylaminohydrolase / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic
類似検索 - ドメイン・相同性
N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Smith, C.A. / Ghebre, Y.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R56AR077445 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K01HL118683 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL137703 米国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2022
タイトル: Esomeprazole covalently interacts with the cardiovascular enzyme dimethylarginine dimethylaminohydrolase: Insights into the cardiovascular risk of proton pump inhibitors.
著者: Smith, C.A. / Ebrahimpour, A. / Novikova, L. / Farina, D. / Bailey, A.O. / Russell, W.K. / Jain, A. / Saltzman, A.B. / Malovannaya, A. / Prasad, B.V.V. / Hu, L. / Ghebre, Y.T.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0566
ポリマ－62,8542
非ポリマー2024
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.968, 47.634, 146.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / DDAH-1 / Dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / DDAHI / Dimethylargininase-1


分子量: 31427.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDAH1, DDAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94760, dimethylargininase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl (pH 8.05), 21% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→39.9 Å / Num. obs: 73638 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2000 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.531

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JAJ

2jaj


解像度: 1.65→29.55 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 3696 5.02 %
Rwork0.1508 69873 -
obs0.1532 73569 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.65 Å2 / Biso mean: 25.4029 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4273 0 4 493 4770
Biso mean--58.31 36.78 -
残基数----560
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.670.32471510.24672545269694
1.67-1.690.2911650.21642610277598
1.69-1.720.25821500.19682704285499
1.72-1.740.28241340.18372681281599
1.74-1.770.24881260.16532724285099
1.77-1.80.24641580.15652633279198
1.8-1.830.18951340.14322668280298
1.83-1.870.21061450.14762702284798
1.87-1.90.20131560.14012625278198
1.9-1.940.20081430.14582629277297
1.94-1.980.18981330.13042732286599
1.98-2.030.19541240.12932688281299
2.03-2.080.19931340.13212715284999
2.08-2.130.20471400.1312713285399
2.13-2.20.23781280.14122656278498
2.2-2.270.19631470.13462710285798
2.27-2.350.20011340.13472634276897
2.35-2.440.20391400.13472684282499
2.44-2.550.221430.14742721286499
2.55-2.690.20251460.1512720286699
2.69-2.860.21241480.16122691283998
2.86-3.080.23891430.16932648279197
3.08-3.390.19881500.16722748289899
3.39-3.880.16971390.15352753289299
3.88-4.880.16951270.1352732285997
4.88-29.550.16141580.15742807296598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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