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Yorodumi- PDB-7usv: Plasmodium falciparum protein Pfs230 D1 in complex with nanobody F10 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7usv | |||||||||
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Title | Plasmodium falciparum protein Pfs230 D1 in complex with nanobody F10 | |||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / 6-cysteine protein / s48/45 domain / Plasmodium / nanobody / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Vicugna pacos (alpaca) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Dietrich, M.H. / Tham, W.H. | |||||||||
Funding support | Australia, United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2022 Title: Nanobodies against Pfs230 block Plasmodium falciparum transmission. Authors: Dietrich, M.H. / Gabriela, M. / Reaksudsan, K. / Dixon, M.W.A. / Chan, L.J. / Adair, A. / Trickey, S. / O'Neill, M.T. / Tan, L.L. / Lopaticki, S. / Healer, J. / Keremane, S. / Cowman, A.F. / Tham, W.H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7usv.cif.gz | 233 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7usv.ent.gz | 185.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7usv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7usv_validation.pdf.gz | 463.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7usv_full_validation.pdf.gz | 468.4 KB | Display | |
Data in XML | 7usv_validation.xml.gz | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7usv_validation.cif.gz | 35.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/7usv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/7usv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7usrSC 7ussC 7ustC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16800.465 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Domain 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: isolate 3D7 / Gene: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P68874 #2: Antibody | Mass: 14290.750 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, and 25% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953732 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953732 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→47.894 Å / Num. obs: 43202 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 9.782 % / Biso Wilson estimate: 40.777 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rrim(I) all: 0.242 / Χ2: 0.77 / Net I/σ(I): 11.83 / Num. measured all: 422617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7USR Resolution: 2.1→47.894 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.41 Å2 / Biso mean: 43.5588 Å2 / Biso min: 19.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→47.894 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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