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- PDB-7ust: Plasmodium falciparum protein Pfs230 D1 in complex with nanobody F5 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ust | |||||||||
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Title | Plasmodium falciparum protein Pfs230 D1 in complex with nanobody F5 | |||||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / 6-cysteine protein / s48/45 domain / Plasmodium / nanobody / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dietrich, M.H. / Tham, W.H. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Nanobodies against Pfs230 block Plasmodium falciparum transmission. Authors: Dietrich, M.H. / Gabriela, M. / Reaksudsan, K. / Dixon, M.W.A. / Chan, L.J. / Adair, A. / Trickey, S. / O'Neill, M.T. / Tan, L.L. / Lopaticki, S. / Healer, J. / Keremane, S. / Cowman, A.F. / Tham, W.H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 128.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 97.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 441.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7usrSC ![]() 7ussC ![]() 7usvC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 14755.307 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 16800.465 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Domain 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: isolate 3D7 / Gene: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / Production host: ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.0 M ammonium sulphate, 0.1 sodium citrate pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 31, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953732 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→46.22 Å / Num. obs: 36891 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.089 % / Biso Wilson estimate: 39.337 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.853 / Net I/σ(I): 24.85 / Num. measured all: 445981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7USR Resolution: 1.7→42.09 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.01 Å2 / Biso mean: 50.7908 Å2 / Biso min: 20.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→42.09 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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