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万見
- PDB-7usr: Plasmodium falciparum protein Pfs230 D1D2 - Structure of the firs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7usr
タイトルPlasmodium falciparum protein Pfs230 D1D2 - Structure of the first two 6-cysteine domains
要素Gametocyte surface protein P230
キーワードCELL ADHESION / 6-cysteine protein / s48/45 domain / Plasmodium
機能・相同性6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Dietrich, M.H. / Tham, W.H.
資金援助 オーストラリア, 英国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2001385 オーストラリア
Wellcome Trust208693/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Nanobodies against Pfs230 block Plasmodium falciparum transmission.
著者: Dietrich, M.H. / Gabriela, M. / Reaksudsan, K. / Dixon, M.W.A. / Chan, L.J. / Adair, A. / Trickey, S. / O'Neill, M.T. / Tan, L.L. / Lopaticki, S. / Healer, J. / Keremane, S. / Cowman, A.F. / Tham, W.H.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9812
ポリマ－35,4101
非ポリマー5711
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.788, 65.788, 108.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 35410.430 Da / 分子数: 1 / 断片: first two 6-cysteine domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P68874
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.968625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→46.519 Å / Num. obs: 34715 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.187 % / Biso Wilson estimate: 34.761 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 16.64 / Num. measured all: 492491
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.93-2.0414.2051.441.9379050559555650.7321.49499.5
2.04-2.1814.4890.8513.4575995524552450.8850.882100
2.18-2.3614.2530.5715.1469895490449040.9540.592100
2.36-2.5813.4370.3857.2960774452345230.9730.4100
2.58-2.8914.0830.22112.457458408040800.9910.229100
2.89-3.3314.7780.11823.1553438361636160.9980.122100
3.33-4.0714.4320.05943.0244278306830680.9990.061100
4.07-5.7413.1810.04257.2231095235923590.9990.044100
5.74-46.51915.1350.03766205081357135510.03999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished, in-house structure of a Pt-derivative solved by SIRAS

解像度: 1.93→46.519 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 2071 6 %
Rwork0.1635 32445 -
obs0.166 34516 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.04 Å2 / Biso mean: 40.2139 Å2 / Biso min: 17.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→46.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2264 0 38 298 2600
Biso mean--108.53 45.61 -
残基数----288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.93-1.97490.30261390.25152176
1.9749-2.02430.27141370.22842138
2.0243-2.07910.25131360.20252141
2.0791-2.14020.24241380.19742159
2.1402-2.20930.22411390.18292175
2.2093-2.28830.22741370.17572146
2.2883-2.37990.18821380.16942155
2.3799-2.48820.22721370.16492152
2.4882-2.61940.2061380.16722156
2.6194-2.78350.19671380.16532164
2.7835-2.99840.21421390.1682188
2.9984-3.30.22831380.16812153
3.3-3.77740.18691380.15522170
3.7774-4.75830.18351390.12682171
4.7583-46.5190.17571400.15882201
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03011.4135-1.79052.4752-2.35354.5456-0.0546-0.0492-0.0306-0.1015-0.0168-0.04760.14120.04270.07050.15160.02050.00180.1386-0.01320.16669.496240.8302-26.3598
22.98041.8093-0.63714.97190.61466.8044-0.17330.36170.2629-0.20370.24430.60080.159-0.6947-0.07210.2321-0.0312-0.01540.27610.0850.248154.118223.0593-4.6482
31.5587-0.32980.15411.5411-0.81823.2554-0.05670.0253-0.2437-0.0872-0.2532-0.46490.53340.54090.26560.27010.04180.05330.24850.03870.332969.227120.8066-1.9
45.55220.9565-0.09131.5912-0.92956.7666-0.017-0.12940.17850.0255-0.1329-0.2099-0.2682-0.34620.20590.21540.0038-0.01110.16160.04850.166159.691722.37726.7032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 587 through 734 )A587 - 734
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 735 through 802 )A735 - 802
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 803 through 857 )A803 - 857
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 858 through 887 )A858 - 887

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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