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万見
- PDB-7usf: Mouse mammary tumor virus strand transfer complex intasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7usf
タイトルMouse mammary tumor virus strand transfer complex intasome
要素
  • Integraseインテグラーゼ
  • tDNA strand
  • vDNA strand (non-transferred)
  • vDNA-tDNA strand (transferred)
キーワードHYDROLASE/DNA / Integrase-DNA complex / hydrolase (加水分解酵素) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity ...dUTP diphosphatase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb ...GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Gag-Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jozwik, I. / Lyumkis, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-2048095 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI150472 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136680 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: B-to-A transition in target DNA during retroviral integration.
著者: Ilona K Jóźwik / Wen Li / Da-Wei Zhang / Doris Wong / Julia Grawenhoff / Allison Ballandras-Colas / Sriram Aiyer / Peter Cherepanov / Alan N Engelman / Dmitry Lyumkis /
要旨: Integration into host target DNA (tDNA), a hallmark of retroviral replication, is mediated by the intasome, a multimer of integrase (IN) assembled on viral DNA (vDNA) ends. To ascertain aspects of ...Integration into host target DNA (tDNA), a hallmark of retroviral replication, is mediated by the intasome, a multimer of integrase (IN) assembled on viral DNA (vDNA) ends. To ascertain aspects of tDNA recognition during integration, we have solved the 3.5 Å resolution cryo-EM structure of the mouse mammary tumor virus (MMTV) strand transfer complex (STC) intasome. The tDNA adopts an A-like conformation in the region encompassing the sites of vDNA joining, which exposes the sugar-phosphate backbone for IN-mediated strand transfer. Examination of existing retroviral STC structures revealed conservation of A-form tDNA in the analogous regions of these complexes. Furthermore, analyses of sequence preferences in genomic integration sites selectively targeted by six different retroviruses highlighted consistent propensity for A-philic sequences at the sites of vDNA joining. Our structure additionally revealed several novel MMTV IN-DNA interactions, as well as contacts seen in prior STC structures, including conserved Pro125 and Tyr149 residues interacting with tDNA. In infected cells, Pro125 substitutions impacted the global pattern of MMTV integration without significantly altering local base sequence preferences at vDNA insertion sites. Collectively, these data advance our understanding of retroviral intasome structure and function, as well as factors that influence patterns of vDNA integration in genomic DNA.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
I: vDNA strand (non-transferred)
J: vDNA-tDNA strand (transferred)
K: tDNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,40512
ポリマ－170,1047
非ポリマー3025
水0
1
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
I: vDNA strand (non-transferred)
J: vDNA-tDNA strand (transferred)
K: tDNA strand
ヘテロ分子

A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
I: vDNA strand (non-transferred)
J: vDNA-tDNA strand (transferred)
K: tDNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,81124
ポリマ－340,20814
非ポリマー60310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Integrase / インテグラーゼ


分子量: 35753.332 Da / 分子数: 4 / 変異: T252S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O56220

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DNA鎖 , 3種, 3分子 IJK

#2: DNA鎖 vDNA strand (non-transferred)


分子量: 9234.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
#3: DNA鎖 vDNA-tDNA strand (transferred)


分子量: 12875.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
#4: DNA鎖 tDNA strand


分子量: 4980.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)

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非ポリマー , 2種, 5分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MMTV strand transfer complex intasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2200 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32 mMDTT1
410 mMCalcium chlorideCaCl21
525 mMZinc chlorideZnCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: MMTV STC intasomes were applied onto R1.2/1.3 gold UltrAufoil grids, Au 300 mesh (Quantifoil). Cryo-EM grids were prepared by manually freezing using a manual plunger in cold room at 4C and ...詳細: MMTV STC intasomes were applied onto R1.2/1.3 gold UltrAufoil grids, Au 300 mesh (Quantifoil). Cryo-EM grids were prepared by manually freezing using a manual plunger in cold room at 4C and stored in liquid nitrogen for future data acquisition.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 38167 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1578
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 100 / 利用したフレーム数/画像: 1-100

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4cryoSPARC3CTF補正
7PHENIXdev-4213-000モデルフィッティング
9cryoSPARC2.4初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.4最終オイラー角割当
12cryoSPARC3３次元再構成
13Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1048508
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50196 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
詳細: Initial model building was accomplished by rigid-body fitting of the MMTV CSC structure downloaded from the Protein Data Bank (PDB ID: 3JCA) into the EM map in Chimera 1.14 by Fit in Map tool. ...詳細: Initial model building was accomplished by rigid-body fitting of the MMTV CSC structure downloaded from the Protein Data Bank (PDB ID: 3JCA) into the EM map in Chimera 1.14 by Fit in Map tool. Unmodeled protein and DNA residues were manually built in Coot 0.9.4.1 and the structure underwent a few iterative cycles of manual model re-building and real-space refinement in Phenix. Ramachandran and secondary structure restraints were applied. To model the full octameric intasome, we additionally rigid-body docked the flanking IN dimers (PDB ID: 5CZ2) into the map. The density connecting the flanking dimers and the core was evident, but broken, and therefore a model was not derived for the linker regions. The final model accounts for the complete octameric MMTV STC intasome with connections for the linker regions.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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