PDB-7urh: Crystal structure of Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7urh

タイトル

Crystal structure of Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2

要素

Ferritin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ferroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

Iron uptake and transport / Neutrophil degranulation / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / defense response to Gram-positive bacterium / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.468 Å

データ登録者

Malcolm, T.R. / Maher, M.J. / Mubarak, S.S.M.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Biochemical Characterization of Caenorhabditis elegans Ferritins.
著者: Mubarak, S.S.M. / Malcolm, T.R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Maher, M.J. / McColl, G. / Jameson, G.N.L.

履歴

登録	2022年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7urh.cif.gz	263.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7urh.ent.gz	204.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7urh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7urh_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7urh_full_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示
XML形式データ	7urh_validation.xml.gz	51.8 KB	表示
CIF形式データ	7urh_validation.cif.gz	78.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7urh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/7urh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7usnC 5wpnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (9) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin

C: Ferritin

E: Ferritin

G: Ferritin

I: Ferritin

K: Ferritin

ヘテロ分子

117 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin

C: Ferritin

E: Ferritin

G: Ferritin

I: Ferritin

K: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

C: Ferritin

E: Ferritin

G: Ferritin

I: Ferritin

K: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

C: Ferritin

E: Ferritin

G: Ferritin

I: Ferritin

K: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

C: Ferritin

E: Ferritin

G: Ferritin

I: Ferritin

K: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
468 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.840, 154.840, 128.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 19371.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: ftn-2, CELE_D1037.3, D1037.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9TYS3, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2-methyl-2,4-pentanediol, Bis-Tris, Ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.468→50 Å / Num. obs: 256649 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.47→1.49 Å / R_merge(I) obs: 0.625 / Num. unique obs: 11916 / CC_1/2: 0.847 / R_pim(I) all: 0.262

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WPN

5wpn

解像度: 1.468→49.505 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 1.063 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9362 / Average fsc work: 0.941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1764	13172	5.132 %
R_work	0.1593	243475	-
all	0.16	-	-
obs	-	256647	99.621 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.496 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.496 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.992 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.468→49.505 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8196	0	30	1407	9633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	9114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.643	12403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.395	1.587	19770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.098	5	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.272	23.533	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.193	15	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.921	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.157	0.2	7327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.135	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.701	1.626	4280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.691	1.625	4279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.111	2.435	5405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.112	2.435	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.318	1.809	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.317	1.809	4835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.069	2.654	6919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.069	2.654	6920
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.002	21.164	11189
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.582	20.032	10761

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.468-1.506	0.274	931	0.258	17228	0.259	19039	0.828	0.83	95.3779	0.259
1.506-1.548	0.242	1017	0.221	17560	0.222	18577	0.868	0.878	100	0.222
1.548-1.593	0.201	960	0.197	17015	0.198	17975	0.914	0.916	100	0.194
1.593-1.641	0.203	944	0.187	16550	0.188	17494	0.923	0.926	100	0.182
1.641-1.695	0.196	868	0.179	16102	0.179	16970	0.933	0.937	100	0.171
1.695-1.755	0.186	790	0.169	15529	0.17	16319	0.943	0.948	100	0.16
1.755-1.821	0.183	855	0.159	15022	0.16	15877	0.949	0.955	100	0.149
1.821-1.895	0.175	724	0.152	14527	0.153	15251	0.956	0.962	100	0.142
1.895-1.979	0.174	752	0.16	13848	0.161	14600	0.956	0.963	100	0.152
1.979-2.076	0.182	732	0.163	13254	0.164	13988	0.96	0.963	99.9857	0.155
2.076-2.188	0.172	665	0.152	12637	0.153	13303	0.965	0.969	99.9925	0.146
2.188-2.32	0.16	682	0.141	11860	0.142	12548	0.968	0.971	99.9522	0.138
2.32-2.48	0.156	590	0.139	11272	0.14	11867	0.968	0.971	99.9579	0.138
2.48-2.678	0.159	492	0.134	10520	0.135	11016	0.968	0.974	99.9637	0.137
2.678-2.933	0.152	522	0.139	9630	0.14	10152	0.97	0.972	100	0.145
2.933-3.278	0.17	430	0.148	8762	0.149	9194	0.964	0.969	99.9782	0.159
3.278-3.782	0.168	443	0.15	7670	0.151	8116	0.968	0.97	99.963	0.168
3.782-4.625	0.166	339	0.15	6531	0.151	6878	0.968	0.971	99.8837	0.178
4.625-6.512	0.209	268	0.192	5099	0.193	5367	0.967	0.968	100	0.227
6.512-49.505	0.176	168	0.19	2859	0.189	3032	0.967	0.964	99.8351	0.237

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関連情報:EMDBヘッダ

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