PDB-7uqw: PCC6803 Cyanophycinase S132DAP covalently bound to cyanophycin dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uqw

タイトル

PCC6803 Cyanophycinase S132DAP covalently bound to cyanophycin dimer

要素

Cyanophycinase

キーワード

HYDROLASE / cyanophycinase / CphB / cyanophycin

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanophycinase / serine-type peptidase activity / protein homodimerization activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Sharon, I. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2022
タイトル: The structure of cyanophycinase in complex with a cyanophycin degradation intermediate.
著者: Sharon, I. / Grogg, M. / Hilvert, D. / Schmeing, T.M.

履歴

登録	2022年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uqw.cif.gz	179.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uqw.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uqw_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uqw_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7uqw_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	7uqw_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uqvC 3en0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyanophycinase

B: Cyanophycinase

C: Cyanophycinase

ヘテロ分子

92.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyanophycinase

B: Cyanophycinase

ヘテロ分子

A: Cyanophycinase

B: Cyanophycinase

ヘテロ分子

C: Cyanophycinase

ヘテロ分子

C: Cyanophycinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
185 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.463, 132.947, 164.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Cyanophycinase 分子量: 30117.398 Da / 分子数: 3 / 変異: S132DAP (diaminopropanoate: a modified amino acid) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: cphB, slr2001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73832, cyanophycinase
#2: 化合物	ChemComp-7ID / (2~{S})-4-[[(2~{S})-5-[[azanyl($l^{4}-azanylidene)methyl]amino]-1-$l^{1}-oxidanyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-2-$l^{2}-azanyl-4-oxidanylidene-butanoic acid / L-βAsp-L-Arg-OH タイプ: L-peptide linking / 分子量: 289.288 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₉N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ARF / FORMAMIDE / ホルムアミドタイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 45.041 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₃NO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.6, 1.65 M ammonium sulfate and 4% formamide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→61.61 Å / Num. obs: 133142 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.18
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 13155 / CC_1/2: 0.866

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EN0

3en0

解像度: 1.5→61.61 Å / SU ML: 0.1446 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 17.4545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	6567	4.93 %
R_work	0.1812	126573	-
obs	0.1821	133140	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→61.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6006	0	106	539	6651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0158	6210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6543	8376
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0928	939
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0116	1108
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7849	2295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2832	209	0.2702	4169	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.52-1.53	0.2664	242	0.252	4192	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.53-1.55	0.2467	211	0.2321	4132	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.2183	179	0.2148	4245	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.57-1.59	0.2323	199	0.2118	4232	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.59-1.62	0.2266	226	0.2021	4136	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.62-1.64	0.2258	206	0.1969	4207	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.64-1.66	0.2492	204	0.1988	4246	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.66-1.69	0.2152	221	0.1854	4141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.1918	231	0.1815	4164	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.72-1.75	0.2105	246	0.178	4196	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.75-1.78	0.2198	229	0.1843	4173	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.78-1.81	0.1958	242	0.1781	4172	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.81-1.85	0.2005	221	0.1753	4185	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.85-1.89	0.2008	197	0.1757	4211	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.89-1.93	0.1923	218	0.1741	4209	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.1754	235	0.1646	4159	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.98-2.04	0.1991	213	0.1659	4235	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.04-2.1	0.2068	172	0.1667	4236	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.1-2.16	0.1934	236	0.1741	4197	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.16-2.24	0.1851	222	0.1658	4234	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.24-2.33	0.1871	224	0.1664	4217	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.33-2.44	0.1833	189	0.1672	4239	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.44-2.56	0.2033	245	0.1708	4226	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.56-2.73	0.1867	214	0.1783	4230	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.73-2.94	0.2125	243	0.1745	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.23	0.179	249	0.181	4229	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.23-3.7	0.1976	255	0.1764	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.66	0.1918	185	0.1741	4352	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.66-61.61	0.2052	204	0.2035	4502	X-RAY DIFFRACTION	99.83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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