PDB-7uqv: Pseudobacteroides cellulosolvens pseudo-CphB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uqv

タイトル

Pseudobacteroides cellulosolvens pseudo-CphB

要素

Cyanophycinase

キーワード

HYDROLASE / Cyanophycinase / cyanophycin / protease

機能・相同性

cyanophycinase / Peptidase S51, cyanophycinase / Peptidase S51 / Peptidase family S51 / Class I glutamine amidotransferase-like / carboxypeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis / Cyanophycinase

機能・相同性情報

生物種

Pseudobacteroides cellulosolvens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sharon, I. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2022
タイトル: The structure of cyanophycinase in complex with a cyanophycin degradation intermediate.
著者: Sharon, I. / Grogg, M. / Hilvert, D. / Schmeing, T.M.

履歴

登録	2022年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uqv.cif.gz	203.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uqv.ent.gz	161.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uqv_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uqv_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	7uqv_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	7uqv_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uqwC 3en0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyanophycinase

B: Cyanophycinase

D: Cyanophycinase

C: Cyanophycinase

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyanophycinase

B: Cyanophycinase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Cyanophycinase

C: Cyanophycinase

登録者が定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.797, 172.797, 116.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 7 through 18 or resid 20...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 7 through 18 or resid 20...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 7 through 18 or resid 20...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 7 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLY	LYS	A	1 - 12
d_1	2	ens_1	GLY	GLY	A	14 - 29
d_1	3	ens_1	GLU	VAL	A	32 - 44
d_1	4	ens_1	VAL	ILE	A	46 - 112
d_1	5	ens_1	ALA	ASP	A	114 - 138
d_1	6	ens_1	PRO	GLN	A	141 - 167
d_1	7	ens_1	GLY	SER	A	169 - 225
d_1	8	ens_1	LEU	LEU	A	227 - 257
d_2	1	ens_1	GLY	LYS	B	1 - 12
d_2	2	ens_1	GLY	GLY	B	14 - 29
d_2	3	ens_1	GLU	VAL	B	32 - 44
d_2	4	ens_1	VAL	ILE	B	46 - 112
d_2	5	ens_1	ALA	ASP	B	114 - 138
d_2	6	ens_1	PRO	GLN	B	141 - 167
d_2	7	ens_1	GLY	SER	B	169 - 225
d_2	8	ens_1	LEU	LEU	B	227 - 257
d_3	1	ens_1	GLY	LYS	D	1 - 12
d_3	2	ens_1	GLY	GLY	D	14 - 29
d_3	3	ens_1	GLU	VAL	D	32 - 44
d_3	4	ens_1	VAL	ILE	D	46 - 112
d_3	5	ens_1	ALA	ASP	D	114 - 138
d_3	6	ens_1	PRO	GLN	D	142 - 168
d_3	7	ens_1	GLY	SER	D	170 - 226
d_3	8	ens_1	LEU	LEU	D	228 - 258
d_4	1	ens_1	GLY	LYS	C	1 - 12
d_4	2	ens_1	GLY	GLY	C	14 - 29
d_4	3	ens_1	GLU	VAL	C	32 - 44
d_4	4	ens_1	VAL	ILE	C	46 - 112
d_4	5	ens_1	ALA	ASP	C	114 - 138
d_4	6	ens_1	PRO	GLN	C	142 - 168
d_4	7	ens_1	GLY	SER	C	170 - 226
d_4	8	ens_1	LEU	LEU	C	228 - 258

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.81503144776, -0.100317574307, 0.570666385419), (-0.104883303817, -0.943084557026, -0.315580434882), (0.569844919028, -0.317061354607, 0.758121933249)	-150.056773671, 2.90187460555, 49.1663601254
2	given	(-0.736061555261, -0.133256268418, -0.663668707862), (-0.176629198597, -0.908657706885, 0.378342831201), (-0.653464240085, 0.395706884759, 0.645291057031)	-120.821748037, 33.9130808086, -56.9953201135
3	given	(0.254000608244, 0.430343950012, -0.866191535227), (0.459944859298, 0.734077824803, 0.499580297387), (0.850843356569, -0.525294043198, -0.0114782735396)	-42.2346949255, 76.5894031704, 73.2674073975

#1: タンパク質	Cyanophycinase / pseudo-CphB 分子量: 29957.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudobacteroides cellulosolvens (バクテリア) 株: ATCC 35603 = DSM 2933 / 遺伝子: Bccel_3994 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L6JSP1, cyanophycinase
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.3 M magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.522 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.522 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→149.65 Å / Num. obs: 76986 / % possible obs: 97.81 % / 冗長度: 18.1 % / B_iso Wilson estimate: 62.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.96
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 6145 / CC_1/2: 0.961

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158_final	精密化
REFMAC		精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EN0

3en0

解像度: 2.4→92.14 Å / SU ML: 0.4248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.8455
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	3863	5.02 %
R_work	0.2003	73123	-
obs	0.2018	76986	97.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→92.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7864	0	0	0	7864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	7964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1299	10752
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0651	1259
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.2628	2928

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.408563280349
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.499151947676
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.532035202772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3935	105	0.3924	1681	X-RAY DIFFRACTION	64.87
2.43-2.46	0.4124	120	0.376	2207	X-RAY DIFFRACTION	83.71
2.46-2.49	0.4244	125	0.3687	2418	X-RAY DIFFRACTION	91.44
2.49-2.53	0.391	156	0.3634	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.53-2.56	0.3876	175	0.3528	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.56-2.6	0.3478	138	0.3256	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.6-2.64	0.3368	140	0.3168	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.68	0.3095	145	0.3102	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.68-2.73	0.3028	149	0.2853	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.73-2.78	0.2926	151	0.2839	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.78-2.83	0.3221	136	0.2654	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.89	0.2563	168	0.2682	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.95	0.2789	123	0.2573	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.02	0.2822	154	0.2535	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.1	0.2621	121	0.2421	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.1-3.18	0.3181	111	0.2278	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.28	0.28	164	0.2319	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.38	0.2576	141	0.2285	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.5	0.2628	130	0.2198	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.5-3.64	0.1949	135	0.1877	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.81	0.2203	131	0.1836	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.01	0.2016	126	0.1727	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.01-4.26	0.18	122	0.1569	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.59	0.1647	147	0.1437	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.59-5.05	0.1468	154	0.1406	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.05-5.78	0.2492	147	0.1809	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.78-7.29	0.1994	146	0.1929	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
7.29-92.14	0.2064	103	0.1569	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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