PDB-7uqu: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uqu

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC9

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / kinocilium / photoreceptor ribbon synapse / inner ear auditory receptor cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.976 Å

データ登録者

Sandhu, J.S. / De La Torre, P. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC9
著者: Sandhu, J.S. / De La Torre, P. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2022年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uqu.cif.gz	59.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uqu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uqu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uqu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7uqu_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	7uqu_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i8dS 5tflS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

AAA: Cadherin-23

BBB: Cadherin-23

ヘテロ分子

25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.308, 41.661, 56.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.196, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 12914.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: While in crystallization tray, the protein degraded and crystallized as just EC9 instead of EC8-9 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.976→51.909 Å / Num. obs: 14817 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 701 / CC_1/2: 0.907

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5tfl,5i8d

5tfl

5i8d

解像度: 1.976→51.909 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.561 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	681	4.742 %
R_work	0.1802	13681	-
all	0.182	-	-
obs	-	14362	95.836 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.745 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.676 Å²	0 Å²	-0.583 Å²
2-	-	0.461 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.976→51.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1617	0	2	73	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.65	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.301	1.572	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.177	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.218	22.093	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.795	15	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.085	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.17	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.265	2.531	850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.256	2.529	849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.721	3.78	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.72	3.782	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.54	2.796	787
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.543	2.794	785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.012	4.077	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.012	4.077	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.358	30.427	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.354	30.431	1656

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.976-2.027	0.276	37	0.207	812	0.21	1080	0.918	0.918	78.6111	0.207
2.027-2.083	0.235	55	0.211	994	0.213	1089	0.932	0.921	96.3269	0.211
2.083-2.143	0.23	62	0.19	956	0.193	1051	0.927	0.935	96.8601	0.19
2.143-2.209	0.256	39	0.192	916	0.194	997	0.895	0.935	95.7874	0.192
2.209-2.281	0.344	31	0.182	901	0.187	973	0.881	0.94	95.7862	0.182
2.281-2.361	0.192	47	0.178	863	0.179	946	0.942	0.947	96.1945	0.178
2.361-2.45	0.229	43	0.17	871	0.173	924	0.938	0.952	98.9177	0.17
2.45-2.55	0.249	51	0.177	805	0.182	874	0.932	0.945	97.9405	0.177
2.55-2.663	0.236	36	0.176	796	0.179	848	0.929	0.947	98.1132	0.176
2.663-2.792	0.235	26	0.179	763	0.181	817	0.935	0.949	96.5728	0.179
2.792-2.943	0.176	23	0.178	735	0.178	782	0.954	0.949	96.9309	0.178
2.943-3.121	0.209	41	0.177	669	0.179	719	0.945	0.951	98.7483	0.177
3.121-3.335	0.281	28	0.191	659	0.195	693	0.922	0.944	99.1342	0.191
3.335-3.601	0.197	22	0.189	609	0.189	649	0.95	0.946	97.2265	0.189
3.601-3.943	0.211	32	0.169	543	0.171	590	0.95	0.959	97.4576	0.169
3.943-4.405	0.172	29	0.153	509	0.154	548	0.971	0.971	98.1752	0.153
4.405-5.081	0.212	17	0.145	449	0.148	479	0.972	0.976	97.286	0.145
5.081-6.208	0.224	33	0.206	350	0.208	402	0.959	0.961	95.2736	0.206
6.208-8.717	0.212	22	0.192	304	0.193	329	0.937	0.949	99.0881	0.192
8.717-51.909	0.271	7	0.223	177	0.225	195	0.958	0.951	94.359	0.223

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)