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- PDB-7uqc: phospho-GlialCAM peptide AA370-389 with Fab MS39p2w174 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uqc
タイトルphospho-GlialCAM peptide AA370-389 with Fab MS39p2w174
要素
  • (Fab MS39p2w174 ...) x 2
  • Hepatocyte cell adhesion molecule
キーワードIMMUNE SYSTEM / Autoantigen / EBV / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


astrocyte end-foot / cell-cell junction / protein localization / regulation of cell cycle / cell adhesion / axon / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatic and glial cell adhesion molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lanz, T.V. / Robinson, W.H. / Fernandez, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AR063676 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolution of Antibody Reactivity against EBV EBNA1 to Molecular Mimicry with GlialCAM
著者: Lanz, T.V. / Robinson, W.H. / Fernandez, D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Clonally expanded B cells in multiple sclerosis bind EBV EBNA1 and GlialCAM.
著者: Lanz, T.V. / Brewer, R.C. / Ho, P.P. / Moon, J.S. / Jude, K.M. / Fernandez, D. / Fernandes, R.A. / Gomez, A.M. / Nadj, G.S. / Bartley, C.M. / Schubert, R.D. / Hawes, I.A. / Vazquez, S.E. / ...著者: Lanz, T.V. / Brewer, R.C. / Ho, P.P. / Moon, J.S. / Jude, K.M. / Fernandez, D. / Fernandes, R.A. / Gomez, A.M. / Nadj, G.S. / Bartley, C.M. / Schubert, R.D. / Hawes, I.A. / Vazquez, S.E. / Iyer, M. / Zuchero, J.B. / Teegen, B. / Dunn, J.E. / Lock, C.B. / Kipp, L.B. / Cotham, V.C. / Ueberheide, B.M. / Aftab, B.T. / Anderson, M.S. / DeRisi, J.L. / Wilson, M.R. / Bashford-Rogers, R.J.M. / Platten, M. / Garcia, K.C. / Steinman, L. / Robinson, W.H.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab MS39p2w174 Light Chain
B: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
C: Hepatocyte cell adhesion molecule
G: Fab MS39p2w174 Light Chain
H: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
I: Fab MS39p2w174 Light Chain
J: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
D: Fab MS39p2w174 Light Chain
E: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
F: Hepatocyte cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,41224
ポリマ－194,79510
非ポリマー61814
水5,711317
1
A: Fab MS39p2w174 Light Chain
B: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
C: Hepatocyte cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9445
ポリマ－49,8123
非ポリマー1322
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Fab MS39p2w174 Light Chain
H: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7276
ポリマ－47,5852
非ポリマー1424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Fab MS39p2w174 Light Chain
J: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8237
ポリマ－47,5852
非ポリマー2385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fab MS39p2w174 Light Chain
E: Fab MS39p2w174 Heavy Chain
F: Hepatocyte cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9196
ポリマ－49,8123
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)195.027, 99.514, 136.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.811, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-302-

CL

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Hepatocyte cell adhesion molecule / Protein hepaCAM


分子量: 2227.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEPACAM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14CZ8

-
抗体 , 2種, 8分子 AGIDBHJE

#1: 抗体
Fab MS39p2w174 Light Chain


分子量: 24204.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab MS39p2w174 Heavy Chain


分子量: 23381.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 331分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tbd

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月13日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→44.11 Å / Num. obs: 69508 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 44.71 Å2 / CC1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1134 / Rpim(I) all: 0.1134 / Rrim(I) all: 0.1603 / Net I/σ(I): 5.42
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.461 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10053 / CC1/2: 0.347 / Rpim(I) all: 0.94 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7K7R

7k7r


解像度: 2.65→44.11 Å / SU ML: 0.3527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1734
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 3495 5.2 %
Rwork0.1756 63727 -
obs0.1788 67222 95.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13630 0 22 317 13969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009813958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.279118980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06542103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00852447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.77791934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.680.34971210.27222169X-RAY DIFFRACTION81.58
2.68-2.720.34411220.27892508X-RAY DIFFRACTION95.01
2.72-2.760.35811440.27912452X-RAY DIFFRACTION93.52
2.76-2.810.32581400.27442423X-RAY DIFFRACTION90.63
2.81-2.850.35321320.26222480X-RAY DIFFRACTION94.23
2.85-2.90.30211250.252642X-RAY DIFFRACTION98.89
2.9-2.960.31310.24662628X-RAY DIFFRACTION99.14
2.96-3.010.30431360.24832611X-RAY DIFFRACTION98.49
3.01-3.070.38251590.2492577X-RAY DIFFRACTION98.56
3.07-3.140.29771520.22842585X-RAY DIFFRACTION97.54
3.14-3.210.32751540.20952581X-RAY DIFFRACTION97.5
3.21-3.290.26251630.19982549X-RAY DIFFRACTION97.41
3.29-3.380.25881330.19092568X-RAY DIFFRACTION96.91
3.38-3.480.25631480.18622576X-RAY DIFFRACTION97.25
3.48-3.590.27081300.18152474X-RAY DIFFRACTION93.57
3.59-3.720.23261310.17232469X-RAY DIFFRACTION92.2
3.72-3.870.24081470.16352623X-RAY DIFFRACTION98.61
3.87-4.050.21931550.15082639X-RAY DIFFRACTION98.8
4.05-4.260.1921400.13982590X-RAY DIFFRACTION98.34
4.26-4.530.15371510.11992601X-RAY DIFFRACTION98.04
4.53-4.880.16961610.11862582X-RAY DIFFRACTION96.99
4.88-5.370.16841040.12692477X-RAY DIFFRACTION91.95
5.37-6.140.20211540.15052608X-RAY DIFFRACTION96.98
6.14-7.730.20521330.1592675X-RAY DIFFRACTION98.73
7.73-44.110.17661290.14562640X-RAY DIFFRACTION95.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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