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- PDB-7upm: Tribbles (TRIB2) pseudokinase bound to nanobody Nb4.103 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7upm
タイトルTribbles (TRIB2) pseudokinase bound to nanobody Nb4.103
要素
  • Nb4.103 Nanobody
  • Tribbles homolog 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Tribbles / psuedokinase / TRB2 / TRIB2 / nanobody / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein transferase regulator activity / regulation of MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase binding / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of fat cell differentiation / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cytoskeleton ...ubiquitin-protein transferase regulator activity / regulation of MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase binding / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of fat cell differentiation / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cytoskeleton / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pseudokinase tribbles family/serine-threonine-protein kinase 40 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily ...Pseudokinase tribbles family/serine-threonine-protein kinase 40 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tribbles homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jamieson, S.A. / Mace, P.D.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden Fund ニュージーランド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Nanobodies identify an activated state of the TRIB2 pseudokinase.
著者: Jamieson, S.A. / Pudjihartono, M. / Horne, C.R. / Viloria, J.S. / Dunlop, J.L. / McMillan, H.D. / Day, R.C. / Keeshan, K. / Murphy, J.M. / Mace, P.D.
履歴
登録2022年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tribbles homolog 2
B: Nb4.103 Nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9922
ポリマ－42,9922
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Evidence for 2:1 complex at high concentration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.160, 75.160, 273.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Tribbles homolog 2 / TRB-2


分子量: 29987.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIB2, TRB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92519
#2: 抗体 Nb4.103 Nanobody


分子量: 13004.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.2 M Magnesium nitrate hexahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.67 Å / Num. obs: 13514 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Num. unique obs: 135 / CC1/2: 0.502

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5cem

5cem


解像度: 2.7→45.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 14.451 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25967 1021 8.4 %RANDOM
Rwork0.20187 ---
obs0.20676 11150 90.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.13 Å2-0 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2914 0 0 40 2954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0172977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0192758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9551.8644018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9022.6816352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8895365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.47221.25160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16415506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4671522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3755.811472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3545.8081471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.3918.6911833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.398.6951834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6266.1921505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6246.1921505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.8639.0982186
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.6965.6733200
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.69765.7153195
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 9 -
Rwork0.265 135 -
obs--14.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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