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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uos | ||||||
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タイトル | Structure of WNK1 inhibitor complex | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase WNK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / WNK1 / inhibitor / trihalosulfone / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / monoatomic cation homeostasis / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / monoatomic cation homeostasis / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / regulation of mRNA export from nucleus / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of sodium ion transmembrane transport / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of systemic arterial blood pressure / non-membrane-bounded organelle assembly / potassium ion homeostasis / cellular response to chemokine / potassium channel inhibitor activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / cellular hyperosmotic response / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / cell volume homeostasis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular non-membrane-bounded organelle / protein kinase activator activity / sodium ion transmembrane transport / GABA-ergic synapse / phosphatase binding / monoatomic ion transport / regulation of sodium ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / cellular response to calcium ion / negative regulation of autophagy / molecular condensate scaffold activity / modulation of chemical synaptic transmission / mitotic spindle / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / T cell receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Akella, R. / Goldsmith, E.J. / Akella, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of WNK1 inhibitor complex 著者: Akella, R. / Goldsmith, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uos.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uos.ent.gz | 52.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uos.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uos_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uos_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uos_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uos_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uos | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5drbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33454.469 Da / 分子数: 1 / 変異: S382A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Wnk1, Hsn2, Prkwnk1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9JIH7, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-WIB / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: plate |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 20% PEG3350, 200mM Sodium Formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 163 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97925 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97925 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→37.85 Å / Num. obs: 4894 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.9 Å / Num. unique obs: 4894 / CC1/2: 0.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5drb 解像度: 2.9→37.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.768 / SU B: 24.545 / SU ML: 0.455 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.637 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.901 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→37.85 Å
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拘束条件 |
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