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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uon | ||||||
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タイトル | CTX-M-14 Y105W mutant | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Judge, A. / Hu, L. / Sankaran, B. / Van Riper, J. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mapping the determinants of catalysis and substrate specificity of the antibiotic resistance enzyme CTX-M beta-lactamase. 著者: Judge, A. / Hu, L. / Sankaran, B. / Van Riper, J. / Venkataram Prasad, B.V. / Palzkill, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yltS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28023.582 Da / 分子数: 1 / 変異: Y105W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES (0.1M), PEG 4,000 (25% w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月30日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→28.32 Å / Num. obs: 51539 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 16.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 7337 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.58 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1YLT 解像度: 1.35→28.32 Å / SU ML: 0.1807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1262 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→28.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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