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万見
- PDB-7uo3: Co-crystal structure of Salmonella Typhimurium Tlde1a in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uo3
タイトルCo-crystal structure of Salmonella Typhimurium Tlde1a in complex with D-alanine
要素
  • HIS-HIS-HIS-HIS
  • Tlde1a
キーワードTOXIN / Type VI secretion system / Salmonella Typhimurium / L / D-carboxypeptidase / D-transpeptidase / peptidoglycan
機能・相同性D-ALANINE / DUF2778 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lorente Cobo, N. / Prehna, G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04968 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Molecular characterization of the type VI secretion system effector Tlde1a reveals a structurally altered LD-transpeptidase fold.
著者: Lorente Cobo, N. / Sibinelli-Sousa, S. / Biboy, J. / Vollmer, W. / Bayer-Santos, E. / Prehna, G.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tlde1a
B: HIS-HIS-HIS-HIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9818
ポリマ－20,4192
非ポリマー5626
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area9090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.140, 60.140, 105.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1137-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tlde1a / Murein L / D-transpeptidase / SciV protein


分子量: 19442.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct has a His-tag at the carboxy-terminus, but the tag interacts with the active site of a symmetry-related copy of the protein
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sciV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: H9L4J5
#2: タンパク質・ペプチド HIS-HIS-HIS-HIS


分子量: 976.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: His-tag from a symmetry-related copy of the Tlde1a construct
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold
#3: 化合物 ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12mg/ml Tlde1a, 15% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulphate, Soaked with 300mM D-alanine for 2 mins

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1806 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.53 Å / Num. obs: 18721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.693 / Num. unique obs: 1081 / CC1/2: 0.343

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7UMA

7uma


解像度: 1.8→39.7 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 910 4.88 %
Rwork0.1732 17754 -
obs0.1749 18664 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.09 Å2 / Biso mean: 41.5694 Å2 / Biso min: 19.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1407 0 44 174 1625
Biso mean--58.53 40.69 -
残基数----178
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.890.33671240.298824802604
1.89-2.010.28341230.247324822605
2.01-2.170.23091400.17924732613
2.17-2.390.20121330.166125092642
2.39-2.730.20731070.180525402647
2.73-3.440.22911330.167325572690
3.44-39.70.17731500.153927132863
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.15162.4593-1.41178.4864-0.3228.06620.0936-0.36760.3550.2797-0.1669-0.2258-0.52130.17070.08630.24330.0168-0.00310.2047-0.01530.182214.508826.356745.6204
24.82593.90173.58723.33842.5293.03180.0558-0.17220.2926-0.1815-0.27180.2171-0.2671-0.38780.25330.24750.00260.01160.240.01240.21528.691726.300840.2743
34.661-0.81810.06983.450.58743.247-0.02530.0238-0.4029-0.1450.07730.1338-0.0223-0.0819-0.04390.2243-0.0327-0.03050.20970.01320.27127.255710.322536.0739
43.42970.36740.35655.1301-4.91774.83440.03880.14810.1165-0.0085-0.3568-0.6119-0.1580.7780.41460.2919-0.03780.01170.3608-0.0210.293724.056624.139837.1997
54.84175.50475.14716.73325.57175.64390.12610.3942-0.3164-0.6708-0.3173-0.80040.10380.85870.07950.53140.00830.06980.83240.0090.356622.415121.260817.2881
65.03380.63223.61852.0537-0.00574.4554-0.19330.92910.11-0.31590.0369-0.0243-0.11960.65660.10860.2485-0.0510.0440.44950.04510.306920.247425.004422.3824
74.56262.04692.64074.03143.24325.4804-0.1790.68890.1389-0.61690.15440.1149-0.26920.29990.08830.328-0.05910.01050.36660.06210.247811.949423.461618.9815
84.94950.33011.92492.466-1.82594.42790.2243-0.1196-0.6902-0.0329-0.0926-0.0770.43180.363-0.21370.23320.0562-0.00390.2198-0.03320.258921.623613.879938.3336
94.1462-0.2581.48011.05880.41783.6130.05360.2237-0.1666-0.20480.0033-0.02150.1232-0.0244-0.06170.218-0.01180.00120.25960.00740.229612.027920.028331.2053
107.5453.04793.11887.03643.26746.5216-0.06620.2550.8027-0.31350.0220.0651-0.48770.29860.16130.3172-0.0259-0.02640.2210.03280.315916.274435.83837.1378
118.60713.5235-0.33913.1011-3.10895.40570.2365-0.14980.58690.9338-0.3219-0.4386-0.87960.70770.12290.3323-0.0685-0.01870.3473-0.04480.326724.285131.544842.9219
125.199-1.32361.66664.4714-1.7553.8160.1879-0.40380.02310.07320.04850.26630.0529-0.0714-0.30080.2149-0.0158-0.01340.2794-0.04410.21882.847519.894138.9888
134.7792-2.39454.41346.1996-1.95234.08630.53012.0551-0.5818-1.4904-0.7693-0.00462.23682.0608-0.0840.95710.02730.13990.6909-0.06740.442417.208313.21524.2462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 27 )A16 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 28 through 45 )A28 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 55 )A46 - 55
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 56 through 65 )A56 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 66 through 83 )A66 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 84 through 95 )A84 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 96 through 113 )A96 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 114 through 135 )A114 - 135
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 136 through 146 )A136 - 146
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 147 through 159 )A147 - 159
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 160 through 174 )A160 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 301 through 304 )B301 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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