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- PDB-7unc: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7unc
タイトルPol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 5
  • (RNA polymerase ...) x 2
  • (RNA polymerase-associated protein ...) x 3
  • (Transcription elongation factor ...) x 3
  • DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
  • Histone H2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Non-template DNA
  • Parafibromin
  • RNA
  • RPB10
  • RPB11
  • RPB8
  • RPB9
  • RPOL4c domain-containing protein
  • Template DNA
  • WDR61
キーワードTRANSCRIPTION / Chromatin / nucleosome / intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


blastocyst growth / positive regulation of mRNA 3'-end processing / Ski complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Cdc73/Paf1 complex / regulation of isotype switching / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / inner cell mass cell differentiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay ...blastocyst growth / positive regulation of mRNA 3'-end processing / Ski complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Cdc73/Paf1 complex / regulation of isotype switching / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / inner cell mass cell differentiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA export from nucleus / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / DSIF complex / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / trophectodermal cell differentiation / blastocyst hatching / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of mRNA processing / nucleosome organization / blastocyst formation / nuclear lumen / mRNA 3'-end processing / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / stem cell population maintenance / transcription factor TFIID complex / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / negative regulation of gene expression, epigenetic / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II complex binding / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein localization to nucleus / mRNA transport / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleosome binding / : / RNA Polymerase II Transcription Elongation / negative regulation of fibroblast proliferation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / rescue of stalled ribosome / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / SH2 domain binding / RNA splicing / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / DNA-templated transcription initiation / regulation of cell growth / transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Hedgehog 'on' state / euchromatin / protein destabilization / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / ribonucleoside binding / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / : / : / : / : / : / : / fibrillar center / DNA-directed RNA polymerase / mRNA processing / Dual incision in TC-NER / negative regulation of epithelial cell proliferation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / HHH domain 9 / HHH domain / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. ...Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / HHH domain 9 / HHH domain / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / : / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / : / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Tetratricopeptide repeat / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Tetratricopeptide repeat / RuvA domain 2-like / TFIIS/LEDGF domain superfamily / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / Tetratricopeptide repeat / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein / Transcription elongation factor SPT5 / Histone H2B 1.1 / Transcription elongation factor A protein 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A / Parafibromin / RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / Transcription elongation factor SPT6 / RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / RNA polymerase-associated protein LEO1 / RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog / Superkiller complex protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Sus scrofa (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Filipovski, M. / Vos, S.M. / Farnung, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Other privateNA 米国
引用ジャーナル: Science / : 2022
タイトル: Structural basis of nucleosome retention during transcription elongation.
著者: Martin Filipovski / Jelly H M Soffers / Seychelle M Vos / Lucas Farnung /
要旨: In eukaryotes, RNA polymerase (Pol) II transcribes chromatin and must move past nucleosomes, often resulting in nucleosome displacement. How Pol II unwraps the DNA from nucleosomes to allow ...In eukaryotes, RNA polymerase (Pol) II transcribes chromatin and must move past nucleosomes, often resulting in nucleosome displacement. How Pol II unwraps the DNA from nucleosomes to allow transcription and how DNA rewraps to retain nucleosomes has been unclear. Here, we report the 3.0-angstrom cryo-electron microscopy structure of a mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex stalled 54 base pairs within the nucleosome. The structure provides a mechanistic basis for nucleosome retention during transcription elongation where upstream DNA emerging from the Pol II cleft has rewrapped the proximal side of the nucleosome. The structure uncovers a direct role for Pol II and transcription elongation factors in nucleosome retention and explains how nucleosomes are retained to prevent the disruption of chromatin structure across actively transcribed genes.
履歴
登録2022年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RPOL4c domain-containing protein
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: RPB8
I: RPB9
J: RPB10
K: RPB11
L: RNA polymerase II subunit K
M: Transcription elongation factor SPT6
N: Non-template DNA
O: Transcription elongation factor A protein 1
P: RNA
Q: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog
R: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog
T: Template DNA
U: RNA polymerase-associated protein LEO1
V: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
W: WDR61
X: Parafibromin
Z: Transcription elongation factor SPT5
a: Histone H3.2
b: Histone H4
c: Histone H2A
d: Histone H2B 1.1
e: Histone H3.2
f: Histone H4
g: Histone H2A
h: Histone H2B 1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,577,91641
ポリマ-1,577,36932
非ポリマー5489
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 5種, 5分子 ABCEG

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 219049.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUC2, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 142426.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TVZ5, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481DF93
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTX4
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7

-
タンパク質 , 12種, 16分子 DFHIJKWXaebfcgdh

#4: タンパク質 RPOL4c domain-containing protein


分子量: 20962.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1GCS3
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#8: タンパク質 RPB8


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#9: タンパク質 RPB9


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#10: タンパク質 RPB10


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#11: タンパク質 RPB11


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#22: タンパク質 WDR61


分子量: 33617.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9GZS3
#23: タンパク質 Parafibromin / Cell division cycle protein 73 homolog / Hyperparathyroidism 2 protein


分子量: 60673.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P1J9
#25: タンパク質 Histone H3.2 / Histone H3


分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / Mutation: G102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#26: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#27: タンパク質 Histone H2A


分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8
#28: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / Mutation: S29T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281

-
RNA polymerase ... , 2種, 2分子 LV

#12: タンパク質 RNA polymerase II subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6
#21: タンパク質 RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / hPAF1 / Pancreatic differentiation protein 2


分子量: 60052.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAF1, PD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N7H5

-
Transcription elongation factor ... , 3種, 3分子 MOZ

#13: タンパク質 Transcription elongation factor SPT6 / hSPT6 / Histone chaperone suppressor of Ty6 / Tat-cotransactivator 2 protein / Tat-CT2 protein


分子量: 199602.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT6H, KIAA0162, SPT6H / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KZ85
#15: タンパク質 Transcription elongation factor A protein 1 / Transcription elongation factor S-II protein 1 / Transcription elongation factor TFIIS.o


分子量: 34294.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEA1, GTF2S, TFIIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23193
#24: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121225.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O00267

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 64763.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#19: DNA鎖 Template DNA


分子量: 66186.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#16: RNA鎖 RNA


分子量: 5004.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA polymerase-associated protein ... , 3種, 3分子 QRU

#17: タンパク質 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / SH2 domain-binding protein 1


分子量: 134510.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTR9, KIAA0155, SH2BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PD62
#18: タンパク質 RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog


分子量: 80733.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTF1, KIAA0252 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92541
#20: タンパク質 RNA polymerase-associated protein LEO1 / Replicative senescence down-regulated leo1-like protein


分子量: 75514.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LEO1, RDL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WVC0

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#29: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#30: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
170 mMSodium chlorideNaCl1
220 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid1
33 mMMagnesium chlorideMgCl21
44 % (v/v)GlycerolC3H8O31
51 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA with 10 s hold time / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8.6画像取得
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
8Coot0.9.7モデルフィッティング
20Coot0.9.7モデル精密化
21ISOLDE1.3モデル精密化
22PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105420 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 189.36 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16TED16TED1PDBexperimental model
23LZ013LZ02PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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