+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7umg | ||||||
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Title | Crystal structure of human CD8aa-MR1-Ac-6-FP complex | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / CD8 coreceptor / MR1 / metabolite presentation | ||||||
Function / homology | Function and homology information cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation ...cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / beta-2-microglobulin binding / coreceptor activity / T cell receptor binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Awad, W. / Rossjohn, J. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: J.Exp.Med. / Year: 2022 Title: CD8 coreceptor engagement of MR1 enhances antigen responsiveness by human MAIT and other MR1-reactive T cells. Authors: Souter, M.N.T. / Awad, W. / Li, S. / Pediongco, T.J. / Meehan, B.S. / Meehan, L.J. / Tian, Z. / Zhao, Z. / Wang, H. / Nelson, A. / Le Nours, J. / Khandokar, Y. / Praveena, T. / Wubben, J. / ...Authors: Souter, M.N.T. / Awad, W. / Li, S. / Pediongco, T.J. / Meehan, B.S. / Meehan, L.J. / Tian, Z. / Zhao, Z. / Wang, H. / Nelson, A. / Le Nours, J. / Khandokar, Y. / Praveena, T. / Wubben, J. / Lin, J. / Sullivan, L.C. / Lovrecz, G.O. / Mak, J.Y.W. / Liu, L. / Kostenko, L. / Kedzierska, K. / Corbett, A.J. / Fairlie, D.P. / Brooks, A.G. / Gherardin, N.A. / Uldrich, A.P. / Chen, Z. / Rossjohn, J. / Godfrey, D.I. / McCluskey, J. / Pellicci, D.G. / Eckle, S.B.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7umg.cif.gz | 315.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7umg.ent.gz | 213.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7umg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7umg_validation.pdf.gz | 739.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7umg_full_validation.pdf.gz | 747 KB | Display | |
Data in XML | 7umg_validation.xml.gz | 23.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7umg_validation.cif.gz | 33.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6pucS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 3 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 31711.670 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MR1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q95460 |
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#2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61769 |
#3: Protein | Mass: 14420.284 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD8A, MAL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P01732 |
-Non-polymers , 4 types, 132 molecules
#4: Chemical | ChemComp-30W / |
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#5: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#6: Chemical | ChemComp-CL / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / Details: Na K Phosphate, PEG 1K and NaCl / PH range: 6.0 - 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.954 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48.07 Å / Num. obs: 144365 / % possible obs: 99.82 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 58.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05795 / Net I/σ(I): 17.41 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 14865 / CC1/2: 0.683 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6PUC Resolution: 2.4→39.24 Å / SU ML: 0.3681 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.9528 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→39.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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