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- PDB-7um3: Crystal structure of a Fab in complex with a peptide derived from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7um3
タイトルCrystal structure of a Fab in complex with a peptide derived from the LAG-3 D1 domain loop insertion
要素
  • D1 domain loop peptide from Lymphocyte activation gene 3 protein
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody binding fragment / Fab / LAG-3 / Relatlimab
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / negative regulation of interleukin-2 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / antigen binding / MHC class II antigen presentation / T cell activation ...plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / negative regulation of interleukin-2 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / antigen binding / MHC class II antigen presentation / T cell activation / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / innate immune response / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte activation gene 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3983 Å
データ登録者Zorn, J.A. / Lee, P.S. / Rajpal, A. / Strop, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Cancer Immunol Res / 年: 2022
タイトル: Preclinical Characterization of Relatlimab, a Human LAG-3-Blocking Antibody, Alone or in Combination with Nivolumab.
著者: Thudium, K. / Selby, M. / Zorn, J.A. / Rak, G. / Wang, X.T. / Bunch, R.T. / Hogan, J.M. / Strop, P. / Korman, A.J.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
B: D1 domain loop peptide from Lymphocyte activation gene 3 protein
A: D1 domain loop peptide from Lymphocyte activation gene 3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1936
ポリマ－100,1936
非ポリマー00
水5,224290
1
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
B: D1 domain loop peptide from Lymphocyte activation gene 3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0973
ポリマ－50,0973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
2
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
A: D1 domain loop peptide from Lymphocyte activation gene 3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0973
ポリマ－50,0973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.238, 112.620, 125.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYPROPRO(chain 'A' and resid 83 through 94)AF83 - 942 - 13
211GLYGLYPROPROchain 'B'BE83 - 942 - 13
112VALVALTYRTYR(chain 'H' and (resid 2 through 26 or (resid 29...HC2 - 252 - 25
122PHEPHEPHEPHE(chain 'H' and (resid 2 through 26 or (resid 29...HC29 - 7829 - 78
132LEULEUSERSER(chain 'H' and (resid 2 through 26 or (resid 29...HC80 - 12880 - 135
142GLYGLYSERSER(chain 'H' and (resid 2 through 26 or (resid 29...HC134 - 215141 - 222
212VALVALTYRTYR(chain 'I' and (resid 2 through 78 or resid 80 through 215))IA2 - 252 - 25
222PHEPHEPHEPHE(chain 'I' and (resid 2 through 78 or resid 80 through 215))IA29 - 7829 - 78
232LEULEUSERSER(chain 'I' and (resid 2 through 78 or resid 80 through 215))IA80 - 12880 - 135
242GLYGLYSERSER(chain 'I' and (resid 2 through 78 or resid 80 through 215))IA134 - 215141 - 222
113GLUGLUSERSER(chain 'L' and (resid 1 through 64 or resid 66 through 213))LD1 - 631 - 63
123GLYGLYGLUGLU(chain 'L' and (resid 1 through 64 or resid 66 through 213))LD66 - 21366 - 213
213GLUGLUSERSER(chain 'M' and (resid 1 through 64 or resid 66 through 213))MB1 - 631 - 63
223GLYGLYGLUGLU(chain 'M' and (resid 1 through 64 or resid 66 through 213))MB66 - 21366 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24991.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23434.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド D1 domain loop peptide from Lymphocyte activation gene 3 protein


分子量: 1669.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18627
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3983→83.8547 Å / Num. obs: 36288 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 41.17 Å2 / CC1/2: 0.86 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 2480 / CC1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nm4

4nm4


解像度: 2.3983→83.8547 Å / SU ML: 0.3346 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.554
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 1795 4.95 %
Rwork0.2058 34493 -
obs0.2088 36288 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3983→83.8547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6685 0 0 290 6975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00886861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05399369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05621050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.59612421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.32291330.24962480X-RAY DIFFRACTION94.54
2.46-2.540.32311260.25372609X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.620.30541230.25122664X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.710.32041390.25752617X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.820.37191160.26672665X-RAY DIFFRACTION99.93
2.82-2.950.32511460.27242630X-RAY DIFFRACTION99.96
2.95-3.10.35351420.25272614X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.30.2961550.24442635X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.550.30121420.2332661X-RAY DIFFRACTION99.96
3.55-3.910.25911460.19412668X-RAY DIFFRACTION99.93
3.91-4.480.20221240.16172698X-RAY DIFFRACTION99.72
4.48-5.640.1941530.14652716X-RAY DIFFRACTION100
5.64-56.310.21981500.17322836X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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