PDB-7ulq: Recombinant Hannalgesin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ulq

タイトル

Recombinant Hannalgesin

要素

Long neurotoxin OH-55

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / recombinant / alpha neurotoxin / refolded

機能・相同性

機能・相同性情報

: / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Ophiophagus hannah (コブラ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Xu, J. / Lei, X. / Chen, L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of recombinant Hannalgesin at 2.2 Angstroms resolution.
著者: Xu, J. / Lei, X. / Li, S.X. / Chen, L.

履歴

登録	2022年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ulq.cif.gz	386.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ulq.ent.gz	268.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ulq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ulq_validation.pdf.gz	546.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ulq_full_validation.pdf.gz	556.6 KB	表示
XML形式データ	7ulq_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	7ulq_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ntnS 6zfmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

E: Long neurotoxin OH-55

A: Long neurotoxin OH-55

C: Long neurotoxin OH-55

B: Long neurotoxin OH-55

F: Long neurotoxin OH-55

H: Long neurotoxin OH-55

D: Long neurotoxin OH-55

I: Long neurotoxin OH-55

J: Long neurotoxin OH-55

G: Long neurotoxin OH-55

K: Long neurotoxin OH-55

L: Long neurotoxin OH-55

ヘテロ分子

97.2 kDa, 12 ポリマー
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1

E: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
8.06 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
8.06 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
8.06 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
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5

F: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
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6

H: Long neurotoxin OH-55

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.25 kDa, 1 ポリマー
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7

D: Long neurotoxin OH-55

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.12 kDa, 1 ポリマー
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8

I: Long neurotoxin OH-55

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.15 kDa, 1 ポリマー
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9

J: Long neurotoxin OH-55

ヘテロ分子

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8.16 kDa, 1 ポリマー
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10

G: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
8.06 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
8.06 kDa, 1 ポリマー
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12

L: Long neurotoxin OH-55

登録者が定義した集合体
8.06 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.509, 65.509, 164.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_8	ens_1	(chain "I" and (resid 4 through 10 or resid 12...
d_9	ens_1	(chain "J" and (resid 4 through 10 or resid 12...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	CYS	VAL	B	3 - 9
d_1	2	ens_1	SER	ALA	B	11 - 29
d_1	3	ens_1	CYS	THR	B	31 - 32
d_1	4	ens_1	GLY	PRO	B	35 - 47
d_1	5	ens_1	LYS	PRO	B	50 - 67
d_2	1	ens_1	CYS	VAL	D	3 - 9
d_2	2	ens_1	SER	ALA	D	11 - 29
d_2	3	ens_1	CYS	THR	D	31 - 32
d_2	4	ens_1	GLY	PRO	D	35 - 47
d_2	5	ens_1	LYS	PRO	D	50 - 67
d_3	1	ens_1	CYS	VAL	C	3 - 9
d_3	2	ens_1	SER	ALA	C	11 - 29
d_3	3	ens_1	CYS	THR	C	31 - 32
d_3	4	ens_1	GLY	PRO	C	35 - 47
d_3	5	ens_1	LYS	PRO	C	50 - 67
d_4	1	ens_1	CYS	VAL	G	3 - 9
d_4	2	ens_1	SER	ALA	G	11 - 29
d_4	3	ens_1	CYS	THR	G	31 - 32
d_4	4	ens_1	GLY	PRO	G	35 - 47
d_4	5	ens_1	LYS	PRO	G	50 - 67
d_5	1	ens_1	CYS	VAL	A	3 - 9
d_5	2	ens_1	SER	ALA	A	11 - 29
d_5	3	ens_1	CYS	THR	A	31 - 32
d_5	4	ens_1	GLY	PRO	A	35 - 47
d_5	5	ens_1	LYS	PRO	A	50 - 67
d_6	1	ens_1	CYS	VAL	E	3 - 9
d_6	2	ens_1	SER	ALA	E	11 - 29
d_6	3	ens_1	CYS	THR	E	31 - 32
d_6	4	ens_1	GLY	PRO	E	35 - 47
d_6	5	ens_1	LYS	PRO	E	50 - 67
d_7	1	ens_1	CYS	VAL	J	1 - 7
d_7	2	ens_1	SER	ALA	J	9 - 27
d_7	3	ens_1	CYS	THR	J	29 - 30
d_7	4	ens_1	GLY	PRO	J	33 - 45
d_7	5	ens_1	LYS	PRO	J	48 - 65
d_8	1	ens_1	CYS	VAL	H	3 - 9
d_8	2	ens_1	SER	ALA	H	11 - 29
d_8	3	ens_1	CYS	THR	H	31 - 32
d_8	4	ens_1	GLY	PRO	H	35 - 47
d_8	5	ens_1	LYS	PRO	H	50 - 67
d_9	1	ens_1	CYS	VAL	I	3 - 9
d_9	2	ens_1	SER	ALA	I	11 - 29
d_9	3	ens_1	CYS	THR	I	31 - 32
d_9	4	ens_1	GLY	PRO	I	35 - 47
d_9	5	ens_1	LYS	PRO	I	50 - 67

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.745043219612, 0.658533948792, -0.106036027832), (-0.655422915839, 0.752294120128, 0.0668906436957), (0.12382003999, 0.0196620220048, 0.992109874252)	29.4806058671, 42.4698314057, 11.4266890983
2	given	(0.500712753628, 0.212423337134, -0.839144245166), (-0.815272354462, -0.210046230278, -0.539640221996), (-0.290891262165, 0.954335846014, 0.0680100478563)	33.0059609805, 55.3777071088, 34.7239457404
3	given	(0.99777898465, -0.0233461532053, -0.0623863360083), (-0.0229520009584, -0.999711870432, 0.00702721628479), (-0.0625324191283, -0.0055797174857, -0.998027335954)	-31.0820521154, 58.1277734526, 53.2740626682
4	given	(0.540500114802, 0.201566208464, -0.816841899944), (0.80018500576, 0.176792505766, 0.573104149751), (0.259929956826, -0.963387499146, -0.0657338880183)	30.5825330783, -54.5209061387, 17.4898101287
5	given	(-0.0920650594912, -0.0331662110947, -0.995200496012), (0.965928933117, 0.239800966161, -0.0973488202069), (0.241878731988, -0.970255378274, 0.00995891268266)	53.2000674044, -8.31952361187, 1.30146065405
6	given	(0.519753295714, 0.83765607898, -0.167895220127), (-0.837243263593, 0.538526121523, 0.0949385801744), (0.16994184053, 0.0912245021049, 0.981222635824)	2.51965004907, 69.9452896482, 37.5199099977
7	given	(0.775488497886, 0.62193064004, -0.108719219208), (0.619868428068, -0.782705422709, -0.0559942242274), (-0.119919646139, -0.0239687346749, -0.992494220753)	-3.28855951151, 16.5460349614, 40.0032668164
8	given	(0.88420553053, -0.464842035014, -0.0458526145919), (-0.459700032405, -0.883400301064, 0.0909933419961), (-0.0828037438012, -0.0593783678206, -0.994795330431)	-18.3692771527, 29.1312838569, 83.4064034085

#1: タンパク質	Long neurotoxin OH-55 / CM-11 分子量: 8060.338 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ophiophagus hannah (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53B58
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: rec-hannalgesin at 80 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0), 1:1 with 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M (NH4)2SO4, 25% PEG3350, at 18 degree centigrade

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 0.999943 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999943 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→56.73 Å / Num. obs: 46141 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / R_merge(I) obs: 0.883 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3741 / CC_1/2: 0.721 / R_pim(I) all: 0.611 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NTN, 6ZFM

1ntn

6zfm

解像度: 2.2→46.72 Å / SU ML: 0.2733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.0721
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	2073	5.17 %
R_work	0.2115	37994	-
obs	0.2131	40067	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6094	0	25	168	6287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	6258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0029	8552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0589	978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	1095
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9546	2264

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.455515365234
ens_1	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.31531922983
ens_1	d_4	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.540386626255
ens_1	d_5	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.46106834016
ens_1	d_6	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.31358985703
ens_1	d_7	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.539830535099
ens_1	d_8	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.509161147995
ens_1	d_9	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.65841582491

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.25	0.3503	134	0.273	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.25-2.31	0.2923	140	0.2592	2494	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.31-2.37	0.2837	168	0.2442	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.37-2.44	0.2792	126	0.2411	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.44-2.52	0.3059	178	0.2606	2480	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.52-2.61	0.3007	138	0.2609	2498	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.61-2.71	0.2813	134	0.2398	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.71-2.84	0.2486	122	0.2524	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-2.99	0.2742	118	0.2674	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.17	0.2374	136	0.2341	2512	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.17-3.42	0.2786	102	0.2177	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.76	0.2423	127	0.1941	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.3	0.2099	158	0.1899	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-5.42	0.202	154	0.1695	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-46.72	0.2346	138	0.1877	2481	X-RAY DIFFRACTION	98.24

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.89591665635	-1.69519948569	0.580245166149	8.80308499936	1.93599984026	7.01719084278	0.108212216986	0.0707114672235	-0.238847110047	-0.0580087724009	-0.251363436274	-0.201557803968	0.408640234456	-0.0839637002136	0.146647589335	0.391076121232	0.0148500615286	0.062444841324	0.302569426723	0.0309359535663	0.178707024751	37.279765226	-17.3737626201	15.2399456717
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4	4.87141170252	1.16042828264	0.0665489166468	8.76014174981	2.5217822955	8.6852997795	-0.216040830754	0.437086915945	-0.200349368016	-0.939735673446	0.188701570993	0.214718056499	0.395991260592	-0.446057235585	-0.0337416275029	0.340242221032	-0.124169529499	-0.0250020754097	0.345719607207	0.016662346594	0.254036768407	58.6348310864	29.6337742409	31.3350294294
5	9.57819857144	-1.10821844855	-0.39657447069	9.11098192788	0.00569648207806	10.3118338408	-0.125417607025	0.28717493371	-0.198569777037	0.180689028825	0.0140824734995	-0.431261079403	-0.576360143701	-0.152616441689	0.0836989819063	0.362587544739	-0.0322389812722	-0.0398622532109	0.318633773972	0.0184857277807	0.180971538287	33.9587911839	24.2241864	-0.427902694722
6	4.99021487514	2.21967262197	1.81345652801	5.87000452573	1.14952494549	10.2513228428	-0.158036785104	0.250248629781	0.151699150151	-0.165067905373	0.178949915718	-0.229514335056	-0.214750403032	1.13390246538	0.0160459941234	0.319700372121	0.0707951591717	0.0056513578221	0.573855464914	0.0244287987858	0.28840219533	1.79508002297	33.1039416565	51.7850019346
7	7.02317563734	1.08553828828	-1.15866654956	6.72645618173	-1.11784444969	6.88456891843	0.10255622848	-0.669834637301	0.241908001236	0.761475630909	0.0357619139461	0.205077737342	-0.724637658441	-0.338423912211	-0.161413546025	0.432110691681	0.00958670228084	0.0165206387644	0.297026048286	-0.0470279731809	0.241351233441	0.231615400733	47.5471033615	35.4398662858
8	5.77781429845	-1.32264252808	-1.4143228486	4.84596790113	1.14343174139	7.464610798	-0.515635848576	-0.605571465424	0.492677046503	0.790735688624	0.479876717364	0.139021200616	-1.23891501899	-0.949633194874	-0.0297544988804	0.840324548275	0.317328151394	-0.0697558951577	0.511276989786	-0.0643297489314	0.309592264223	26.5227378799	28.0856755717	20.1762709563
9	7.80559978478	0.0646321089984	2.02937478619	7.87727239623	1.0060070555	8.49475232472	0.00702190350098	0.0180816259484	0.0895379052357	0.174315212183	0.0519453362396	-1.32727874838	-0.869926197404	0.988938815816	0.0216654166056	0.506171549375	0.0270215702558	-0.135632322499	0.437596584002	-0.0623729533979	0.654607551646	5.10283132897	6.74841934872	64.4548531426
10	6.94510062192	1.2323263388	-1.24747729836	6.67039720468	-1.6162407844	7.92789796704	-0.0747012240503	0.360620886963	-0.287928345739	-0.825204555868	0.45997738524	0.836842899494	-0.0762751040846	-1.23966781875	-0.258228906174	0.438671016547	0.0122079449777	-0.0406800683502	0.468731107866	-0.130317040345	0.588874606407	25.1770458758	49.4122126342	59.8536940624
11	9.06237688259	-0.147078158716	-3.35556205874	5.14423654766	1.7837577254	7.76532869827	0.375886172151	-0.0972105155206	0.355660198833	0.956654081014	-0.483530414101	0.834250313366	-0.699011229865	-0.266662542228	0.210543201848	0.880094879302	0.037323714747	0.248893515606	0.482864075263	0.0451892094859	0.690525830957	5.46154952916	3.14391788017	25.9420500198
12	2.38907056764	2.41001389714	1.21564241412	4.22035231597	1.59195288222	7.85192695375	-0.0820297071227	0.0499501674267	-0.024529069343	-0.399616351591	-0.500145574283	0.0192180529559	1.02498265782	0.251425863798	0.382261865787	1.21491369453	0.164052613818	0.497449346592	0.72339839294	-0.0893058747641	1.00046220299	5.99526965653	-1.21646209969	43.0265501057

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain E and resseq 2:70)	E	A	2 - 70	1 - 69
2	2	(chain A and resseq 2:70)	A	B	2 - 70	1 - 69
3	3	(chain C and resseq 2:70)	C	C	2 - 70	1 - 69
4	4	(chain B and resseq 2:69)	B	D	2 - 69	1 - 68
5	5	(chain F and resseq 2:70)	F	E	2 - 70	1 - 69
6	6	(chain H and resseq 2:69)	H	F	2 - 69	1 - 68
7	7	(chain D and resseq 2:69)	D	G	2 - 69	1 - 68
8	8	(chain I and resseq 2:69)	I	H	2 - 69	1 - 68
9	9	(chain J and resseq 2:69)	J	I	2 - 69	1 - 68
10	10	(chain G and resseq 4:69)	G	J	4 - 69	1 - 66
11	11	(chain K and resseq 3:69)	K	K	3 - 69	1 - 67
12	12	(chain L and resseq 4:68)	L	L	4 - 68	1 - 65

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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