PDB-7ule: F420-1/GDP complex of F420-gamma glutamyl ligase (CofE) from Arch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ule

タイトル

F420-1/GDP complex of F420-gamma glutamyl ligase (CofE) from Archaeoglobus fulgidus

要素

Coenzyme F420:L-glutamate ligase

キーワード

LIGASE / ligase substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / coenzyme F420-0:L-glutamate ligase activity / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase activity / F420-0 metabolic process / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bashiri, G. / Squire, C.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Universal Mechanism for Poly-glutamylation
著者: Bashiri, G. / Bramley, W. / Bulloch, E. / Stutely, S. / Middleditch, M. / Young, P. / Naqvi, M. / Harris, P. / Baker, E.N. / Squire, C.J.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ule.cif.gz	72.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ule.ent.gz	48.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ule.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ule_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ule_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7ule_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	7ule_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ule ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ule	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uldC 7ulfC 2phnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coenzyme F420:L-glutamate ligase

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coenzyme F420:L-glutamate ligase

ヘテロ分子

A: Coenzyme F420:L-glutamate ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.082, 69.082, 92.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-498- HOH
2	1	A-515- HOH
3	1	A-535- HOH
4	1	A-536- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Coenzyme F420:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / F420:glutamyl ligase 分子量: 27423.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) 遺伝子: cofE, AF_2256 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O28028, coenzyme F420-0:L-glutamate ligase, coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase

#1: タンパク質

Coenzyme F420:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / F420:glutamyl ligase

分子量: 27423.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
遺伝子: cofE, AF_2256 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O28028, coenzyme F420-0:L-glutamate ligase, coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase

-
非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-F4I / (2~{S})-2-[[(2~{S})-2-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4-tris(oxidanyl)-5-[2,4,8-tris(oxidanylidene)-1,9-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10-yl]pentoxy]phosphoryl]oxypropanoyl]amino]pentanedioic acid / Coeznyme F420-1 分子量: 644.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₉N₄O₁₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate pH 4.5, 2 mM GTP, 5 mM Mn2+, 1 mM F420-1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.9 Å / Num. obs: 25326 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 27.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1320 / CC_1/2: 0.538 / R_pim(I) all: 0.653 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PHN

2phn

解像度: 1.7→48.896 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.244 / WR_factor R_work: 0.218 / SU B: 3.129 / SU ML: 0.099 / Average fsc free: 0.8901 / Average fsc work: 0.9038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2337	1274	5.039 %	RANDOM
R_work	0.2097	24009	-	-
all	0.211	-	-	-
obs	-	25283	99.968 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.018 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.036 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1856	0	75	136	2067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.015	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.659	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.987	1.588	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.71	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.98	20.99	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.776	15	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.14	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.145	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.266	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.217	3.772	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.215	3.769	995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.889	5.655	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.888	5.655	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.43	3.927	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.418	3.931	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.241	5.832	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.24	5.831	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.305	43.222	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.262	43.014	2117

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.355	101	0.329	1750	X-RAY DIFFRACTION	99.8921
1.792-1.844	0.331	82	0.294	1666	X-RAY DIFFRACTION	99.9428
1.844-1.901	0.328	76	0.259	1590	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.901-1.963	0.305	78	0.26	1575	X-RAY DIFFRACTION	99.9395
1.963-2.032	0.285	65	0.259	1530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.108	0.295	92	0.24	1437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.194	0.261	77	0.224	1398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.292	0.263	83	0.227	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.292-2.403	0.27	67	0.21	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.403-2.533	0.279	60	0.214	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.687	0.227	62	0.217	1171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.872	0.265	68	0.207	1102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-3.102	0.225	55	0.201	1030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.797	0.229	46	0.193	868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.382	0.189	44	0.183	790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.382-5.361	0.189	36	0.171	674	X-RAY DIFFRACTION	100
5.361-7.559	0.225	32	0.208	541	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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