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万見
- PDB-7uld: GTP complex of F420-gamma glutamyl ligase (CofE) from Archaeoglob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uld
タイトルGTP complex of F420-gamma glutamyl ligase (CofE) from Archaeoglobus fulgidus
要素Coenzyme F420:L-glutamate ligase
キーワードLIGASE / ligase substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / coenzyme F420-0:L-glutamate ligase activity / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase activity / F420-0 metabolic process / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme F420:L-glutamate ligase, archaeal / Coenzyme F420:L-glutamate ligase-like domain / Coenzyme F420:L-glutamate ligase / F420-0:Gamma-glutamyl ligase
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Coenzyme F420:L-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bashiri, G. / Squire, C.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Universal Mechanism for Poly-glutamylation
著者: Bashiri, G. / Bramley, W. / Bulloch, E. / Stutely, S. / Middleditch, M. / Young, P. / Naqvi, M. / Harris, P. / Baker, E.N. / Squire, C.J.
履歴
登録2022年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme F420:L-glutamate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4289
ポリマ－27,4241
非ポリマー1,0048
水3,639202
1
A: Coenzyme F420:L-glutamate ligase
ヘテロ分子

A: Coenzyme F420:L-glutamate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,85618
ポリマ－54,8472
非ポリマー2,00816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_557-x,y,-z+21
Buried area10930 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.544, 68.544, 93.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

21A-556-

HOH

31A-566-

HOH

41A-599-

HOH

51A-600-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Coenzyme F420:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / Coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / F420:glutamyl ligase


分子量: 27423.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
遺伝子: cofE, AF_2256 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O28028, coenzyme F420-0:L-glutamate ligase, coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase

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非ポリマー , 6種, 210分子

#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate pH 4.5, 2 mM GTP, 5 mM Mn2+

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→46.6 Å / Num. obs: 55332 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 27.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2692 / CC1/2: 0.517 / Rpim(I) all: 0.693 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2phn

2phn


解像度: 1.3→43.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.112 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.049
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1821 2734 4.9 %RANDOM
Rwork0.1557 ---
obs0.157 52542 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.57 Å2 / Biso mean: 17.499 Å2 / Biso min: 8.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→43.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 54 202 2134
Biso mean--25.75 31.15 -
残基数----247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.6372731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3771.5794521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9265262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.221.275102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.59115359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0631519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.96833958
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 197 -
Rwork0.261 3830 -
all-4027 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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